吳仁寶十分重視製度創新，他從華西實際出發，製定了一整套具有華西特色的管理製度和分配製度。他按照“以人為本、製度管人、人管製度”的思路，創造性地提出了“企業合作製、廠長負責製、經理監管製、工代議事製”等製度。對員工實行“首位高工資、末位淘汰製、違章辭退製”。在分配機製上，他堅持“少分配，多積累；少拿現金，多入股。”他說，華西村不搞“大鍋飯”，也不搞“獨吃飯”。適當拉開檔次，又不脫檔。做到“國家一頭，依法交足；集體一頭，積累留足；農民一頭，保證富足。”吳仁寶認為，農民辦企業要發展，要壯大，隻能靠自我積累，增強自身的造血功能，絕不能依賴國家的貸款，更不能搞高利息集資，債台高築，靠“輸血”過日子。在用人機製上，吳仁寶提出了獨特的人才標準——“三正三平三守”，即“辦事認真、處事公正、經營廉政；政策水平、管理水平、技術水平；守法、守約、守信譽”。他提出了“舉賢不避親，舉親不避嫌。用人少疑，疑人少用；小才大用，基本有用；大才小用，基本沒用；外才我用，關鍵在用；量才錄用，育才待用。”這些樸實無華而又琅琅上口的語言折射出了吳仁寶哲人的智慧。如今，華西村黨委班子中，有研究生，也有留學生。大專文化以上的黨委成員有17人。在32名書記中，有19個姓，既有本村的，也有外來的，還有從優秀外來務工人員中提拔的。吳仁寶的一係列創新理念和舉措，使華西村獲得了源源不斷的發展動力，華西經濟如滾雪球一般越來越大，經濟建設步入了良性循環。
堅持科學發展觀
吳仁寶對科學發展觀有著獨特的理解。他認為，“發展最科學、不發展最不科學”，“有效益，就叫科學發展；沒效益，甚至虧本，就不叫科學發展”，“荒山汙水，搞低水平重複建設不叫科學發展”。在他的先進理念指導下，華西村從創業初期開始，一直把率先發展、科學發展、和諧發展貫穿始終，正確處理經濟、資源、人口和環境之間的關係，資源利用率和勞動生產率不斷提高。他提出要以科技創新為龍頭，以質量體係為保證，實施名牌戰略。目前，華西絕大多數企業通過了ISO9002國際標準質量認證，獲得了走進國際市場的通行證。他提出要倡導綠色文明，實施綠色發展戰略，追求經濟與環境的協調發展。華西村先後投資數億元，綜合治理工業區環境，使工廠變成了花園。他提出要大力發展循環經濟和生態經濟。目前，華西村的鋼鐵企業采用“建造廢物回用鏈”的模式，已經基本實現了“三廢”資源化管理，對高爐、電爐、軋鋼生產的煤氣、高爐水渣、含鐵塵泥、工業廢水等進行分類安置，實行綜合利用。還投資上千萬元，美化生活區，全村的綠化覆蓋率超過40%，被評為“全國造林綠化先進村”。他提出要調整產業結構，把產業發展的重點投向裝潢業、旅遊業和生態觀光農業。其中，華西金塔的建設就是吳仁寶引以自豪的一筆——
十年前，為了突出華西的形象和品牌特色，為了發展華西的旅遊觀光業，在吳仁寶的策劃主持下，一座雄偉厚實、具有中國農村特色的華西金塔矗立在華西村的中心，成了世紀之交華西村的標誌性建築。如今，金塔不僅成了旅遊景點、成了觀光者眺望華西的最佳窗口，金塔裏麵還有賓館、飯店和商場，成了華西興辦三產的龍頭。目前，華西村內有“山海關長城”、“中華傳統美德展示長廊”、“天下農民小區”等80多個具有華西特色的旅遊景點，每年接待中外遊客100多萬人次，“江南田園風光遊”等節目已經形成品牌，“吳仁寶說華西”也成了華西旅遊的一大熱門。特色的建築文化和旅遊文化，為華西創造了可觀的經濟效益。華西村成為全國首家通過ISO14001國際環境質量管理體係認證的村莊。