徐樹錚在南方停留了幾天，便準備北上進京複命。馮玉祥也多次打電報給他，歡迎他北上共商大計，並表示保證他的安全。但這個時候的形勢對徐來說相當嚴峻，北京城完全被國民軍控製起來了，段祺瑞也對馮玉祥退避三分，他深知馮玉祥對徐樹錚恨之入骨，於是發急電給徐樹錚，告訴他暫緩進京，他以前的朋友也以曾毓雋和李思浩的遭遇告訴他，徐樹錚不但不聽，反而說： “我怎麼能同這幾個人比呢，段老總的事多半是壞在他們身上。”於是他執意乘船北上，於23日抵津赴京。到了北京，徐樹錚就趕往政府去見段祺瑞。二人見麵時相對跪拜，抱頭痛哭，像極了一對落難夫妻的久別重逢。
第二天，根據徐樹錚的要求，在執政府內舉行了專使覲見執政複命的典禮，之後，徐樹錚又向政府各部總長報告出訪情況，出席各種歡迎會、報告．會。表麵上風風光光的徐樹錚做夢都沒料到，這是他最後一次政治表演。
馮玉祥在徐樹錚到京後就下達了格殺命令。為迷惑輿論，特地從自己的衛隊中挑選了20名武藝高強的士兵，由被徐樹錚槍殺的陸建章之子陸承武率領，化裝入京，伺機行刺，但陸承武比起他老子差遠了，不過是個混日子的大煙鬼，對於追蹤暗殺這等複雜的事情，他實在不怎麼在行，所以一直未找到下手的機會。
段祺瑞始終催促徐樹錚趕快離開北京，免生意外，徐樹錚無奈就答應了，並且請執政府打電話給車站準備專車，準備立即南下。
鹿鍾麟獲悉徐樹錚乘車南下的消息後，打電話給駐張家口的馮玉祥，請示處置辦法。馮玉祥的答複簡單直接： “就地處決！”徐樹錚的政治生命包括他的肉體終於走到了盡頭。
廊坊的第五師師長張之江接到截殺命令，緊鑼密鼓地籌劃起來，徐樹錚的專車到廊坊停靠的時候，張之江派參謀張铖登車，稱師長請專使麵談，強行把徐樹錚挾持下車。徐立即明白是怎麼回事，便對抓他的士兵說：“我徐某做事，向來不畏生死，不勞諸位簇擁！”說罷大步前行。走出車站不遠，一陣亂槍響起，徐樹錚就此殞命。
隨後，陸承武被馮玉祥派人當夜從北京接到廊坊，讓他對徐樹錚的隨行人員宣稱： “我要替父報仇，殺了徐樹錚，這事和別人沒有關係。”
段祺瑞得到消息，痛哭失聲。他是深知徐樹錚遇害真相的，但他現在白顧不暇，根本不能追究真相，為明哲保身，連懲辦凶手這種官樣文章都不能做，隻有把恨意埋進心底。
一貫強橫到底、處處與人爭鬥、不給人留下任何餘地的徐樹錚，最終落得了這樣的結局，這真是應了一句話：出來混，總是要還的。
打倒列強
徐樹錚被暗殺，自己還不能做主為他報仇，段祺瑞感到自己的日子越來越難過了。他還不知道，這僅是個開始，接下來發生的一連串事件，將他逼到了懸崖邊上。
奉係與直係越來越頻繁地接觸，有了馮玉祥這個共同的敵人，張作霖和吳佩孚終於拋棄成見，化敵為友，正式聯合。
直奉合作，既反對國民軍又反對段祺瑞，段祺瑞敏感地意識到自己將要被奉係拋棄了，便緊抓住國民軍這支力量作為最後的依靠。為了和國民軍合作，他特別增設了國務院，改組內閣，任命與國民黨和馮玉祥國民軍接近的人士為總長，可這又引起張作霖的極大反感，他幹脆在1926年1月11日發表宣言，宣布東三省與段政府斷絕關係，獨立自治。這樣，段祺瑞與張作霖徹底翻臉！
直奉聯合後，立即組織發動起對國民軍的進攻。
北京周邊：1926年1月1日，李景林把從直隸天津敗退山東的四萬兵力和山東張宗昌的兩萬兵力合並成直魯聯軍，接受了日本接濟的大量軍械，於1月10日布置進攻國民一軍。
北京北邊：1月11日，張作霖以討伐郭鬆齡殘部魏益三為名，通電出兵關內，與國民軍對峙。
北京南邊：1月20日，吳佩孚在河南通電討伐馮玉祥；26日，吳佩孚指揮靳雲鄂、寇英傑、劉鎮華、張治公等分兩路進攻國民二軍，河南戰爭爆發。