於是段祺瑞立即召見李思浩，他拿著徐樹錚的來電，嚴厲地對李思浩說： “你看看，又錚電報是怎麼說的？你怎麼老是拖拖拉拉的，馬上去辦！”
李思浩回答： “您比我還了解這件事辦了以後的後果。我李思浩因此身敗名裂甚至送掉性命都無所謂，反正我也不是什麼了不起的人物。但是現在太多人在盯著我們的一舉一動，一有機會就要為難中央政府，也會和執政您本人過不去。所以我是投鼠忌器，不得不多加考慮啊！”
段祺瑞的臉色稍稍和緩了一些，但還是很嚴肅地說： “讚侯，咱們這麼多年的交情了，難道你還不了解我段祺瑞嗎？我不是患得患失的人，認準了的事就一定要辦到底，別說丟了官位，就算是讓我掉腦袋我也照辦不誤。你隻管去辦，出了事一切後果我一個人承擔。”
話都說到這份上了，李思浩再也找不出拖下去的理由，於是他決定：
辦！其實這事並不複雜，李思浩隻用了三天就把問題都解決了。他知道，辦理此案一定會遭到全國人民的唾罵，所以在辦理的過程中，他可是萬事小心，對於賬目的細節，要求手下的辦事員做到沒有任何一筆錯賬漏賬，所有賬目明確登記在冊，不能給別人留下攻擊的把柄。
同樣，段祺瑞當然知道其中的機關，為了以後少出麻煩，他在與法國人交涉完細節後，將全案的所有文字材料交由司法部，邀集各司法機關派員會同審查，以顯示慎重。司法部審查完畢，認為沒有違法之處，段祺瑞才指示外交總長沈瑞麟辦理與法國公使簽字換文事宜，最終達成了“關於法國退還庚子賠款及中法實業銀行複業協定”。協定內容主要是：一、法國政府同意退還中國部分庚子賠款，用作中法兩國有益事業。主要是恢複中法實業銀行；二、中國政府同意，將上項應付而已退還之賠款餘額，按照1905年所采用之電彙方法計算，並加以彙兌，或有之盈餘，一並折合美金。也就是以金法郎為標準，折合美金後償還。
4月21日，臨時執政府正式向全國公布了該協定。為了求得諒解，段祺瑞在各種場合不厭其煩地解釋辦理此案的良苦用心：目前中國政局混亂，要想徹底解決，中央政府必須有效運轉起來，但是中央政府財政困難，解決財政困難就必須召開關稅會議讓政府能征稅。但是關稅會議就因為“金佛朗案”
這一個絆腳石被無限期擱置了，所以必須盡快解決該案。最後，他希望全國輿論體察他的良苦用心，給予支持。
金佛朗案通過，稅務司安格聯立即把扣住的2360多萬元發還給執政府。
然而，錢雖然到手了，卻與他的如意算盤有很大的出入。因為眼看著一大筆錢剛到手，奉軍就來要債。奉軍聲稱自己駐紮京師附近，維持治安，剿匪緝盜，中央政府理應支付部分軍餉。張作霖更是不依不饒，幾乎天天上門要賬。不勝其煩的段祺瑞一下子就拿出了500萬元給他，張作霖還是不滿足，軟磨硬泡死纏爛打地又要走了200萬。到手的錢還沒捂熱，差不多三分之一就沒了，這讓段祺瑞連骨頭帶肉都在疼。這還不算完，北京地方的軍警費用也拖欠了些日子了，需要撥付，各個部門的獎金欠了一年多了，也該發點了，還有教育部所屬各大學的經費也不能不給，否則那些教授們鬧起事來比學生還難纏。雖然他們不會因為薪水問題遊行示威，可隻要有一個教授甩臉子不幹了，政府的臉就丟盡了。那些教授哪個不是各領域的大腕，他們的錢豈能拖欠。再說一旦讓人知道堂堂中央政府連大學教授的工資都拖欠，他這個執政也就算幹到頭了。
這麼裏外裏一算下來，巨款轉眼間變成了一堆發票和表格，剩下的錢能不能頂過三個月都是問題。接下來最關鍵的就是召開關稅會議，討論征稅方案。段祺瑞似乎看到了光明就在前麵。
不過，段祺瑞執政府為了維持統治，不惜采用這種飲鴆止渴的方法，最終激起了全國人民的憤怒。4月22日，國會非常會議議員在京召開緊急會議，堅決反對臨時政府的金佛朗案解決辦法，為了對抗，段祺瑞下令取消國會參眾兩院。兩天後，國會議員再度集會，被執政府所派的軍警驅散。國民黨也立即召集要員開會商量，最後國民黨中央執行委員作出決議，並於5月7日通電反對金佛朗案。
政治家們如此團結一致地起來反對“金佛朗案”，老百姓也開始覺醒了。北京學生在天安門舉行國恥紀念會，指責政府賣國，執政府派出大批警探阻止學生集會，學生便改到神武門集合，並向駐景山的國民軍請求進入景山內開會，得到了國民軍的支持。會後，學生200多人到司法總長兼教育總長章士釗的住宅，向章提出質問，正好章士釗外出了，學生們便搗毀了他的住所。軍警趕到後毆打學生，打傷學生40人，逮捕了17名學生、1名教師。北京各界隨即成立了“五七”被害學生後援會，通電全國抗議段祺瑞執政府摧殘愛國學生運動。5月9日，北京大中學校學生4000多人罷課遊行，向段執政府請願，要求釋放被捕學生，廢止限製人民自由的出版法和治安警察條例，罷免章士釗和肇事的警察當局。