他的教育思想的核心一是維護學術自由、教育特別是大學獨立；二是大學工作必須以學術為中心。這本來是辦大學的常識，但在國民黨的專製統治下，維護這些原則是非常艱難的。1949年國民黨敗退台灣後，變本加利踐踏大學獨立和學術自由的製度，肆意逮捕師生。他挺身而出，不準軍警隨意入校捕人。國民黨政府下令實行聯保製度，一人因政治思想“不純正”被判罪，其他人要連坐。麵對這樣極端反動摧殘思想和學術自由的製度，傅斯年憤慨地對國民黨當局聲明，台大師生由他一人擔保，發生問題，他負全部責任，從而迫使這個反動製度在台大無法推行。有些人撰文攻擊台灣大學優容共產黨，說台大的這位、那位教師是“共產黨分子或親共分子”，傅斯年兩次在報上著文反駁，義正辭嚴地說：“學校不兼警察任務”，“我不是警察，也不兼辦特工。”這些言行，凸顯了一個知識分子在國民黨專製統治淫威下維護大學獨立和學術自由的高大形象。與那些巴結專製統治者唯恐不及的學術官僚相比，真有雲泥之別。
台灣“大炮”
傅斯年是個滿腔熱血的愛國知識分子。1932年5月至1937年7月，他和胡適等好友捐資出版《獨立評論》周刊，評論時政，發出知識分子的獨立聲音。而他最為人們稱道的故事是將孔祥熙、宋子文兩位行政院長趕下台。《全集》中留下了這些活動的珍貴資料。
抗日戰爭爆發，國難當頭，國民政府先後成立國防參議會（1937年9月至1938年7月）和國民參政會（1938年7月至1948年3月），作為朝野各方谘詢性的參政、議政機構。傅斯年先後被聘請為參議員和參政員。他不願像禦用文人那樣講“好聽的空話”，一再猛烈抨擊腐敗官員，贏得“傅大炮”的美名。
1942年國民黨政府利用美國貸予的5億美元，提取1億美元為準備金，發行“同盟勝利美金儲蓄券”，規定按20元購買1美元儲蓄券，抗戰勝利後憑券兌換美元。當時美元的黑市價已經是110元兌1美元，孔祥熙一麵下令停止出售美元儲蓄券，一麵則由其部屬出麵，利用職權將尚未售出的350萬美元儲蓄券按官價購進，歸入他的私囊，還有799．5萬美元的儲蓄券則由中央銀行其他人員購進私分。
1943年，當國民參政會參政員傅斯年提出質詢，監察院院長也提出彈劾時，蔣介石竟一麵利用新聞檢查製度封鎖新聞，一麵通過他的侍從室拿走全部材料。蔣介石派遣侍從室主任陳布雷說服傅斯年，以國家利益為借口，力圖把醜聞隱瞞下來，說一旦公開腐敗案，日後恐再難得到美國的支持。蔣介石還請傅斯年吃飯，極力拉攏，冀圖讓傅斯年相信，他會認真處理此案，蔣的真實意圖是不了了之。此事一拖再拖，經過傅斯年等人反複抗爭，直至1945年，才迫使孔祥熙下台。
接替孔祥熙出任行政院長的宋子文同樣是個大貪官。傅斯年在1947年1月3日出版的《觀察》雜誌上發表題為《論豪門資本之必須鏟除》的文章，尖銳地指出：“今天的官僚資本當然推孔宋兩家”，“古人說‘化家為國’，現在是‘化國為家’。”“他（宋子文）的作風是極其蠻橫，把天下人分為兩類，非奴才即敵人。”在如此猛烈的大炮轟鳴聲中，蔣介石立即在1月15日又一次請傅斯年吃飯。傅斯年毫不客氣地對蔣介石說：“宋與國人全體為敵，此為政治主要僵局之一。”接著又在2月15日的《世紀評論》上發表題為《這個樣子的宋子文非走不可》的文章，各地報刊立即紛紛轉載，轟動全國。在列舉宋子文的各種胡作非為後，他說：“我真憤慨極了，一如當年我在參政會要與孔祥熙在法院見麵一樣，國家吃不消他（宋子文）了，人民吃不消他了，他真該走了，不走一切垮了。當然有人歡迎他或孔祥熙在位，以便政府快垮。‘我們是救火的人，不是趁火打劫的人’，我們要求他快走。”在強大的輿論壓力下，宋子文隻好黯然下台。
對學術事業的貢獻
傅斯年有學術心，也有學術事業心。他回國後在中山大學教書，不久就在中山大學創辦“語言曆史研究所”。這是1927年秋天的事，他到中大教書才半年。1928年10月，傅斯年又在中山大學語言曆史研究所的基礎上，籌備建立了中央研究院曆史語言研究所。成立後他即任所長，一直到1950年去世。他的社會、政治職務千變萬化，名堂甚多，史語所的所長職務是一直擔任到底的。
他以史語所為基礎，對中國近代學術事業作出很大貢獻。