首先，他在繼任總統後，立即向國民黨元老執弟子禮，上任第二天，他先拜訪了宋美齡；第三天，李登輝前往“榮總”探望嚴家淦，就當前國事懇切交談，嚴稱：“團結合作，互助互信，是當前國人應有的共識，惟有如此才能勝利成功。”16—17日，他又分別登門請教張群、陳立夫等6位國民黨元老，表示自己多年追隨蔣經國，今後將遵循蔣介石、蔣經國遺願。與此同時，李一有時間就往蔣經國靈堂致敬，由於李登輝的多方努力，他獲得了國民黨《中央日報》的高度評價：“謙和、勤政。”
其後，李登輝策動少壯派寫擁戴書。蔣經國病逝後，國民黨中常會決定暫不推舉黨主席，在國民黨十三大召開之前，將維持由國民黨中常委輪流主持中常會的做法，以便確保過去領導中心的穩定運作，但處在曆史轉折關頭，形勢瞬息萬變。1月18日，以少壯派趙少康為首的39名國民黨籍立法委員聯名簽署了擁戴李登輝為國民黨中央代主席的聲明，表示：
“推李登輝為代理本黨主席，以維護全民信心，並維護本黨形象。”
隨後，“國大”代表，不同黨派“監委”分別聯署簽名推舉李登輝任代主席，以趙少康等人的主張及出身看，李登輝很難脫掉策動擁戴的幹係。
（1988年，91歲的宋美齡手持拐杖出席國民黨“十三大”，當時剛當選黨主席的李登輝鼓掌迎接）
隨後，李登輝拉攏李煥、宋楚瑜等開明派。在李登輝接受國民黨中央主席一職問題上，李煥、宋楚瑜的作用至關重要。本來，李煥也主張到國民黨十三大時解決黨主席人選問題。趙少康提出推戴書後，李煥作為國民黨中央秘書長接見了趙少康。李煥表示：趙少康在此時這樣做是不合適的，國民黨主席到十三大召開時，自然會有結論。同時，國民黨中央副秘書長馬英九也在台北記者招待會上宣稱：國民黨中央主席的人選問題仍留待7月份召開的十三大來解決。原定明日召開的中常會討論是否推舉主席之事已取消。
但由於問題的重要性，李煥和副秘書長宋楚瑜等人代表國民黨中央自1月20日起，陸續分別拜訪國民黨中央常委、元老派及部分中央委員，聽取他們對繼任主席問題的意見。據台報報道，征詢意見的結果，黨內意見分歧頗大，但以支持李登輝代理主席的人數較多，認為李兼任主席“可收黨政一體化的統合領導之效。”於是，國民黨決策機構方麵初步決定，推舉李登輝為代理主席，並立即進行意見協調，如果順利，可望於27日的中央常會中提出討論。
經過連日來李煥與宋楚瑜等人正式向所有中常委及中評委展開征詢與溝通之後，逐漸消除歧見，保守勢力知大勢已去，於是初步取得一致意見，決定由中常委推舉李登輝出任代理主席職務，待7月7日舉行十三大時，再循黨章規定程序選出黨主席。同時還決定由俞國華提案，其餘中常委聯署的方式在27日的中常會提出，以顯示安定團結的表現。
1月27日，國民黨中常會上，原協調中常委俞國華領銜聯署推舉李登輝接代理黨的主席提案，竟然未列入議程。為什麼會有這種變化呢？據台灣權威人士透露，27日常會召開前夕，宋美齡對推舉代理主席時持有不同意見，她認為國民黨十三大決定此事更為合適。26日晚，她寫信給李煥，表達了上述意見，信由蔣孝勇傳遞。
另據《民進周刊》載文說：元月26日，以宋美齡為首的“夫人派”及“官邸派”集會研究，宋美齡力主由李煥取代李登輝，擔任代理主席，以免出現台灣人“總統”兼台灣人黨主席。宋美齡本意是擁立俞國華充當黨主席，不料俞國華本身形象太差，不是李登輝的對手，在民意及輿論的壓力下，節節敗退，形成李登輝的優勢，“夫人派”一度打算由宋美齡披掛上陣，但宋已年過九旬，如果出馬，恐怕阻力太大，而且也不易獲得黨內一致支持，於是退而求其次，致支持形象、聲望俱佳的李煥出任代理黨主席，但被李煥拒絕。
李煥等人決定按原計劃進行。27日中常會由餘紀忠（《中國時報》老板）任輪值主席，除嚴家淦、穀正綱因病，李登輝請假，宋長誌駐節巴拿馬外，其餘27位常委均出席會議。由於會議議程並未列入推舉李登輝為代理主席的提案，列席此次會議的國民黨中央副秘書長宋楚瑜即席發言，他表示外間對主席繼承問題議論紛紛，諸多揣測，為黨國利益，實不能再拖，應在此次會議討論原定議程。
餘紀忠表現了會議主席的應變能力，先是準宋楚瑜提議放到會議桌上討論；然後見形勢可為，請原提案人俞國華表態，俞本來想按宋美齡意旨行事，至少也要拖一拖，但此刻大勢所趨，被迫提議李登輝任代理主席。俞是與李登輝爭奪最激烈的對手，提議時不免百感交集。待俞國華表態後，其餘中常委也聲稱李登輝任黨代主席。中常委發言完畢後，餘紀忠表示，為示慎重，請所有中常委以起立方式表示同意，在與會27位中常委一致起立鼓掌之後，正式通過李登輝代理國民黨主席。至此，國民黨內圍繞主席一事的權力角逐暫告一段落。