中央財經領導小組是毛決定重新采納陳雲的意見時成立的，是一個由資深的黨的領導幹部組成的一個小型的特別委員會。由於它的一些成員比鄧資格老，所以書記處本身的職能也相應地發生了變化，它似乎成了中央財經小組中資曆最深的成員，也就是周恩來非正式地管轄下的一個委員會。不管這個委員會的性質是什麼，當時中央已經開始著手控製“大躍進”所產生的嚴重後果，而且鄧本人又開始同周和陳有了密切的工作關係。
1959年，中共領導層又重新團結起來。大家努力工作，力圖阻止農村危機的日益擴大，避免整個國民經濟陷入不景氣。一開始進行得還算順利。但是，由於毛和1954年以來一直擔任國防部長的彭德懷之間的衝突，黨內的統一和團結被打破了，並造成了一種誰提意見誰就會遭到迫害的氣氛。
彭德懷為人率直，沒有心機，在軍中很受歡迎，也很受黨內同誌1958年8月，鄧小平和彭德懷參觀國防科研部門的彙報展覽。
愛戴。根據“文革”期間他在獄中所寫的回憶錄來看，他並不是什麼理論家，但他很關心改善五億農民的生活。他很重視黨與軍隊的紀律，同時也認為，黨的高級領導人之間應該坦誠相待。他一向以平常心對待毛澤東，並沒有特意去巴結他。他和毛澤東的關係一直不是很融洽。1959年，他又在一項重要政策上和毛澤東發生爭執，這個政策就是軍隊的性質問題。毛想加強中國核武器的攻擊力量，並以小型的適合進行“人民戰爭”的地麵武裝部隊做後盾。彭則想按照蘇聯的模式建立武裝部隊，使它擁有先進的武器和裝備，既能夠進行常規戰爭，也能夠進行核戰爭。
1958年秋至1959年春，彭德懷通過視察部分農村地區，同農民和地方幹部麵對麵地談話，得出一個重要結論：“大躍進”正在導致經濟上的一場大災難；地方幹部向上級領導（或者像他這樣的來視察的國家領導人）報告情況時並沒有說真話。但他並沒有向其他領導人或在黨的會議上過多地談到他的這個結論。
5月，他到東歐幾個國家出訪。6月中旬，他返回北京之前，在莫斯科同赫魯曉夫進行了會晤。
7月初，彭德懷前往廬山參加政治局的擴大會議。
7月14日，他給毛澤東寫了一封長信，談到“大躍進”
的問題。他認為毛澤東一定會親筆回信給他，或是召他去談談。但他沒有料到，毛並沒有這麼做，而是以《彭德懷的意見書》為正式標題將他的信印發給參加廬山會議的每個人。在隨後的一次講話中，毛以譏諷的口氣把這封信說成是向他本人和黨中央領導機關的一次無原則的進攻。他向與會人員說，彭所批評的這些政策，是大家一起製定的，而他自己就曾經帶頭批評過這些政策，但彭在應該說話的時候卻保持沉默。
他暗示，彭已同赫魯曉夫勾結起來。他要求與會的全體成員都要考慮一下，麵對彭的“機會主義”進攻，自己應該站在哪一邊。
彭德懷有一些積極的支持者，他們在預備會議上曾經發言，另外也還有不少的同情者。但是，在毛澤東把彭德懷定性為“資產階級在黨內的代言人，這次向黨發動進攻，是有計劃，有準備，有組織，有目的”
之後，除非黨內兩三個資格最老的領導人願意出麵，否則沒有人能夠讓毛澤東讓步，挽救彭德懷。然而他們沒有這樣做。毛澤東因此能夠在隨後立即舉行的中央委員會會上，放手全麵批判彭德懷，同時讓中央委員會通過一項決議，把彭德懷和另外三個人（包括毛澤東在江西時代的老對手洛甫）說成是“反黨集團”
的成員。除了25年來一直擔任軍事領袖的朱德之外，沒有人在會上替彭德懷辯護。剛在4個月前接替毛澤東出任中華人民共和國主席的劉少奇，尤其猛烈攻擊彭德懷。
彭德懷所受的羞辱，在9月舉行的軍委擴大會議上畫下句點。林彪和其他人對他發起猛烈的批判，指責他是“軍事俱樂部”
頭頭，並且解除他國防部長的職務。他雖然被保留了政治局委員的頭銜，但不久就不能再參加政治局和中央委員會的會議了。
他在中南海的房子也被沒收，遷居到北京西郊的一棟空房子。
林彪取代彭德懷出任國防部長，並且很快把軍隊變成可以供他自己使用的政治工具。他先是按照他所理解的毛澤東所希望的，把軍隊加以改組。然後著手把軍隊變成具備革命美德的根據地。1960年秋天，他說服軍事委員會同意，把毛澤東的思想列為軍隊進行政治教育唯一的課程；1962年，他出版發行從毛澤東各種演說和文章中摘選出來的《毛主席語錄》，也就是後來聞名全球的“紅寶書”。