事後，郭廷亮背著“黑鍋”去服刑，毛人鳳倒也守信用，對郭的家屬給予了盡心的照顧。1956年初，毛人鳳命毛惕園將位於圓山的房子騰出來，讓郭廷亮的妻子兒女搬進去住。毛人鳳死後，這種照拂繼續得到貫徹。1981年，台灣警備司令部出資三十萬元新台幣，買下永和一處房產，產權歸郭廷亮的兒子郭誌忠。1982年，郭廷亮被批準回家探親，台灣警備司令部又給予一次性“生活補助費”六十萬元新台幣，直到郭的一係列“陳情書”陸續公布於眾，才知是交易的代價。可惜，此時孫立人已死去1年多矣！
從國民黨退到台灣開始，毛人鳳就在盤算著自己保密局的發展前途。他一直都在考慮：國民黨特務機構比起共產黨的情報機關，不知要強大多少倍，但為什麼在雙方的較量中，國民黨卻屢屢處於下風？他認為其原因就是，內部派係之爭激烈，內耗嚴重，因此，特務機關的工作效率低下，他多次向蔣介石提出，要改變目前的現狀，必須嚴格各單位的職責範圍。
1950年初，蔣介石在台灣就職“總統”後，決心統一特務組織。他派出他的長子蔣經國任所謂“總統府資料室”主任，規定各機關所搜集的情報都要送到“總統府資料室”處理，實際上，這個時候蔣經國已控製著國民黨的各個特務機關。
然而，毛人鳳仍然認為，國民黨特務機關的許多弊端並沒有徹底革除。譬如，延續了近二十年的軍統與中統之爭還在繼續，這無疑在消耗著國民黨本身的實力。毛人鳳深感，內部的耗鬥實在是教訓太深刻了……
抗戰時期，毛人鳳任軍統局本部秘書時，發生了一起軍統與中統之間的最大火並，至今，他還清楚地記得。
1943年，戴笠到淳安視察工作。當時浙江緝私處長趙世瑞發現杭州來的兩艘商船滿載私貨，內中夾帶大批鈔票，商船持有中統局的證明文件，戴笠發現之後如獲至寶，把鈔票用飛機運往重慶，給中央銀行檢查，確認是偽幣。
後經審訊，押運員隻道出鈔票是中統上海負責人命他運到後方買貨運回上海的，但鈔票來源並不清楚，他隻知道領鈔票的地點。在長時間調查後，仍無法核實。後來，戴笠通過杜月笙和通濟公司負責人徐采永查明，原來上海中華書局代中央銀行印刷鈔票的銅版，在上海淪陷前，運往香港中華書局保存。香港淪陷後，銅版被日本特務拿到上海仿印，印的鈔票交中統的地下特務偷運後方，搶購物資外運。
戴笠把這件事立刻向蔣介石彙報，蔣聞後大怒，下令撤銷了中統局長徐恩曾的職務。中統受此打擊，從此一蹶不振。
當時，毛人鳳並沒有沉浸在軍統勝利的巨大喜悅之中。他開始思考，如何才能避免這種爭鬥？因為這種爭鬥常常會給對手以可乘之機。不過，當時的毛人鳳不可能改變那種狀況。待毛人鳳升到保密局長後，又值國共大戰，亦無暇顧及。盡管在軍統與中統的多次爭鬥中，軍統始終處於上風，但毛人鳳卻認為，為什麼不利用中統的力量珠聯璧合，一定要互相傾軋呢？當然，這個問題隻有蔣介石本人才清楚。
大陸解放後，中統組織仍在香港及台灣、澳門有著十分強大的特務力量。這一點毛人鳳十分清楚，因為他的行動隊員在這些地區執行任務時，不僅得不到全力支持，甚至有時還遭到刁難，這使他吃夠了苦頭，他當時就想，如果這些組織能夠歸他統一指揮，那麼行動起來就會如虎添翼，順當多了。
毛人鳳多次找到蔣介石和蔣經國父子陳述自己的意見。而蔣介石本人也逐漸意識到，各特務機構之間工作界線不明，雖然可以起到相互製約的作用，但是互相之間的扯皮及明爭暗鬥也會弊大於利。終於，他對蔣經國吩咐道：各情報部門之間應明確劃清工作界線，以提高辦事效率，加強各部的責任。
1955年3月1日，毛人鳳的“國防部保密局”改為“國防部情報局”。該局和“司法行政部調查局”劃清工作界限。
“司法行政部調查局”，就是原國民黨中央執行委員會調查統計局。抗日戰爭結束後，改為“內政部調查局”。後與“國防部情報局”合並改為“司法行政部調查局”。“內政部調查局”到台灣後，還從事大陸的特務活動，在香港、澳門等設有情報組。他們的不少活動都與原保密局發生衝突。