段祺瑞一生戎馬，兩袖清風。隻有權力才能讓他為之著迷，為此他可算是不屈不撓，今天算計這個，明天算計那個。他也曾幾次升起，幾次落下，沉沉浮浮之間，他卻一次比一次爬得高，終於在他60歲時，成為了真正的國家元首“臨時執政”。
段執政上班了，中國又有了一個號令天下的政府（形式上的），不過這跟段執政本人的個人生活倒是沒什麼關係。唯一的改變就是去執政府或從執政府回來的時候，在他沿途經過的這段馬路上，軍警布得滿滿的，三五步就是一個交通崗，要等他的汽車走過以後，才將崗警撤去，恢複交通，這點威風是他過去所沒有的。然而段祺瑞要的可不是一點表麵的威風，他迫切需要鞏固自己的地位。
所以，在對外政策上，他以“外崇國信”換取各列強對他的執政府的承認和支持，即執政府繼續承認帝國主義諸列強強加給中國人民的不平等條約，承認其在華的一切特權。他的這一表示遭到全國人民的唾罵，卻果然贏得了各列強的好感，1924年11月28日，“駐京各國大使、公使暨代辦晉謁”，以示對段祺瑞任臨時執政的祝賀。對內，段祺瑞把平衡各軍閥之間的勢力，協調他們的關係，放在當政的首要位置上。
軍閥矛盾與善後會議
段祺瑞到京之時，馮玉祥也回到了北京，張作霖也在此時定居天津，直接控製了北京附近地盤。中國的局麵再次分化組合，矛盾依然存在，不過已經由直奉矛盾悄然幻化成了奉係與國民軍之間的矛盾。
從實力上說，國民軍遠遠落後於奉係，因此張作霖極為鄙視他，入關不久，奉係軍隊就直接收繳了王承斌部的槍械（此人與馮玉祥同時倒戈），這樣馮玉祥就知道自己想以華北作為地盤的願望徹底落空。南邊的直係勢力恨他出賣了吳佩孚，一直嚷嚷要打倒馮玉祥。而唯一同情他的廣東革命勢力又是遠水難救近火，馮玉祥感到了前所未有的孤立。
思前想後，此時的他不能與奉係正麵衝突，為了保存實力，最好的辦法隻有以退為進了。於是他通電下野，並向段祺瑞遞交了辭呈。同時，他知道吳佩孚是多麼痛恨自己，還特意給吳佩孚發了一通電報，安慰他不要失望。
然後，馮玉祥橫下心來，到北京附近的天台山休養去了。
段祺瑞可不希望馮玉祥這個時候離開，自己主政的唯一依靠就是奉係與國民軍同時存在，馮玉祥多少能牽製一下氣焰越來越囂張的張作霖。另外，北京附近的治安是靠國民軍維持的，自己的衛隊不過區區幾百人，斷然承擔不起這樣的責任。
張作霖看馮玉祥作出退讓姿態，為博取政治資本，他也於12月2日離京赴津，並在此後以響應“廢督裁兵”為由，通電自請解除東三省巡閱使之職。
張也是取“以退為進”之法，在他周圍，兵敗投奉的盧永祥無時無刻不想殺回老家，盡管段祺瑞不願再起戰端，竭力保持長江的現狀，而給了盧永祥一個安慰獎，督辦直隸軍務事宜，但盧永祥還是想報齊盧之戰的仇。奉軍內部也有自己的小九九，張作霖手下第一大將李景林也希望打長江之戰，好讓盧永祥回去，他自己就可以來坐直隸這塊地盤。最主要的，張作霖自己並不想偏安東三省一隅，他要把他的勢力發展到長江流域。段祺瑞心情矛盾地看著他執政後依然大亂著的政局，對軍閥們的各種貪欲也是心知肚明，但以他現在的力量是拿誰都沒有辦法。
12月10日，段祺瑞發出首份執政府政令，裁撤各省的巡閱使一職，張作霖因為自己請求解除東三省巡閱使，段祺瑞在政令中特別提出嘉獎，同時免去江蘇督軍的齊燮元職務，江蘇督軍一職隨即跟著裁撤，命令江蘇省長韓國鈞暫時兼任督辦江蘇軍務，盧永祥為蘇皖宣撫使，李景林督辦直隸軍務善後事宜。
這下又捅了馬蜂窩，被免職的齊燮元哪裏肯服，與直係孫傳芳聯絡，反對奉軍南下。孫傳芳在“齊盧之戰”中漁翁得利，輕而易舉獲得浙江和上海的地盤，但得意了沒幾天，奉軍勢力又不斷向東南伸展，他的地盤也受到威脅，於是他頻繁地與原閩、贛、蘇、鄂的直係舊部聯絡，準備聯合反奉。
段祺瑞不希望孫傳芳加入到齊燮元一方，令戰爭擴大，他一方麵致電孫傳芳，表明北京政令隻針對齊燮元一人，絕沒有侵害孫傳芳的意思，另一方麵又派吳光新南下做思想工作，同時協助盧永祥查辦齊燮元。
這一招數離間了齊燮元與孫傳芳，齊燮元既得不到孫的援助，被他派到徐州守江蘇北大門的部將陳調元又跟奉軍張宗昌密謀，讓開了一條通路，奉軍一路南下，齊燮元隻好帶著僅剩的殘部從南京逃到上海，在滬寧線上與盧永祥的部隊對峙。