段祺瑞還是傾向國民軍的，為了首先解決迫在眉睫的北京身邊的威脅，他必須先解決張宗昌的直魯聯軍。為此他積極策反張宗昌的部下方振武。方振武早就看不慣張宗昌的橫征暴斂，戰事爆發後他突然在山東的肥城倒戈起義，並設法與國民軍聯成一氣。段祺瑞立即任命方振武為直魯豫邊防剿匪司令，希望他能承擔起北京周邊安全的角色。但是方振武實力有限，很快被吳佩孚擊敗。段祺瑞的希望落空了！
對抗直係沒有成功，段祺瑞又想緩和同吳佩孚的關係。他改組了臨時政府，任命與吳佩孚有密切關係的顏惠慶、盧信分別為外交、司法總長，任命孫傳芳的親信楊文愷為農商總長、杜錫矽為海軍總長。但是吳佩孚根本不吃這一套，照樣與齊燮元、張宗昌、李景林等聯名通電討伐段祺瑞和馮玉祥。
段祺瑞任命的幾個人也在吳佩孚的授意下辭職不就。拉攏直係、討好吳佩孚的計劃也落空了。
四處碰壁之後，再也沒有選擇的段祺瑞被迫又回頭靠攏國民軍。他任命馮玉祥為直豫陝宣撫使，主持討伐吳佩孚的軍事。馮玉祥一邊同直、奉開戰，一邊通過部將努力謀求與直奉任何一方達成和解，以保存實力。為此他隻好婉拒了段祺瑞的任命。
張宗昌指揮直魯聯軍一麵從陸路進攻國民軍，一麵還從海路進行攻擊。
3月8日，畢庶澄部海陸軍在炮火掩護下由北塘登陸，準備襲擊軍糧城。
國民軍奮力還擊，擊退畢庶澄的艦隊。第二天，國民軍便用10枚水雷封鎖了大沽口，以防海路進來的敵軍。然而這一舉動卻遭到以日、英、美、法、意等國為首的天津領事團的幹涉反對，接著，駐京首席公使荷蘭公使歐登科代表“辛醜條約”關係國駐京外交代表，向北京臨時執政府外交部提出抗議，威脅國民軍如不開放大沽口，就要采取“必要行動”。國民軍被迫妥協，答應撤去水雷，開放大沽口，但提出兩項條件：一、外國輪船不再為敵軍運兵運槍械；二、外國輪船進來不得讓敵艦尾隨混入。
帝國主義是不講信用的，麻煩很快就來了。3月11日，日本兩艘驅逐艦掩護4艘奉軍軍艦衝入大沽港口，大沽炮台國民軍予以警告，日本驅逐艦竟以機關槍實彈射擊，打死打傷國民軍12人。國民軍被迫奮起還擊，再次擊退日本人。這就是“大沽口事件”。
3月15日，日本借口國民軍違反《辛醜條約》，糾集英、法、美、意、比、荷、西七國公使，向北京政府發出最後通牒。同日，日本公使又單獨向北京政府提出最後通牒，要求“謝罪”、“賠償”、“處罰加害者”等，如要求得不到滿足，就要采取武力手段。隨後，各國軍艦紛紛駛入大沽口，前後有20多艘，列強還指示各國在天津的駐屯軍必要時可與海軍策應，準備實行武力解決。
帝國主義的凶惡嘴臉暴露無遺！
壓垮馬各駝的最後一根稻草
在日艦炮擊大沽口的消息傳出的當天，北京學生聯合會已決定在3月16日示威遊行。等到八國聯合武裝幹涉中國內政的通牒提出後，更加激起全國人民的憤怒。
1 6號淩晨，各校學生按預定計劃，手持“反對帝國主義幹涉中國內政”、“支援大沽守軍”、“打倒日本帝國主義”、“廢除辛醜條約”等標語的小紙旗，列隊向天安門出發。遊行隊伍在各校門前即遭到武裝警察截擊，師範大學、女師大、清華等校的同學不少受到嚴重傷害。
17日，段祺瑞一方麵指示外交部作出答複，表示通牒內容超出《辛醜條約》的範圍，認為並不適當。但中國政府會設法消弭戰事，恢複海上交通暢通，要求列強們不要在這個時候再來激化矛盾，同時政府派人到處散布消息，說如果學生們再鬧事，政府可能進行武力幹預。然而，他還是低估了群眾的決心。