當然，相比其他，收拾孫立人還是整個過程中的重頭戲。當時，孫立人在軍隊中拉幫結派的行為已經暴露，郭廷亮又“受命”進行發難串聯，引動二十多人向當局告密。於是毛人鳳接到小蔣的指示，迅速采取行動，一邊讓情報局特勤室主任毛惕園在台北秘密逮捕郭廷亮，一邊親自指揮對各部隊中“聯絡員”的圍捕，一共抓了三百多人，最後立案有罪者一百多人。
常言道：伏虎容易縱虎難。一場涉及幾百名少壯軍官的大逮捕，總該對外界有個“像樣”的交代吧。如果說是台島的“西安事變”，美國人會出麵幹預，弄不好孫立人還可逃脫製裁；如果說是陰謀政變，震蕩太大，勢必會引起島內海外對台灣政局穩定與否的猜測，而且由此牽帶出孫立人搞的意見書、改革方案，其中涉及製止腐敗的內容，肯定會博得方方麵麵的同情和支持，“負麵”效應實在是太大了。為此，老蔣心事重重，最後選擇了以“共諜案”連累孫立人的方式平穩順利地解決了這個難題。
如此工於心計的老謀深算，究竟發端於何人？根據現有的資料，無從查考。但有一點是清楚的，即整個“孫立人”事件的關鍵——“郭廷亮匪諜案”是毛人鳳一手羅織的。為此，毛人鳳軟硬兼施，多次找郭廷亮密談，要郭顧全大局，承認自己是“共諜”，最後擒得郭廷亮臣服。
“郭廷亮匪諜案”成立後，由軍事法庭判郭為死刑。當天總統出麵核減為無期徒刑，一直關在原保密局的看守所內。1975年4月蔣介石去世，台灣當局對所有的在押犯實施減刑，郭廷亮由無期徒刑減為十五年有期徒刑，（其時，郭已服刑二十年），獲得釋放。但情報局出於特殊的考慮，沒有讓他出獄回家，而是直接押送到綠島，以“分配工作”的名義延長監禁。到了1988年小蔣去世，不久孫立人又恢複自由，郭廷亮才通過傳媒，公開發表了以前寫給張群和蔣經國的“陳情書”，接著分別於1991年11月17日至11月25日，發表了致國民黨中央秘書長宋楚瑜，以及“總統”李登輝的“陳情書”，詳細地披露了羅織此案的內情，其間毛人鳳的活動尤為引人注目。
據郭廷亮陳情：1955年5月25日，他被秘密逮捕後，關在台灣南部的鳳山，晝夜接受拷打，“在身心完全崩潰及非自由意誌之下，依照偵訊官們所設計的奸險政治陰謀，捏造了許多荒謬而毫無事實根據的口供和自白”。從25日起，他被放到老虎凳上，直到6月4日放下來，已“奄奄一息”，“躺在地上做生死的掙紮”。6月20日，特工人員突然改變審訊方式，開始要求他“扮演匪諜自首”。情報局特勤室主任毛惕園對他說：“你必須站在黨國利益的立場上，來與我們密切合作，扮演假匪諜自首，使政府對輿論及社會各界有所交代。”7月14日，情報局長毛人鳳用自己的專用轎車，把他接到毛公館談話。毛人鳳說：“為了使這次案情不要擴大而能圓滿解決，隻有委屈你了。所以我要毛（惕園）主任勸告你，站在黨國的立場和我們密切合作。這不但是為了黨國的利益，也是處理好參軍長孫上將的唯一辦法。”接著，毛人鳳故意提到了郭的妻子和年在垂髫的兒女，使他產生顧慮，並說：“我保證你的軍籍、軍職和事業前途，絕不會因本案而受到任何的影響。”毛還說：“本案是以你自首來辦理，所以既不公開，也不起訴，僅在政府內辦個手續，然後我將真實情況向領袖提出報告，以政治方式來解決。”
據郭廷亮的“陳情書”所述，由於毛人鳳的軟硬兼施，他屈服了——“當時我聽了毛上將的訓示，為了黨國利益，隻有遵照他的指示去做。因此，後來所有的自首書和口供筆錄，都是以當時案情發展的需要，由毛（惕園）主任等杜撰編造的”。
1955年9月9日，毛人鳳首次在偵防組召見郭廷亮說：“為使本案能圓滿順利的結束，你必須毫不遲疑地照我的話去做。特別是王雲五先生（九人調查委員會成員）約談時，一定要根據我們為你所編的資料去回答，以免引起不良後果。王雲五先生現任行政院副院長，他不僅在學術界有崇高的地位，而且也是無黨派人士有力的代表人物。作為一個革命軍人和忠貞的國民黨員，絕不可在無黨派人士麵前，說出有損黨國利益的言論。”郭廷亮在“陳情書”中還回顧說，當時毛人鳳曾向他交底：“現在我可以坦白地告訴你，本案之所以要這樣做，我們完全是執行最高當局的決策！”
9月10日，郭廷亮在嚴密的戒護下，乘車去“國防部”軍法局，接受王雲五委員的約談，內容全都按事先編定的口徑應對。到了10月份，九人調查委員會的報告書見諸於媒體，這就是本節開頭的那段“官樣文章”。至此，“郭廷亮匪諜案”已告成立。
然而，事情並不像毛人鳳說得那麼簡單。郭廷亮在“陳情書”中又披露了一些情況——1955年12月初，毛惕園突然通知他說：“你的自首雖獲上級批準，但仍需經過軍法審判。”郭廷亮當即爭辯說：“上級既已批準我的自首，依法就不應該再軍法審判；既要軍法審判，就是自首沒有批準。”為此，兩人爭論不休。接著毛人鳳第三次出麵約郭廷亮，時為12月26日。毛人鳳對郭說：“由於調查委員會的調查及新聞界的傳播，上級不得不決定依法來處理，因此本案必須移送軍法局辦理。但無論將來案情如何發展，我再度向你保證，你的軍籍、軍職和事業前途不致受到絲毫的影響，將來無論軍法局對你的判決如何，都隻是一個形式而已。”於是，郭廷亮又屈服了，並按原先的陳述在法庭上“供認不諱”，具結按了手印。