除了打，還是打對段祺瑞執政府來說，最為嚴重的危機是大規模頻繁的軍閥混戰，他自任臨時執政以來，就沒過過一天太平日子。
第二次齊盧戰爭，奉係名義上為盧永祥奪回了江蘇地盤，實際上是把自己的勢力範圍擴展到了江蘇。得隴望蜀的張作霖這次將自己擴展的目光盯到了山東，隻有控製了山東，才能對長江一線形成威懾。於是一場爭奪山東地盤的鬥爭又搬到了前台。
當時的山東督軍是鄭士琦，本身屬於皖係人馬，第二次直奉戰爭中聯合奉係趕走了直係勢力，但奉係根本不顧之前的那點交情，一定要趕他走。段祺瑞此時是胳膊扭不過大腿，隻得揮淚斬馬謖，任命張作霖的嫡係張宗昌為山東督辦，為了安慰鄭士琦，將他調任自己的家鄉做安徽督辦。
鄭士琦自然不服，暗中與馮玉祥的國民軍聯絡反對張宗昌進山東。張宗昌得知消息，來了個霸王硬上弓，不等鄭士琦離開，便以武力解決了魯軍，張宗昌還不許鄭士琦從山東帶兵赴安徽，鄭士琦無兵無將，不敢赴任。段祺瑞因為安徽是自己的老家，不願意讓奉係染指，便令王揖唐在鄭士琦到任前辦理安徽軍政事務，但王揖唐受奉係的逼迫，很快就棄職回京了。一時間，安徽成了沒有軍政長官的真空地帶，張作霖便又趁機向段祺瑞保舉薑登選管理安徽，段祺瑞一聽，氣往上衝，憤然說道：“安徽是我的家鄉，我都管不了，我還留在北京幹什麼！”張作霖看段祺瑞真急了，也隻好先放下控製安徽的打算。於是，皖係的吳炳湘被段祺瑞任命為皖省省長兼督辦。
安徽有段祺瑞撐腰，暫時一下子還啃不下來，張作霖比較鬱悶。現在的他還不願意與段祺瑞翻臉，就在他左右四顧時，老天爺垂青，竟然送來了一個大好機會，那就是上海發生的“五卅慘案”，高度敏感的張作霖一聽說這件事，馬上借口維持上海秩序，讓張學良率領2000人的部隊進入上海接防。
其實區區2000人，還不夠塞牙縫的，但張作霖真正用意是投石問路，讓他大感意外的是，居然沒人站出來公開反對，第一步成功，張作霖馬上派遣邢士廉率所部進入上海，正式接管了中國第一大城市的防務，上海就這樣成了奉係的勢力範圍。
吃著碗裏的，看著鍋裏的，輕而易舉得了淞滬的張作霖野心驟然膨脹，又把目光盯上了蘇皖。江蘇督辦盧永祥表麵上回到了自己的地盤，然而卻不過是奉係手中的玩物，手裏既沒有兵，也沒有實權，光杆司令一個。這倒也合乎邏輯，因為他能回來，全靠奉係軍隊撐腰。盧永祥為恢複往日局麵，就想重新培植自己的勢力，奉係軍閥們哪能讓他的如意算盤得逞，於是他提出一項議案，被否定，再提出一項意見，還是被否定。他想招兵，奉係就說軍餉不夠拒絕征兵。他想用幾個人，奉係就說沒有空缺。盧永祥不堪忍受，終於麵見段祺瑞要求辭職。段祺瑞自己也是勢單力薄，沒法幫他，於是采用拖延戰術，遲遲不理睬盧永祥交上來的辭職書。張作霖便施加壓力，迫使段祺瑞不得不再次做出決定，同意了盧永祥辭職。任命奉係的楊宇霆為江蘇督辦，同時又令薑登選接任安徽督辦，吳炳湘隻做了個沒兵沒權的安徽省長，就這樣江蘇和安徽又到了奉係的手裏。
奉係再度南擴，直接威脅到長江中下遊直係的勢力，浙江的孫傳芳首當其衝。
孫傳芳一直在整軍經武，他把保定軍校出身的青年軍官提拔為各部重要軍官，並且天天在高強度操練，沒有一天敢偷懶，為的就是防範奉係，所以奉係一直找不到什麼像樣的機會。為了將奉係的力量趕出長江沿線，孫傳芳召集浙、閩、蘇、皖、贛五省代表舉行會議，決定成立五省聯盟，組織“浙閩蘇皖贛聯軍”，並借國慶秋操之機，一方麵指責奉軍違反“上海永不駐兵”的協定，一邊下動員令，準備對蘇州、上海奉軍發動進攻。
奉軍這時在山海關、天津、徐州、南京、上海一路駐兵，形如長蛇，兵力極為分散。孫傳芳通電就任浙閩蘇皖贛五省聯軍總司令職位，並下總攻擊令。段祺瑞趕緊勸慰雙方，希望平息戰火，但沒有效果。聯軍初戰便告捷，上海、南京相繼被占領。張作霖大發雷霆，召集張宗昌、諸玉璞、施從濱等重要將領開會。張宗昌自願率領他的5000白俄軍收複南京，施從濱則願率其47混成旅收複安徽。張作霖就任命張宗昌為江蘇善後督辦，施從濱為安徽善後督辦，重組大軍，再度南下。
張作霖平時瞧不起馮玉祥的國民軍，現在與南方的直係開打，勝負的關鍵卻已經不是南方，而是國民軍的態度。一旦自己全力投入南方戰事，後方就顯得極為重要，如果此時國民軍攔腰截擊，自己將首尾不能兼顧很可能就此功虧一簣，不光新的地盤要喪失，原來的地盤恐怕都難以保住。於是張作霖又開始極力拉攏馮玉祥，並表示願意將奉軍撤出保定、大名、廊坊，由國民軍駐紮，希望能借此獲得馮的支持。馮玉祥一時看不出形勢，難以判斷雙方優劣，隻好以表麵上維持中立姿態和模棱兩可的態度在雙方之間周旋，對張作霖伸來的橄欖枝沒有接手。馮玉祥應段祺瑞的要求，致電孫傳芳、張作霖，希望雙方互讓互退，以謀和平。暗地裏，馮玉祥則與孫傳芳秘密往來。