吳玉章很重視學生的政治理論學習，規定不論任何係科專業，政治課都是必修課。他一再強調，要把馬列主義、毛澤東思想作為辦學的指導方針，“把中國人民大學辦成學習和宣傳馬列主義、毛澤東思想的堅強陣地”。同時，他要求理論要聯係實際，並把學生的生產實習列入教學計劃。他指出：我們要有目的地去研究馬列主義理論，使馬列主義的普遍原理與中國革命的具體實踐結合起來，最主要的是要能掌握馬克思列寧主義的立場、觀點和方法來發現問題，提出問題，解決問題。教師和學生在學習理論時，都要聯係中國革命和建設的實際，聯係個人的思想實際，做到理論與實踐的統一。當他發現大躍進中發生了“浮誇風”時，就對下鄉下廠的師生們說：解放思想、破除迷信是必要的，但要實事求是，不能違背客觀規律，隻有這樣，我們的躍進才是踏實的，我們的成績才是真實的。實事求是，是我們搞好社會科學必須具有的品質。當他發現學校用於政治運動的時間過多、勞動時間過長、教學秩序比較混亂時，又及時指出：參加政治運動和適當的生產勞動都是必要的，但學校終歸是學校，是傳授知識的地方，教師和學生主要任務應該是教學和讀書，教學秩序也應力求比較穩定。
吳玉章重視用科學的態度學習外國的先進經驗，中國人民大學建校之初，他一方麵強調要係統地、全麵地學習蘇聯的先進經驗，一方麵又強調要緊密地結合中國的實際。在實際工作中，既要反對狹隘的經驗主義傾向，也要反對照搬蘇聯一套的教條主義傾向。在製訂教學計劃時，就既考慮蘇聯的經驗，又考慮中國的實際情況，精簡教學大綱，減少了並非急需的課程。後來，他又請示中央批準，中國人民大學的各係科專業都與中央業務部門建立了聯係。課程內容反映中國情況逐步增多，直至形成中國化的教材。隨後，他又進一步提出：要努力掌握世界上最新的科學成就，無論是社會主義國家的或是資本主義國家的，“隻要有益於國計民生，我們就要學會來應用”。
吳玉章很重視教書又教人，主張教育者應該首先受教育。他說，教師是人類靈魂的工程師，必須好好學習馬列主義、毛澤東思想，提高政治覺悟，樹立為革命和建設育人的觀點，以自己的高尚品德影響學生。同時要精通業務，力求博大精深，把知識傳授給學生。政治理論課教師自然應注重學生的政治思想教育，各專業課的教師也應恰如其分地在專業教學中結合學生的思想實際，對學生進行政治思想教育，盡可能地把政治思想教育寓於業務教學之中。教師還要與學生交朋友，建立同誌式的師生關係，發揚解放區官教兵、兵教官的優良傳統，互相幫助，共同提高。
吳玉章在主持中國人民大學的工作中，一貫注意繼承和發揚解放區的優良教育傳統和三大作風。吳玉章始終把提高教學質量放在一切工作的首位。他認為一個學校辦得好壞，取決於教學質量的高低，而教學質量又取決於教師的素質。他常常引用列寧致喀普裏島學校學生的信：一切學校裏邊最重要的是教課的思想，政治的方向，什麼東西決定這種方向呢？完全和絕對由教員成分決定。以此來強調教師質量的重要性和教師的主導作用。因此，他十分重視教師隊伍的建設。
為了培養教師，他親臨教學第一線，為師生講授中國革命史。同時，他還熱情幫助和指導青年教師備課和寫作，胡華的《中國新民主主義革命史》，就是由他精心指導並審定的。他還常常到課堂聽課或參加學生的課堂討論，勉勵教師再接再厲；鼓勵青年教師敢於上講台，並與他們研究和改進教學方法；鼓勵學生獨立思考，刻苦鑽研，勇於進取。