貞觀十七年（公元643年），李世民的另一個兒子齊王李佑搶先在齊州叛亂；夏4月，太子李承乾、漢王李元昌、吏部尚書侯君集等又勾結謀反，事情敗露後，太手李承乾被廢。不久，魏王李泰也因陰險毒辣，總是伺機篡位而被罷黜。最後，唐太宗立了為人寬厚的晉王李治做太子。原太子李承乾被廢，寵兒李泰被黜（chu），讓唐太宗的精神上受到很大的打擊。也反映了唐太宗處理父子關係、協調王位繼承的能力還是有所欠缺的。
唐太宗一生一直為沒有拿下高句麗國而鬱鬱寡歡。唐太宗的文治武功，使唐朝的疆域極為寬廣，高句麗不向太宗稱臣，這對稱雄四方的唐太宗而言，心中總是不快。隋朝楊堅、楊廣父子前後四次派大軍壓境攻打高句麗，都勞而無功，這使唐太宗對討伐高句麗有所顧忌。早在魏征生前，唐太宗就想遠征高句麗、一統天下，擴大自己的疆土，但是都被魏征一次次地勸阻。魏征死後，唐太宗少了一個能夠左右自己的人，所以到了晚年，雖然多數臣僚反對他征討高句麗，但是他仍然力排眾議，連續征發大軍討伐高句麗。
貞觀十八年（公元644年），高句麗的大將莫離支率兵攻打新羅，唐太宗派人到平壤，請高句麗王罷兵，高句麗王召回莫離支，使臣宣讀了唐太宗的詔諭。但莫離支不受詔，這促使唐太宗下決心征討高句麗，命令唐軍和新羅、百濟、契丹、奚等少數民族的軍隊分路出擊高句麗。
貞觀十九年（公元645年）春，唐太宗親自帶兵征討高句麗。但是高句麗國所處的緯度較高，唐太宗到達高句麗時已經是冬天了。從西伯利亞吹來的一股股寒流使氣溫驟降，河流開始封凍，農作物也都凍死了。唐軍的草糧告乏，隻好撤軍。歸途中又遇暴風雪，兵卒馬匹多有凍死。
貞觀二十一年（公元647年）2月，唐大宗決定再征高句麗，他派李勣等人率兵一千多人海陸並進襲擊高句麗。當時高句麗國內恰逢大旱，兵力和糧草補充不足，所以唐太宗就取得了戰鬥的勝利。
貞觀二十一年（公元647年）年底，高句麗王派兒子到長安請罪，唐太宗接受了。
貞觀二十二年（公元648年）春，唐太宗對高句麗國王的謝罪並不滿意，又派大軍三萬從山東萊州乘戰艦渡海攻打高句麗。
貞觀二十二年（公元648年）6月，唐太宗和大臣們商議在次年春舉兵三十多萬，準備一舉攻滅高句麗，於是命令相對比較富庶的劍南道（今四川成都一帶）政樹造軍艦，沿長江東下轉道到萊州。
公元648年秋，巴蜀一帶的山民因為被催逼造戰艦而負擔過重，終於起來造反，唐朝用兩萬多的兵力前去鎮壓，征討高句麗的計劃一度擱淺。
此時的唐太宗因為前幾年出兵遼東，長途跋涉，備受辛苦，又因為近來的國內暴亂操心過度、競然一病不起。他征服高句麗的願望再也不可能實現了。