1804年以後，拿破侖戰爭逐漸由民族解放性質的戰爭，轉變為侵略擴張性的戰爭。1805年和1809年的5月、7月，拿破侖軍隊先後三次占領了維也納。據當時目擊者說：法國人“什麼都拿——市場上什麼都沒有了。”法國當局還要求維也納交出一千三百萬法朗的戰爭賠款。可是當時全市的工業已經瀕於破產，賠款根本不可能。於是，拿破侖改變主意，讓維也納出三百萬法朗的罰款，同時負責供應幾千名法國警備軍的給養。維也納被占領區的人民所遭受的種種苦難，貝多芬全部都經曆了。他對占領者的侵略行徑非常憤怒。1806年的夏天，有一次，貝多芬和他的保護人李希諾夫斯基親王住在西裏西亞的莊園裏。親王的幾個法國客人，想讓貝多芬為他們彈琴。他堅決拒絕了。他們恐嚇說要抓他，他氣憤地連夜步行到另一個市鎮，搭車回到維也納。到家後，他一把抓起李希諾夫斯基的半身像，狠狠地摔到地上，並寫了封信給李希諾夫斯基，說：“公爵！您所以成為一個公爵，隻是由於偶然的出身，而我所以成為貝多芬，則是靠我自己。公爵現在有的是，將來也有的是。貝多芬卻隻有一個。”
1806年10月，第四次反法同盟對法作戰，法軍在耶納大敗普魯士軍隊。在耶納戰役期間，貝多芬關切地注意事態的發展。一天，他在街上遇見一位朋友，象往常一樣尋問有什麼新聞？朋友告訴他，拿破侖軍隊又打敗了普魯士。貝多芬憤憤地指著法國駐軍說：“如果我能夠象一個將軍那樣懂得戰術，如同我是個作曲家懂得對位法一樣，那我就要給你們點顏色看看！”
以後的幾年間，奧地利暫時出現了和平的局麵，這對作曲又比較有利了。貝多芬的健康狀況也不錯，他的耳聾沒有惡化。在藝術方麵，他能夠得到第一流的樂隊和著名的獨奏者演出他的作品。這時候，樂器的製造技術也有很大的改進，如當時的鋼琴比莫紮特時代的羽管鋼琴音色更為豐富，音域也大得多，而聽眾也比以前更快地接受新作品了。但是，貝多芬仍然擔憂一件事——經濟問題。為了專心從事創作，他希望謀得一個職位獲取固定的收入。1807年，他向皇家劇院提出要求，未得到答複。他想開一場義演音樂會，也遭到了拒絕。這一切使貝多芬非常惱怒，他說：“我永遠不能和此地劇院那批當權的下流顯貴達成什麼協議。”他想到匈牙利去。1808年，普魯士威斯特法利亞的國王（拿破侖最小的弟弟）邀請他任宮廷樂長，貝多芬準備同意赴任。這時，貪圖虛榮的維也納貴族社會忽然醒悟到，一旦放走了舉世聞名的貝多芬，後果將對他們多麼不利。於是一些上層貴族被迫請貝多芬提出留在維也納的條件。然後，有三個貴族簽署了條約，保證分別給他一部分年薪，確保他的生活與創作，並允許他外出旅行。這樣，貝多芬留在了維也納。
貝多芬繼續孜孜不倦地寫作。他的作品以驚人的速度源源不斷地湧現出來。他寫了《第四交響曲》（1806）、《第五交響曲》（1807—1808）、《第六交響曲》（1808）、《第四鋼琴協奏曲》（1805）、《第五鋼琴協奏曲》（1809）以及《小提琴協奏曲》（1807）等等。
1809年，在法國軍隊第三次逼近維也納城的時候，奧地利皇室和貴族紛紛撤離。貝多芳的保護人大都跟著宮廷走了。他孤苦零丁地留在這裏。維也納的生活又變得艱苦了。貝多芬在給朋友的信中寫道：“我們在維也納缺錢。因為我們比往常需要多一倍的錢。——這可恨的戰爭！”在另一封信裏又說：“整個事件（按：指法軍占領維也納）的過程影響了我的身體和靈魂。軍稅從今天開始征收。我的周圍是怎樣一種騷亂、瘋狂的世道啊！到處是軍鼓、大炮、士兵和各種各樣的苦難。”盡管如此，他仍然沒有停止寫作。在這以後的幾年中間，他將他熾熱的愛國主義熱情，對人民苦難的深刻感受和堅信民主、自由終將勝利的思想，通通化作音樂，譜寫成一係列以反拿破侖侵略為題材的音樂作品。