幾年後，索布恰克在法國出版的回憶錄中寫道：辯論剛開始，我便仿佛喪失了語言能力，我隻覺得頭越來越痛，舌頭在打結……起初，我以為是過度疲勞和激動，後來，有專家證實，強烈的電子幹擾能夠輕而易舉地造成喉嚨痙攣，舌頭沉重、頭痛以及體溫驟升等生理反應，這種反應雖然時間很短，但效果非常顯著。他認為，這是莫斯科來的，支持雅科夫列夫的小團體幹的。
在這些情況下，普京和庫德林顯得多少有些束手無策。普京頭一次麵對這些“肮髒”的選舉技巧一籌莫展，更別提製定能夠貫徹執行並保障成效的選舉策略了。唯一的勝利是，普京打贏了幾場有關他的造謠與中傷官司，不過，那已經是一年後的事情了。從這個意義上說，他們的選舉算是徹頭徹尾地遭到了失敗。
代價是殘酷的，索布從此再也沒能站起來，而普京和庫德林不得不到莫斯科另謀生路。更為關鍵的是，他讓普京記住了選舉的殘酷，1999年，葉利欽決定任命普京為政府總理並開始準備總統選舉的時候，普京回答：“我不喜歡選舉，而且是非常不喜歡。”
“我們的聯邦安全總局是清白的”
準確地說，普京是從聯邦安全局局長的職位上開始展示他卓越的政治才能的。這是他獨當一麵的開始，也是他能夠參與重大政治決策，成為影響政局重要力量的第一步。
不過，擺在他麵前的並不是可以隨意揉捏的麵團，而他自己不過是一個克格勃的預備役上校，曾經作為克格勃的優秀軍官工作了幾年，僅此而已。他沒有顯赫的政治背景，沒有炫目的軍銜，沒有代表軍人的勇氣與榮耀的軍功章……既然這些都沒有，他憑什麼能夠領導將星如雲的聯邦安全局呢？
他能憑借的也就是葉利欽總統對他的信任，不過，來自高層的信任充其量隻能把他送進安全局，但能否在安全局站穩腳跟有所建樹或者全身而退，這就得看他自己的能力了。這是對普京政治藝術的考驗，也是他施展拳腳的大好機會。
一個不利於普京的消息是，聽說原聯邦安全局局長尼古拉·柯瓦廖夫中將被撤職，換上一個名不見經傳，來自克裏姆林宮的預備役上校。安全局人心惶惶，一些非常好的人才紛紛遞上辭職書。憑借他們的能力和素養，可以輕而易舉地在商業機構、地方保衛部門、私人保安公司等地方謀得新職位。
與其恐懼，不如順其自然。普京采用了同樣的態度。不過不是放任自流，而是有選擇地讓他們離開。
剛到安全局，他便實行了大刀闊斧的改革。首先是調整領導人員，進行一係列重要的任命。他任命聖彼得堡市安全局局長維克多·切爾克索夫中將擔任第一副局長；聖彼得堡市安全局第一副局長亞曆山大·格裏戈裏耶夫任經濟安全局局長；而他的老熟人，早在大學便互相認識的謝爾蓋·伊萬諾夫少將任分析、預測與戰略計劃局局長。這是非常必要的，為的是保證自己所實行的政策能夠貫徹執行。
不過，他基本保留了原有的領導層，沒有大動幹戈，原安全局第一副局長、頗得人心的瓦連京·索鮑列夫上將繼續留任，反間諜局局長瓦列裏·佩琴金上將也同樣保持不變。
對於安全局係統的6000多人，為了精簡機構，提高行政效率，普京不得不痛下狠手，新的人員調整辦法規定，凡是已達到退役年限的一律退役。因為安全局係統的工齡計算方式是一年當兩年算，因此，很多人都被強製退役。經過一番調整之後，人員銳減為4000人，運作效率大幅提升。
但這並不能保證普京得到安全局工作人員的尊重，相反，他大膽的改革招來了很多人的反對。不僅僅在安全局內部有一種抵觸情緒，就連當時的總理普裏馬科夫也對此相當不滿。他曾經擔任過聯邦安全局局長，自認為對以往的班子頗為了解。他說普京到處安插私人，把聯邦安全局搞得烏煙瘴氣，一團糟。
普京並沒有立即反駁。而是在第二天，普京召集聯邦安全局的所有高層官員一起前往克裏姆林宮，他們直接來到政府工作會議現場。在座的有克裏姆林宮的官員，有政府各部部長，還有議會的領導人。普京與一群將軍的到來引起了轟動。大家麵麵相覷，不知道發生了什麼事。
普京讓將軍們一字排開，向現場的人自報家門，說明自己的工作職位。說完之後，普京說：“站在這兒的都是俄羅斯的軍人，他們不會說謊，如果還有人懷疑我濫用職權、安插私人的話，那就請提出證據來。”