普裏馬科夫總理窘得滿頭大汗，他隻好說：“我收回我先前說的話。”
聽聞此言，普京向將軍們一揮手，說：“好了，現在已經證明，我們聯邦安全局是清白的，大家回去好好工作吧。”
就這樣，普京用自己的方式打了一個漂亮仗，澄清了總理及其他政府官員的疑慮。不過，雖然有過這樣的衝突和矛盾，當葉利欽宣布解散普裏馬科夫領導的政府時，普京覺得非常意外，他根據自己的直覺表示了反對。不過，他的反對無法改變現實，普裏馬科夫還是告別了總理一職，回到家裏。
不久之後，普京帶領聯邦安全局的一群高級官員到普裏馬科夫家裏進行拜訪，其中大部分都是普裏馬科夫的老部下，他們衷心地表達了對他的慰問，這讓普裏馬科夫非常感動。
不過，普京還必須擺平來自內部的疑慮。聯邦安全局的前身是反間諜局，而普京以前出自克格勃對外情報局，安全局與情報局一向有些互相看不太順眼，而且普京與索布恰克的關係也成了他領導聯邦安全局的障礙。
在20世紀90年代初期，索布恰克接受了身為克格勃的普京，一方麵是因為普京來自對外情報局，主要在國外工作；另一方麵也出於他對普京個人品質的好感，但他對其他的克格勃，尤其是跟蘇聯百姓生活密切相關的反間諜局特別反感。在他看來，這些克格勃充當了在蘇聯製造恐怖、羅織罪名、鎮壓群眾的角色。因此，他從不放棄任何批判他們的機會，而且絲毫不留情麵。這自然引起了相關部門的不滿。普京作為索布恰克的忠實下屬，他對老師的尊重人所共知，因此，聯邦安全局的人員把對索布恰克的不滿轉移到普京身上也毫不為奇。
普京必須妥善解決這些問題，對此他采取的措施有：
按時發放工資。必須承認，這一招非常有效，在當時，所有政府機構的工作人員都很難及時領到應得的工資，拖欠工資是常有的事情。但普京上任之後立刻按時按量地發放工資，這給了工作人員強烈的信號——這是一個強有力的領導，也是一個關心下屬的領導。
重塑安全局工作人員的信心。蘇聯解體，給克格勃人員造成了巨大的心理落差，不僅僅待遇驟降，有時候連工資都領不上，還必須忍受社會聲譽的變化：從原來的人人敬畏的工作突然變成了過街老鼠，在人前人後連頭都抬不起來。但普京告訴聯邦安全局的工作人員，雖然社會上對安全局多有誤解，但必須堅信，他們所從事的工作是國家、人民所必需的。他們應該為自己所從事的工作而感到自豪。為此，普京還在聯邦安全局大樓前立起了尤裏·安德羅波夫的塑像。他一直是蘇聯百姓心目中最優秀的領導人之一，而且，更為重要的是，在成為蘇聯總書記之前，他擔任了15年的國家安全委員會主席。在這期間，他鞏固了克格勃的地位，締造了一個穩定的中央領導核心，在克格勃的發展過程中起到了非常重要的作用。
通過這些舉措，普京成功地在安全局站穩了腳跟，並幹出了不俗的成績。葉利欽一度有過讓他一直幹下去的想法，建議他回到軍隊，他可以授予普京將軍的軍銜。但被普京拒絕了，“強力部門應該由文官而不是軍人來領導”，他自信滿滿地說。
“在選舉中，我們將依靠誰呢？”
1999年8月5日，葉利欽會晤了普京，並向他說明，將任命他為總理。葉利欽解釋說，這樣做是因為斯捷帕申領導下的政府過於軟弱，根本無法形成強有力的政治力量，和莫斯科市市長盧日科夫與前總理普裏馬科夫領導的“祖國-全俄羅斯”聯盟抗衡以贏得國家杜馬選舉。後者是葉利欽的心腹大患，為了確保自己的政策得到延續，自己的政治遺產得到繼承，他必須選擇“自己人”做下任總統。
這一“自己人”需要能夠贏得總統大選，顯然，葉利欽在斯捷帕申身上看不到希望，這讓他深感不安。因此，他必須臨陣換將，於是便找到了普京。
正如他向全國人民所宣布的那樣，他相信普京能夠讓大多數人團結在一起，在21世紀複興偉大的俄羅斯。現在看來，我們不得不佩服他的眼光，他的確找到了合適的人選。