史學研究領導者
中國現代人文學科和社會科學是在新文化運動推動下逐步成長起來的。曆史研究是其中成績最為卓著的學科之一，裏麵就包含著傅斯年艱辛耕耘的成果。往日由於材料分散，人們很難了解他的有關成果，《全集》的出版解決了這一難題。
1927年春，他被聘為廣州中山大學文科主任（文學院院長）兼國文、曆史兩係係主任。一年後，又負責創辦中央研究院曆史語言研究所，此後，他擔任這個研究所的所長22年，直至離開這個世界。翻開《全集》第六卷，一篇篇曆史語言研究所的工作報告和其他相關文獻，記下的就是中國史學研究進展的非常重要的部分。從1928－1937年，傅斯年領導曆史語言研究所排除阻力，對以安陽為中心的殷墟作了15次大規模的考古發掘，找到大批甲骨文和殷商文物，才為殷商史和甲骨文研究奠定了堅實的基礎。城子崖等處的發掘，對古代中國和中國文化的研究也具有裏程碑意義。
北京和台北的故宮博物館都藏有大量明清檔案，但很多人都不知道，這些檔案在清末曾被視為無用之物，打算付之一炬；而辛亥革命後日本的一家公司已經立約買下，打算運回日本。羅振玉、馬衡等著名學者曾為保護這一無價之寶出了大力，傅斯年建議當時在國民政府擔任要職的蔡元培出錢買下這批檔案，最終避免了一大劫難，直至今天，中國史學研究仍深受其惠。
僅憑上述卓越的學術領導工作，已經足以令傅斯年在20世紀中國史學史上占有重要的一席，何況他在史學研究上還有引人注目的建樹。其中最突出的一點是領導曆史語言研究所的同仁建立了影響深遠的優良學風——把收集史料作為曆史研究的最重要的基礎。用他的話來說是：“凡一種學問能擴張他所研究的材料便進步，不能的便退步。”“一分材料出一分貨，十分材料出十分貨，沒有材料便不出貨。”他甚至直截了當地說：“史學便是史料學。”
與此同時，他堅決反對以倫理道德或政治等理由歪曲曆史。他說：“對青年是不應該欺騙的，治史學是絕不當說謊的。”“把些傳統的或自造的‘仁義禮智’和其他主觀，同曆史學和語言學混在一氣的人，絕對不是我們的同誌！”他是在1928年5月寫下這段話的。國民黨正在扼殺學術自由，捏造和歪曲曆史為自己的專製統治服務，以固定的模式硬套中國曆史的歪風也開始蔓延。他的警告是非常及時的，盡管一介書生無法阻擋這些禍國殃民的洪水泛濫。
北大“功狗”
傅斯年是一位傑出的教育家，北京大學和台灣大學的重要領導人。他隻活了55歲，在短暫的一生中，從進入北大讀書開始，就一直沒有離開過大學，先後出任中山大學、北京大學、西南聯大教授，北大代理校長和台灣大學校長。他有很強的行政能力，對北大來說，他隻出任代理校長一年（1945年8月－1946年8月），但是從1929年開始，直至1948年間，除很短時間外，一直兼任該校（包括西南聯大）教授，實際上做了很多校務工作，以至於羅家倫和他開玩笑，說蔡元培、胡適是北大的功臣，而他們是“功狗”。他的教育生涯的頂峰則是把一個頗為混亂的台灣大學整頓、引導進入正軌。有學者說：“台大校史上，孟真（傅斯年）先生雖非創校校長，但在常規及製度之設立上，恐無人能出其右。”