首先，進呈本在一定程度上磨滅了大同思想的精神。
在進呈本中，康有為將戊戌正月所作序言中有關大同思想的論述全部刪去，而寫了一篇旨意相反的序言，把寫此書的目的稱為“尊聖扶教，防遏橫流”，強調“釋老詞章之舉行，至使天下不知尊聖，不知親聖，異教橫流……則我君臣父子之道將此將湮，豈不畏哉？”顯然，這裏的大同思想已被衝談了許多。
其次，進呈本的主旨是宣揚以孔教搶救世變的思想。
康有為認為，要在政治上推行新法，振興民族，必須用孔教來統一人心，認為孔子的教義和他的哲學思想最適合中國的國情，他說：“天哀大地生人之多艱，乃降聖人而極民患，為神明，為聖王，為萬民作師，為萬民作保，為大地教示。”而他這裏所講的聖人，也就是中國封建社會尊奉了幾千年的孔子。而進呈本的孔子是一個典型的君權維護者。“孔子作春秋而亂臣懼，作六經而大義明，傳之其徒，行之天下，使人知君臣父子之綱，家知仁恕忠愛之道，不然則民如標枝，人如野鹿，賊心亂性，悍鷙狠愚”。若孔子的教義深入人心，那麼情況就大大不同了，皇上可以“晏安無為”，“垂裳而治之”。在這裏，孔教成了中國封建社會末世的靈丹妙藥，成了國家的頂梁大柱。
顯然，康有為已把孔教的傳播，當成推行新法，挽救世變的根本大計。所以，他進呈《孔子改製考》並作了大幅度的改動，以稱光緒之心，求得信任和支持。事情正如康有為所料，他的刊本《孔子改製考》大受攻擊，而因為他事先有改過的進呈本交給光緒，所以，他的書也因此被保存下來。
但是，戊戌變法失敗後，不用說康有為，連光緒皇帝也是自身難保，《孔子改製考》也和它的作者遭受了同樣的命運，被清政府禁毀。
談《新學偽經考》
《新學偽經考》為康有為所撰，康有為的一生中，經曆了第二次鴉片戰爭，中日戰爭，戊戌變法運動，義和團運動，辛亥革命，五四運動，第一次國內革命戰爭等重大的曆史事件，他的主要政策論文，就是在他戊戌變法運動期間寫就的。
在對待國家前途和民族命運的大問題上，甲午中日戰爭前，上層社會中表現為不同觀點的四個政治派別。一派是以慈禧太後為頭子的地主階級頑固派——反動的封建專製勢力的代表頑固派極力維護腐朽沒落的封建專製製度，反對一切政治改革，仇視資本主義的文明，一方麵，他們害怕外國勢力促使封建社會解體和資本主義因素發展，因而盲目地排外；另一方麵又極其害怕國內人民的革命鬥爭，不惜出賣國家主權和民族利益，勾結帝國主義對之進行鎮壓，他們雖在垂死掙紮，卻得到朝野上下一切反動的封建勢力的支持，形成強大的同盟，牢牢地掌握著軍政大權，一派是以李鴻章，張之洞為代表的洋務派，即地主階級中的改革派，他們主張“中學為體，西學為用”，利用掌握的一部分政治、經濟實權，在不動搖封建製度的前提下創辦洋務、訓練軍隊、籌建海防、創建新式的海陸軍；建立官辦的軍事工業和民用企業，開設同文館、西學館和派遣官學生，出國留學，洋務派舉辦新政，標榜求富求強。
但也對內堅持鎮壓人民，對外妥協乞和，在維護封建專製製度上，洋務派與頑固派的本質並無二致，一派是以康有為、梁啟超為領導的資產階級維新派，他們是地主階級中由民族資產階級轉化過來的人物，代表著新興資產階級的利益。維新派指摘洋務派隻是學了西方的皮毛，沒學西方富強的本源，西方富強的本源不在於軍事裝備，機器生產，而在於資本主義製度。他們要求進行自上向下的全麵的根本的改革，以君主立憲形式的資本主義製度代替封建專製製度，另外，還有一股政治勢力，就是圍攏在光緒皇帝身邊的所謂“帝黨”的開明官僚集團，代表人物有光緒的師傅翁同和以及沈曾植、文廷式等。他們本是官僚地主階級的上層分子，但隨著帝國主義入侵和國內階級矛盾的日益尖銳化，他們對形勢逐步有了較清醒的認識，並希望通過變法從慈禧太後為頭子的頑固派手中奪回最高權力，使國家變弱為強，因而支持光緒皇帝進行革新政治，成為維新派的同盟者。甲午中日戰爭後，這四股勢力大體上形成勢不兩立的兩大派。頑固派和洋務派沆瀣一氣，為了維護封建專製，對外國侵略者步步屈辱投降，堅決反對國內任何改革，維新派則和帝黨官僚聯合在一起，為了挽救民族危機，發展民族資本主義、發動了戊戌變法，也稱“百日維新”。
戊戌變法運動，是一場資產階級的改良運動，它雖然最後失敗了，但其啟蒙、創新之功是不可埋沒的。它在我國近代史上有著重大的曆史意義和起過積極作用。