傅斯年對北大的第二次貢獻，是在抗日戰爭勝利之後。
抗日戰爭勝利後，國民政府任命胡適為北大校長。時胡在美國，回國之前，北大校長由傅斯年代理。從敵偽手裏接辦北京大學，有很多棘手問題，如對日本統治下的北京大學的教職員如何處理便是一個問題，傅斯年決定一個不用。他給夫人俞大彩寫信說：“大批偽教職員進來，這是暑假後北大開辦的大障礙，但我決心掃蕩之，決不為北大留此劣根。”把困難解除，把“天下”掃平，為胡適回校鋪好道路，這是傅斯年做代理校長以報胡適的決心。他給夫人的信又說：“實在說在這樣局麵下，胡先生辦遠不如我，我在這幾個月給他打平天下，他好辦下去。”
自由：不是為了反自由
傅斯年，新文化運動和“五四”愛國運動的風雲人物，一個敢說敢罵的山東漢子。他在新文化運動中擁有重要的地位。
一是組織新潮社和辦《新潮》雜誌。胡適後來曾在《中國文藝複興運動》一文中說：“《新潮》雜誌，在內容和見解方麵，都比他們的先生們辦的《新青年》還成熟得多，內容也豐富得多，見解也成熟得多。”盡管公平地說，就社會影響而言，《新潮》仍是《新青年》之下的第二提琴手，但作為《新潮》雜誌的主任編輯，傅斯年對這份雜誌的貢獻是巨大的。
第二件大事是領導了5月4日的愛國大遊行。當天上午13間學校籌備遊行示威的會議是傅斯年主持的。下午2點半左右開始的遊行，總指揮是傅斯年。他扛著大旗走在隊伍前列，後來也是他率領隊伍衝到趙家樓。出人意料的是，第二天他就堅決退出學生運動。然後他就出國留學，一去就是7年，直到1926年秋才回國。
傅斯年第二次同學生運動遭遇是在1927年。1927年的廣州，正是學生運動風起雲湧的多事之秋：中山大學左右兩派學生勢同水火，4月政變以後，執政當局橫暴地捉拿學生。當時，傅斯年在中山大學任教授，兼文科主任（文學院院長）和中文、曆史兩係係主任。
第三次是1935年的“一二·九運動”，當時傅斯年是北大的兼職教授，是堅決支持抗日的。
傅斯年麵對的第四次學生運動高潮是在1945年至1946年代理北大校長期間。
最具典型意義的是他對1945年學潮的處理。
傅斯年在給夫人的一封信中寫道：“11月25日，學生有會，地方當局（關麟征、李宗黃、邱清泉）禁止，學生仍開，遂在校外大放槍炮，幸未傷人，次日罷課。學校當局一麵向地方當局抗議，一麵勸令學生複課。乃李宗黃（代理主席）所組成之‘聯合行動委員會’竟於12月1日派大隊人分五次打入聯大，兩次雲大。其中一次……死者四人，鋸去大腿者一人……此外重輕傷十餘人，此等慘案有政治作用者豈有不充分利用之理？四個棺材一條腿，真奇貨可居，全昆明鬧得不亦樂乎……我對於李宗黃等之憤慨不減他人，同時也希望學校能恢複常軌。”“總括說：（1）地方當局荒謬絕倫，李宗黃該殺，邱清泉該殺，關麟征代人受過。（2）學校內部有好些不成話之事。”
從這封信中可以看出他對這些事件的態度：他敢於對抗當局的橫暴，救助學生，顯示了自由知識分子的本色。但反對學生陷入政治鬥爭，力求維護學校的正常教學秩序。
這是傅斯年的一貫思想。他念念不忘1926年中山大學的整頓，認為在結束學校混亂狀態、改進教學等方麵的確起過良好的作用。更重要的是，他的意見體現著胡適派知識分子對“五四”以來中國學生運動的反思。
他們認為，學生幹預國事是政治腐敗造成的，是關心國計民生的正義行動。但是，頻頻發生的學生運動已經出現不正常的現象：動輒罷課，學業損失太大，對大學和國家學術文化發展不利，學生不應淪為黨派鬥爭的工具。有些學生集會不尊重少數人的權利，不尊重他人的自由，不準反對自己意見的人發言，甚至發展到把與自己觀點不同的報館燒掉，把政敵的房子和家具燒掉，這就已經脫離民主、自由和法治的正軌，轉化為暴民專製。