當然，設立和平獎最令人百思不得其解。當時廣大公眾對諾貝爾並不了解。在他去世之際，輿論界認為，一位研製致命武器的大發明家和製造商，卻把通過銷售摧毀性武器所積聚的全部財產獻給了建設美好世界和人類的和平事業。一般公眾認為，諾貝爾的發明創造為大規模屠殺提供了方便，因而良心受到譴責，為了補過贖罪，他才做出了如此決定，甚至還有人提議拒絕接受這筆沾滿鮮血的金錢。
諾貝爾的遺囑於1897年初在瑞典發表之後，最初不但沒有得到瑞典公眾的讚同和頌揚，反而遭到社會輿論的批評和譴責。
當時瑞典社會輿論批評和譴責諾貝爾遺囑的理由之一是，諾貝爾為什麼沒有把這筆巨額遺產捐給瑞典，而是實際上捐贈給了全世界。諾貝爾把獎勵為和平事業作出傑出貢獻的人的權力授予挪威議會，更觸犯了瑞典人的民族自尊心。
此外，諾貝爾在遺囑中明確地提出，斯堪的納維亞人在獲獎方麵不具有任何優先權，為此他們更為惱火。
當時瑞典社會輿論的這種批評和譴責傾向，在時任瑞典科學院院長的漢斯·福舍爾的不滿情緒中得到集中反映。
福舍爾認為，諾貝爾的巨額遺產理應捐贈給瑞典科學院，以用來發展瑞典科學事業。不然的話，他將拒絕執行諾貝爾遺囑中的委托，拒絕參加與諾貝爾物理學獎和化學獎評獎細則的研究和製定有關的一切會議。
總之，在諾貝爾遺囑公布之初，瑞典社會輿論的批評和譴責之聲占了上風。
諾貝爾遺囑披露之後，對這份遺囑最不快和最不滿的人，還不是一般的瑞典官員和民眾，而是諾貝爾的親屬。諾貝爾兩個哥哥的子女早就料到他會將一大筆財產遺贈給公共福利事業。但是，現在他們痛苦地發現，他們幾乎得不到什麼遺產，這遠遠超出了他們的預料。
他們也知道，根據先前的一份遺囑，他們都能分享到一大筆財產。尤其嚴重的是，在俄國的路德維希的子女這一支，勢必會蒙受巨大的損失。
這是由於諾貝爾在巴庫石油企業的股份將兌換為現金，這個消息打亂了票證交易所股票買賣的局麵。他的大宗股票在巴庫油田起著決定性的作用，要麼買下這批股票，否則，諾貝爾家族就會失掉這個龐大企業的控製權，何去何從引起了巨大的關注。
在不同國家幾條戰線上進行的關於這份遺囑的訴訟程序被拖延達幾年之久，並且由於反對遺囑的家庭方麵所采取的廣泛與激烈的措施而變得更加困難。然而以他的侄子伊曼紐爾為代表的所謂俄國支係，也就是他哥哥路德維希的家族，站到了執行人的方麵。
經過激烈的持久討論後，伊曼紐爾在1898年2月發表聲明說，他希望尊重他已故的叔叔的願望，因此，將不再對這份遺囑提出異議。這在解決如何執行遺囑的問題上，是一個轉折點和重要的因素；這項聲明在諾貝爾基金會的建立方麵，實際上起了決定性的作用。
他們達成了經濟上的讓步，並且同意由政府在執行人提出建議的基礎上，經過與獎金頒發單位和諾貝爾家族的代表協商，然後就落實這項遺囑和管理財產做出一些條款。因此，遺囑人既未規定也沒有預見到一項有影響的常識，即瑞典政府仍擁有至高無上、憲法約束和受到尊重的地位。當然，這個政府在推薦和選擇獎金獲得者方麵，卻沒有權勢。
由於還有一些問題需要解決，兩年過後，才將所有事情辦理妥當。通過1900年6月29日的一項政府決定，諾貝爾基金會的章程和細則，以及由各瑞典機構授予獎金的特別規則，都被確立下來了。