從以上情況看，雍正帝對大小臣工的要求是非常嚴格的，尤其是對級別較低的官員，教導不厭其煩。雍正帝考慮到級別較低的官員得此榮寵，容易擅作威福，挾製上司和同僚，造成官僚間互相猜忌，政治混亂，這就會對國家政治生活產生不良影響。
對於不保守密折機密的人，雍正帝采取了必要的懲罰措施。雍正初年，大多數封疆大吏派親屬或親信在京，拆看密折，目的是了解朝中情況，看即將要上的奏折內容是否適合皇上的心意，以便決定是否上奏。對皇帝的朱批，他們也先行閱視，以便早作料理和應付。像這樣，密折的"密"就無從談起了，雍正帝當然不會坐視不理。雍正二年（1724年），雍正帝發現浙閩總督覺羅滿保、山西巡撫諾岷、江蘇布政使鄂爾泰、雲南巡撫楊名時等人的這種情況時，十分氣憤，立即停止了他們上奏的權力，以示懲罰。
封疆大吏的密奏權被取消後，使得他們在處理政務時產生了種種不便，即使有緊急事務也無法直接與皇帝商酌。出於無奈，他們隻好向雍正帝承認錯誤，請求恢複他們的密奏權。雍正帝從政事出發，也逐一恢複了他們的密奏權。由此可見，雍正帝在處理泄密者一事上，並沒有把製裁當作一種目的，而僅僅是把製裁當作一種手段，即通過製裁使他們懂得保密的道理。雍正帝知道，要真正實現密折的保密，懲罰不是主要手段，關鍵是要完善一套行之有效的保密製度。為此雍正帝采取了七項措施：
第一，規定密折所用的紙色紙質。素紙，即白紙，用來題寫陳奏性質的密折；白綾麵白紙，是大喪時使用的密折；黃綾麵黃紙用於請安或推薦他人為官的密折。這樣，雍正帝一看到紙質色澤，就大體知道密折所題奏的內容了。
第二，規定密折的套封，套封即密折的外包裝，雍正帝對密折的外包裝作了嚴格的規定：如請安折套封規定外用雲龍黃綾，內用黃粉箋裱，長六寸四分，寬三寸一分，上下掩首備寬五分；其白折套封大小與黃綾封同。
第三，具折人親自執筆。密折須具折人親筆繕寫，草、行、隸、篆各體字不限，字體大小無定式。一些年邁患病官員眼花手顫，請安折間或可令人捉刀代筆，但是，事涉機密者必須具折人親自執筆。
第四，收回朱批奏折。康熙帝崩逝後的第十四天，雍正帝就命令內外官員把康熙帝的朱批諭旨全部收回封存，如若私留、私抄絕不寬容，開始了密折保密製度。雍正帝規定，不但前朝的奏折要收回宮中，今後本朝的朱批在本人捧誦後，也要繳呈，不得私自留存，犯者究罪。
第五，打造奏折專用箱鎖。雍正帝於內廷特製皮匣，配備鎖鑰，發給官員，凡有奏折，均裝匣內，差專人送至京城。鑰匙備有兩份，一份給奏折人，一份執於皇帝手中，這樣隻有具折人和皇帝兩人能夠開匣，別人不能也不敢私開。由於具折人不斷書寫奏折，雍正帝命每員發四個奏匣，它隻作傳遞奏折用，凡所上奏折隻能用它封裝，否則內廷亦不接受。廣州巡撫常賚的奏匣被賊盜盜去，他隻好借用廣東將軍石禮哈的奏匣，不敢仿製。
第六，奏折直接送內廷。奏折與題本有所不同，它不送通政司轉呈，而是由地方直接送到北京。如果是督撫等封疆大吏的折子，直接送到內廷的乾清門，交內奏事處太監徑呈皇帝；其他地方官的奏折不能直送乾清門，而是交由皇上指定的王公大臣轉呈。對此，雍正帝有自己的理由，他說若小臣徑赴宮門有失體統，其實他是為具折的小臣保密，不使人知道除了方麵大員外還有一些什麼人能上折子。被指定轉傳奏折的人，有怡親王允祥、尚書隆科多、大學士張廷玉、蔣廷錫等人。至此，雍正帝的密折保密製度得到了進一步的完善，由於轉傳奏折的王公大臣沒有奏匣鑰匙，所以他們無權拆閱而隻負有轉呈的責任。
第七，密折由皇帝親自閱看，不假手他人。折子送到內廷後，雍正帝一人開閱，寫朱批，不要任何人員參與此事。他說："各省文武官員之奏折，一日之間，少至二三十件，多或至五六十件不等，皆朕親自覽閱批發，從無留滯，無一人讚襄於左右，不但宮中無檔可查，亦並無專司其事之人也。"雍正帝這樣做的目的有二，一是要專斷，二是為了奏折的保密性。雍正帝批閱以後，一般折子轉回到具折人手中，以便他們遵循朱批諭旨辦事；少量折子所述問題，雍正帝一時拿不定主意，就將它們留下，待有成熟意見後再批發下去。