不僅如此，文中有不少篇章直接批評中國延續的封建君主專製。第十七卷《儒政諸子考》中說：“孟子、荀子都認為桀紂非君，湯武非弑。”其道理在於：“為民賊者，人人皆得而戮之也。”他甚至由此引申開來，把陳涉起兵反秦看作是順乎天理，合乎人情的一種舉動。書中說：“見秦王無道，人人皆得而誅之，而陳涉、項羽首先亡秦，可以代秦，是亦一湯武也。”康有為在此把農民起義的領袖和曆來被推崇為聖人的湯武相提並論，確實是一種石破天驚的論調，表現了他鮮明的階級感情。
由以上的綜述可以看出，《孔子改製考》言民權、倡大同。是康有為假托孔子的名義來實行變法的一個理論基礎。他以封建統治階級最尊崇的權威孔夫子來打擊政治上守舊的頑固派，以減少新法推行中的阻力。
但是，事情並非像康有為預想的那樣，《孔子改製考》一刊登，在封建士大夫的各個階層中都掀起了軒然大波。頑固派視民主大同如洪水猛獸，指責它是邪說，他們認為：“孔子之製在三綱五常，而亦堯舜以來相傳之治道也。”指責康有為偽典籍滅聖經，托古論製而亂法律，主張民權，目無君上，是士林敗類，名教罪人，要求清政府嚴懲。
洋務派和頑固派的觀點大體相同，張之洞見到刊出《孔子改製考》後，十分惱怒，在《勸學篇》中予以反駁。洋務派認為，君臣之義“與天無極”，而《孔子改製考》卻完全拋棄三綱五常，鼓吹民權。洋務派無論如何都不能容忍康有為的觀點。張之洞指責他有菲薄名教之心，批評他“忘親”、“忘聖”，“欲舉世放恣黷亂而後快”。
不僅如此，原來與維新關係極為密切的帝黨官僚也開始改變對康有為的看法，翁同和在日記中有這樣一段記載：“（四月）初十日……上命臣索康有為所進書，令再寫一份遞進。臣對：‘與康不往來。’上問：‘何也？’對以：‘此人居心叵測。’曰：‘前此何以不說？’對：‘臣近見《孔子改製考》知之。’”
從以上我們可以看出，《孔子改製考》的刊出在當時的思想界確實影響很大。康有為本來是想借孔子改製的理論為他的變法找一個可以依靠的基礎，喚起民眾的注意，以轉換人心，結果卻事與願違。他的民主大同理論樹立得太高，曲高和寡，不但一般士子難以接受，還引起了整個官僚、士大夫階層的不滿。
康有為有關孔子改製的考證，牽強附會，生拉硬扯，很不嚴密，這在儒學占統治地位的社會中很容易引起人們的反感。朱一新在政治上不滿慈禧的專權，他在學術上指出康有為的不嚴謹，說：“明學術而學術轉歧，正人心而人心轉惑。”很明白，《孔子改製考》不僅沒有起到預期的作用，反而給人可以攻擊的口實。剛毅、徐桐等頑固派因此書對維新派愈加怨恨，即使原先同情變法的官吏也因此書而生疑忌之心。
在這種情況下，不少人上書給光緒皇帝，請求嚴禁這種悖論之書。協辦大學士孫家鼐揭露康有為《孔子改製考》第八卷中《孔子製法稱王》一篇：“雜引讖緯之書，影響附會，必證實孔子改製稱王而後已，言春秋即作，周統遂亡，此時王者即是孔子。無論孔子至聖，斷無此僭亂之心，即使後人有此推尊，亦何必以此事反複征引，教化天下？”孫家鼐認為，正當朝廷宣告維新，百廢更張之時，康有為卻要“以衰周之事，行之今時，竊恐以此為教，人人存改製之心，人人謂素王可作”，這樣，必然“導天下於亂”。因此，他請求皇上明降諭旨，將康有為書中有關孔子改製稱王等字樣，“亟令刪除，實於人心風俗大有關係”。
更有甚者，原來與維新派過往甚密的湖南巡撫陳寶箴也上書說：“其徒鬆之，持之愈堅，失之愈遠，器然自命，號為康學，而民權平等之說熾矣。甚或呈其橫議，幾若不知有君臣父子之大防。”因此，他要求皇帝“飭下康有為將所著《孔子改製考》一書板本，自行銷毀”，認為這樣既可“以正誤息事”，又能使其“平日從遊之徒不致味味然守成說誤宇於歧趨”。另外，百日維新期間還有禦史文悌，禮部尚書許應馬癸等人均曾攻擊過康有為的民權學說。
但是，我們知道，《孔子改製考》並未被光緒帝下令禁毀，而是在維新變法失敗後被禁的，光緒未被一係列的彈劾說動，這其中是有原委的。
根據一係列的資料證明，康有為所進呈給光緒皇帝的《孔子改製考》與刊本有所不同，其中經過了一番大大改善的，《孔子改製考》寫本在戊戌五月初一日（6月19日）遞交總理衙門，五月初四日（6月22日）再由總理衙門進呈光緒帝。
戊戌四月二十三日（6月11日）光維帝頒布明定國是詔書，宣告了醞釀多年的變法高潮的到來，二十八日（6月16日），又召見康有為，商討變法方略。兩天之後，康有為又將《孔子改製考》一書加以修改繕寫呈給光緒，而當時，此書已經有了刊本，康有為此舉實在很令人費解，對比看來，我們可以知道，進呈本和刊本有著很大的區別。