段祺瑞此時已經是顧不得這許多了，執政府一無軍權，二無政權，現在連財政權都沒有一點說話的份，讓老段覺得顏麵無光。軍閥們不給麵子，他無可奈何，現在連百無一用的學生都來欺負他，真是豈有此理。於是段祺瑞下令教育部對學生要嚴加管束，隻許專心學習，不許再幹涉國家政治事務，否則必定嚴懲！
好在段祺瑞還不是個蠻不講理的人，他也知道事情的起因，並不能完全怪學生。所以雖然逮捕了一些學生，並沒有打算過分追究他們的責任，隻是將他們關著不放，算是給其他人一個警告。後來北京警備總司令鹿鍾麟出麵，段祺瑞也就順水推舟釋放了被捕者。
對民眾特別是學生的抗議熱潮，段祺瑞倒沒有太放在眼裏，一心想在政壇上有所作為的他為解決財政困難，繼承認金佛朗案後，馬上著手進行關稅特別會議。
1925年10月26日，段祺瑞期盼已久的關稅特別會議終於在北京中南海居仁堂正式開幕。當時出席會議的主要西方國家有美國、英國、法國、日本、比利時、荷蘭、葡萄牙、西班牙，主要強國幾乎一個不拉下，同時還臨時邀請瑞典、挪威、丹麥三國列席會議。
為了顯示隆重，開幕式上段祺瑞親自到場祝賀，並致歡迎詞。段祺瑞再三表明了自己的態度：希望各國能諒解中國政府的一片良苦用心，讓中國關稅自主。但是，他仍然搞不懂國際政治的真諦：西方國家豈能在自己的利益麵前輕易讓步？要是他們都能彬彬有禮，事事好商量，那鴉片戰爭就不會發生，今天的中國就不會有西方國家的勢力範圍。
不過，既然是政治遊戲，總得讓他進行下去。盡人事聽天命吧！
開會第一天，王正廷代表中國政府提出實行關稅自主的五個辦法：一、與會各國向中國政府正式聲明，尊重關稅自主，並承認解除現行條約中關於關稅的一切束縛；二、中國政府允將裁廢厘金與國定關稅率條例同時施行，但最遲不超過民國十八年一月一日；三、在未實行國定關稅定率條例以前，中國海關稅照現行之值百抽五外，普通品加征值百抽五之臨時附加稅。甲種奢侈品（即煙酒）加征值百抽三十之臨時附加稅；乙種奢侈品加征值百抽二十之臨時附加稅；四、前項臨時附加稅，應自條約簽字之曰起三個月後即行開始征收；五、關於前四項問題，應於條約簽字之日起立即發生效力。
對九國來說，中國的要求簡直就是獅子大張口，也太敢開價了。英、美代表認為中國的要求不能超過九國公約的範圍，而且在中國未統一和裁厘未實現之前根本談不上提高關稅。日本代表提出增加附加稅平均不能超過值百抽二五，且增加之附加稅也必須用以還無擔保的外債。
這時候，全國人民要求廢除不平等條約的運動繼續發展，要求恢複關稅自主的呼聲越來越高，北京、上海等地都出現了為謀求關稅自主而成立的組織、團體，他們以示威、通電、刊發文章等方式給會議施加壓力。中國代表在人民的支持下，也表現出了前所未有的強硬態度，提出：一、各國承認中國關稅自主；二、中國自動裁厘，並非關稅自主交換條件；三、關稅自主後一定時期，實行國定稅率。
代表們還在會外製造輿論，表示此案如果不能通過，中國將選擇單飛，自定國稅條例。帝國主義第一次屈服了，11月19日，關稅會議通過了《中國關稅自主及裁撤厘金案》。原則上“承認中國享受關稅自主之權利，約定中國與各國間之現存條約中之關稅上之限製一切廢除”，但是必須在元旦裁厘實現後實行。
為了盡快實現關稅自主，中國政府宣布自1929年1月1日起撤廢厘金與施行國定稅率同時進行。至此中國自清末以來80多年的片麵協定關稅，在名義上廢除了。
關稅自主的成功，確實是段祺瑞政治生活中的得意之筆，也難怪晚年的段祺瑞每每說到這件事都是一臉得意。