9月14日，段雲鵬西裝革履，商人打扮，從香港乘廣龍線一進入深圳，立即被公安部門的監控點發現，並通知了廣州。就這樣，一張鋪設了將近四年的大網，終於在廣州收攏，羅瑞卿部長得知段被擒獲的消息指示：“必須十分注意，不能出亂子，絕不能讓他跑掉！”並下達命令迅速將段押解北京。為此，公安部隊選派了10個身強體壯，有豐富擒拿經驗的幹警，用一架空軍專機將段雲鵬從廣州押到北京。為隱秘安全起見，把段關在公安醫院的急救汽車裏，送到草嵐子看守所。這裏專門為段準備了一間單獨的牢房，裝上粗粗的鐵柵欄，一盞照明燈，亮得刺眼，直射牢內，門口24小時不斷崗，死死看住了帶鐐上銬的段雲鵬。
毛人鳳從香港站得知“段已平安潛入大陸”，十分高興，特命香港站站長，出麵款待有關的協助人員，就在眾特務酒酣耳熱之際，大陸一邊，羅瑞卿部長正親自向毛澤東主席彙報活捉飛賊段雲鵬的經過，毛主席風趣地說：“他不是飛賊嗎？讓他飛個樣子看看嘛！”段雲鵬在大陸蹲了十五年牢，於1969年10月被押解到天津槍決。
查處“孫立人事件”是毛人鳳涉足“內工作”的一個“傑作”。
1955年8月20日，蔣介石發布“總統令”稱：“總統府參軍長陸軍二級上將孫立人因匪諜郭廷亮案引咎辭職並請查處，應予照準，著即免職。關於本案詳情，另請調查委員會秉公徹查，報候核辦。”隨後，中央成立了以陳誠為主任委員，王寵惠、許世英、張群、何應欽、吳忠信、王雲五、黃少穀、俞大維等為委員的九人調查小組，負責對此案進行調查。兩個月後，即1955年10月21日，蔣介石又發布“總統令”稱：“以孫立人久曆戎行，曾在對日抗戰間作戰立功，且於案發之後，即能一再肫切陳述，自認咎責，深切痛悔，既須令準免去總統府參軍長職務，特準予自新，毋庸另行議處，由國防部隨時察考，以視後效。”與此同時，媒體發表了九人調查委員會的報告書，結論有二：第一，“郭廷亮為匪諜，並利用其與孫立人將軍之關係執行匪諜任務，陰謀製造變亂，其本人業已承認不諱”。第二，“孫立人將軍對於郭廷亮信任甚深，不僅未覺其為匪諜，且因為孫將軍企圖利用郭廷亮在軍隊中建立個人力量，乃至墮入郭廷亮匪諜活動而不自覺”。
這就是所謂的“孫立人事件”，它由兩個案子組成，一個是“郭廷亮案”，要害在於利用孫的信任與重用，執行“共諜”任務；另一個是“孫立人案”，要害在於利用郭在軍隊中的關係擴張勢力，間接為“共諜”提供方便。於是，繼吳國禎之後，台灣軍界最富有實力的親美派分子——孫立人徹底倒台，由此開始了長達幾十年的軟禁生涯。
據九人調查委員會的“報告書”所述，“郭廷亮匪諜案”是證據“確鑿”，脈絡“清楚”的，具體事實如下——
郭廷亮是孫立人的老部下。1929年，財政部長兼中央銀行總裁宋子文成立由財政部緝私處指揮的稅警團時，選中美國西點軍校畢業生孫立人出任團長。1938年，稅警團發展成為稅警總團，還辦了幹部教練所。郭廷亮於1939年考入教練所學員隊第二期，畢業後留所任區隊長等職。1941年11月，稅警總團奉命改編為野戰新編三十八師，孫立人出任少將師長，郭廷亮被其選中，出任中尉排長，自此一直追隨孫立人前後。太平洋戰爭爆發後，中國與美、英結成反法西斯統一戰線，按三國軍事協定，三十八師編入中國遠征軍，於1942年進入緬甸抗日，郭廷亮在緬北兩次戰役中被提升為重炮營上尉連長。抗戰結束後。孫立人以軍長資格率新一軍開往東北“剿共”，郭廷亮升為榴彈炮營少校連長。
1948年1月，新一軍奉東北行轅主任陳誠命令駐防沈陽，郭廷亮與連部駐地鐵西二道街三義和米棧老板白經武來往密切。1948年4月，郭廷亮部奉命開往前線作戰後，白經武以“共諜嫌疑”罪名遭逮捕。1948年初冬，郭廷亮所在部隊被解放軍消滅，當時孫立人已奉調台灣主持新兵編練事務，郭從前線化裝逃出，潛入已被解放的沈陽，找到獲釋出獄的白經武，請他幫忙搞一張路條逃離“敵占區”。
11月3日，白經武把郭廷亮引到沈陽鐵路局飯店會見其兄，即解放軍東北鐵路護路軍（呂正操部）聯絡科科長白經文。白經文先後與郭談話四次，得知郭為孫立人老部下，在“國軍”中關係甚多時，有意發展郭為“共諜”，從事兵運工作，要求郭“長期潛伏，掌握部隊”，“設法製造國民黨軍隊的大規模變亂，同時俟機策應解放軍進台灣”。郭表示願意為中共工作，並填寫了自己的詳細履曆及有關表格。白經文又介紹一位馬科長，當麵與郭約定，以沈陽鐵西二道街三義和米棧自經武先生收為通信地址，今後中共派往台灣的聯絡人員以“白先生要來看你”為接頭暗號。
1948年11月12日，郭取得路條1張和十兩黃金偕妻子一同逃往天津，途中遇見新一軍的同僚，結伴於年底來到台灣，由孫立人派往陸軍訓練司令部儲訓班第四隊任副隊長與第四軍官訓練班入伍生總隊少校營長。