為近代中國學術事業培養了一大批優秀人才。首先他拉了一大批著名學者到史語所領導研究工作。如：陳寅恪、徐仲舒、趙元任、李方桂、羅常培、李濟、董作賓、梁思永。1927—1937年是史語所的鼎盛時期，傅斯年收羅很多人才到史語所來。其中不少人後來成為大家，如：陳槃、石璋如、丁聲樹、勞幹、胡厚宣、夏鼐、周一良、高去尋、全漢升、鄧廣銘、張政烺、傅樂煥、王崇武、董同和、馬學良、張琨、逯欽立、周法高、嚴耕望等等。這些人或多或少都受過傅斯年的培養，都或多或少繼承了他嚴謹的重材料、重考證的學風。
搶救、整理明清檔案。清朝內閣大庫的檔案，內有詔令、奏章、則例、移會、賀表、三法司案卷、實錄、殿試卷及各種簿冊等，是極珍貴的第一手曆史資料。從晚清宣統元年（1909年）國庫房損壞搬出存放後，幾經遷徙、幾易主人，潮濕腐爛、鼠吃蟲蛀，損失極為嚴重。其中一次主管者曆史博物館以經費缺乏，曾以大洋4000元的價格將此8000麻袋總計15萬斤的檔案賣給造紙商拿去造紙。著名考古學家馬衡大聲疾呼，由傅斯年呈請中央研究院院長蔡元培先生做主，才以1．8萬元將這批幾乎要進造紙廠的檔案買下，然而已由15萬斤減為12萬多斤，少了2萬多斤。搶救下這批十分珍貴的檔案材料，傅斯年是有大功的。
科學發掘河南安陽殷墟。傅斯年極重視史料和新史料的獲得。他在《曆史語言研究所之工作旨趣》中說：“（一）能直接研究材料，便進步；凡間接地研究前人所研究或前人所創造之係統，而不繁豐細密地參照所包含的事實，便退步……（二）凡一種學問能擴張他研究的材料，便進步，不能的便退步。”他重視清檔案的搶救整理和殷墟的發掘，目的都在取得新材料，擴張新材料。他有一句名言：“上窮碧落下黃泉，動手動腳找東西。”
在傅斯年領導史語所的同仁科學發掘河南安陽小屯殷墟之前，殷墟甲骨片的出土已有30多年的曆史。19世紀末葉，安陽一帶的農民在耕地時偶然發現了一些甲骨片，藥材商人便當做龍骨來收購。金石學家王懿榮看到這種甲骨片，認識它的價值，便多方購求，此後逐漸引起學者的注意。19世紀末和20世紀初，先後出版了劉鶚的《鐵雲藏龜》、孫貽讓的《契文舉例》、羅振玉的《殷墟書契》等。其後，王國維利用甲骨文研究商朝曆史，寫出《卜辭中所見殷先公先王考》和《殷周製度論》等名作。
這一來，小屯殷墟出土甲骨出了名。古董商、藥材商蜂擁而至，他們一麵搜購，一麵聚眾私掘。外國“代表團”、“考古家”，也都進來高價購買甲骨，殷墟現場受到嚴重破壞。
傅斯年對此聽在耳裏，看在眼裏，遂呈請中央研究院院長批準，由史語所考古組正式組織人員去小屯發掘。開始困難重重，一些人的地方主義、利己主義、風頭主義一時俱來，他們阻撓發掘或強製停止發掘。傅斯年親到開封（當時河南省政府所在地），上靠南京政府的權威，下依河南開明人士的支持，也靠傅斯年的辦事才幹，人事關係才得疏通好，發掘工作才得順利進行。
從1928年到1937年的10年時間裏，殷墟發掘大小共進行15次。傅斯年在百忙中，數次親到小屯視察指導。規模最大的一次發掘是第13次，時在1935年夏。傅斯年偕同法國漢學家伯希和來到安陽。石璋如回憶說：“那時是殷墟第13次發掘，所用人力在三百人以上，為殷墟發掘以來規模最大的一次。也是中國的考古工作在國際間最煊赫的時期。約在五月中旬，氣候已經相當的熱了，他和法國的東方學者伯希和先生到達安陽……伯希和先生對著那樣偉大的陵墓，那樣排列整齊的小墓，那樣大量並精美的燦爛的器物，在孟真所長麵前，不斷的驚訝和讚歎！”“九·一八事變”以後，日寇侵我形勢日急，殷墟發掘被迫停止下來。
在中國近代科學考古史上，傅斯年是第一功臣，這是他對中國學術事業的大貢獻。
傅斯年是北京大學培養出來的，對北大特有感情，在他一生的事業中，對北大也是特有貢獻的。
20世紀30年代是北大輝煌的盛世，教授陣營盛極一時，名家胡適、傅斯年、錢穆、陶希聖、孟森、湯用彤等都是北大教授，陳寅恪等都在北大講課。當時蔣夢麟是北大校長，但推動北大盛世出現的卻是胡適、傅斯年，尤其是傅斯年。蔣夢麟回憶說：“當我在民國十九年（1930年）回北京大學時，孟真因為曆史語言研究所搬到北京，也在北京辦公了。‘九·一八事變’後，北平正在多事之秋，我的參謀就是適之、孟真兩位，事無大小，都就商於兩位。他們兩位代北大請到了好多位國內著名的教授，北大在北伐成功以後之複興，他們兩位的功勞實在太大了。”