雍正元年（1723年），雍正帝下令各省督撫密上奏折，封疆大吏都有這個權力，隻是在實行過程中有的官員犯了錯誤，受到處分，遂停止其使用權。後來雍正帝又授予提督、總兵、布政使、按察使和學政全體官員書寫密折的權力，隻是在上交的渠道上與督撫有所不同，除經特許外，不能徑上密折。此外，一些微末之員得到了雍正帝的特許，也可以直接上密折。如湖南衡永郴道王柔、陝西平慶道李元英、寧夏道鄂昌、直隸通永道高礦、雲南驛鹽道李衛、浙江杭州知府孫國璽、山東充州知府吳關傑、湖廣鄖陽府同知廖坤，等等。這些道府、同知等是中級官員，而用雍正帝的話說："道府等員，乃係小臣，品級卑微，無奏對之分。"他們能上密折，是雍正帝特許的恩寵。這些人與雍正帝都有特殊的關係，或是他的親信之人，或為親信大臣的子侄，或為雍正帝所讚許者，或是由朝廷派往地方的常設官員，或是身居財賦重地要職者，或係皇帝家臣。還有一些臨時派到地方辦事者，也可密上折子。如清理江蘇積欠時，負責此事的官員戶部侍郎王璣有此權利自不必說，連分查鬆江府錢糧的王溯維，也曾上密折言事。在中央，京堂以上和翰詹、科道官員都能書寫奏折。
隨著密折人員範圍的不斷擴大，密折便成為頻繁使用的重要施政工具。在每一份密折上，有雍正帝批語回複的，叫做"朱批諭旨"，批過的密折稱為"朱批奏折"。奏折和朱批，是組成密折製度的兩大要素。
事實證明，雍正帝建立的密折製與康熙朝的密折相比，有了很大的完善，同時這種密折製是行之有效的，雍正帝將此具體化並推而廣之，要求各級官員都應當遵循密折製，鼓勵他們每天都有密折上奏，事無巨細，一應可談。對於下臣奏來的密折，雍正帝是一分為二地看待的，比如所言正確，他就采納推廣；說得不妥，就把折子扣在自己手中，並不將其批轉給朝臣，這樣就能使官員們暢言無忌，不心存疑慮了。
密折使用，主張保密
奏折之所以被稱為密折，因為它本身帶有保密性，保密是密折製的先決條件。
在雍正朝，雍正帝經常通過密折下達一些密令，這些密令的內容是不宜公開的。例如查嗣庭案件（禮部侍郎查嗣庭到江南某省主持科考，試題出的是"維民所止"，出自《大學》。但這句話卻被人送到雍正麵前，說"維止"二字乃是去"雍正"之首的意思，雍正輕信大怒，令將查嗣庭斬首），雍正帝在李衛的奏折上批示，要杭州將軍鄂彌達委派副都統傅森、李衛選派可信屬官，一同抄查嗣庭的家。這便是一道密令，不走正式公文途徑，以防被抄者事先得知，預作準備，破壞抄檢。
密折內容廣泛多樣，它既涉及政策的製定和執行，也涉及官員的取舍，不要說雍正帝下達的密令，就是這些政治事務，也決定了密折的保密性。由於事關機密，所以雍正帝在"密折"的細枝末節上，方方麵麵都是慎而又慎。雍正帝特別強調密折的保密性，在給鄂昌書寫奏折的朱批上說："密之一字，最為緊要，不可令一人知之，即汝叔鄂爾泰亦不必令知。假若借此擅作威福，挾製上司，淩人舞弊，少存私意於其間，豈但非榮事，反為取禍之捷徑也。"在給台灣監察禦史禪濟布的奏折中，雍正帝同樣強調："至於密折奏聞之事，在朕斟酌，偶一宣露則可，在爾既非露章，惟以審密不泄為要，否則大不利於爾，而亦無益於國家也，其凜遵勿忽。"
關於密折的使用，雍正帝主張不能保密就不要上奏。例如雍正帝對李秉忠說："地方上事件，從未見爾陳奏一次，此後亦當留心訪詢，但須慎密，毋借此作威福於人，若不能密，不如不奏也。"從雍正帝的話中可以看出，保密是具奏的前提條件。這就要求具折人不要聲揚文件內容，同時要求領受朱批諭旨的人保守朱批的機密，不得轉告他人，更不能交與他人觀看，隻有雍正帝特別指令告訴某有關人員時，才令其閱讀，或轉傳諭旨精神。若私相傳述，即使是保密性較小的內容，也是不允許的。在雍正帝看來，不能保守奏折機密的行為就是非法的，如原甘肅提督路振聲，將雍正帝朱批中讚揚其弟路振揚的的話告訴了路振揚，路振揚因此上折謝恩。雍正帝十分氣憤，就此指責路振揚："朕有旨，一切密諭，非奉旨通知，不許傳告一人，今路振聲公然將朕批諭抄錄，宣示於爾，甚屬不合，朕已另諭申飭路振聲。可見，爾等武夫粗率，不達事體也！"