1925年1月20日，安撫好孫傳芳的段祺瑞下令徹底清查齊燮元，剝奪了他的官位，抄沒全部私產充作江蘇省賑災經費。齊燮元勢單力孤，與盧永祥在蘇州、無錫打了幾天後隻身逃往日本。第二天，盧永祥陪著張宗昌抵達上海把齊軍全部繳械。至此，第二次齊盧戰爭結束，盧永祥終於報了一箭之仇。
張宗昌到了上海，孫傳芳一下子高度緊張起來，擔心他得了上海之後又惦記他的浙江，於是將部隊開到龍華，·與張宗昌互相對峙，新的衝突似乎又要一觸即發。段祺瑞這時候實在不想再節外生枝，以免破壞他寄予很大希望的善後會議。於是他派陸軍總長吳光新調解浙江軍閥與奉係軍閥之間的矛盾。在段祺瑞的努力下，雙方總算達成了暫時的和平協議，張宗昌也將部隊後退至徐州。
段祺瑞稍微鬆了一口氣，至少眼下還不會出麻煩，畢竟自己作為北洋元老，現在的身份又是臨時執政，說話還是有一定分量的。但他心裏明白，這不過是權宜之計，戰爭爆發很可能就在明天後天，誰知道呢！軍閥矛盾哪是他幾句話就能解決的，那是骨子裏的。唯一的希望，就是自己組織召開的善後會議了。
關於善後會議，段祺瑞的算盤是這樣的：既然自己在全盛時期都沒能實現“武力統一”的目標，現在更不可能了，但各軍閥之間是有矛盾和裂縫的，如果通過這個會議能均衡軍閥們之間的實力，協調他們的關係，將他們以自己為中心組織起來，形成一個北洋軍閥的團結的大家庭，那麼中國政局就仍在自己掌控之中。所以在他自己一手編擬的《善後會議條例》中，對參加會議的人員做出了嚴格清晰的規定，具體有四類人可以參加善後會議：
第一類是對國家有大功勞的人（這個就看他老段怎麼定義了，一切解釋權歸段祺瑞本人所有）。
第二類就是這次討伐曹錕賄選的戰爭中各軍的首腦，具體也就是他們幾個：段祺瑞、馮玉祥、張作霖、孫中山、盧永祥等（簡直就是量身定做）。
第三類就是各省以及蒙古西藏青海的最高長官。
第四類就是有特殊資曆、學術、經驗的，由臨時執政聘請或者派遣的人，不過總數有限，不能超過三十人。
看到了吧，段祺瑞骨子裏還是軍閥思想，完全將人民群眾排除在國家大事之外。軍閥們是高興了，但有一個人卻極為不滿，那就是孫中山。孫中山一直抱著“主權在民”的思想，認為國家大事應該由老百姓說了算，而不是少數幾個政客和軍閥，同時他對段祺瑞的另一項政策更是充滿憤怒，那就是“外崇國信”。
“外崇國信”的含義並不難理解，按段祺瑞的解釋，中國要對列強顯示作為一個大國的誠信，就應該承認前朝也就是清朝時期所簽訂的種種不平等條約，這就更令為廢除不平等條約、民族解放而奔走奮鬥一生的孫中山氣憤不已。
1924年12月4日，孫中山終於到達天津，受到了老百姓的熱烈歡迎，段祺瑞也派許世英代表他到天津歡迎，孫中山對段祺瑞的表麵熱情並不感興趣，對於許世英的種種作為也是難以接受，於是在許世英前來歡迎他時，他卻劈頭蓋臉給人家澆了一大盆冷水，還斥責他說： “我一生都在為了對內建立共和，對外廢除列強的不平等條約努力。你們在幹什麼？一個個隻想自己升官發財，害怕外國人。我們是不同道上的人，既然這樣，還來歡迎我做什麼？”攝於孫中山巨大的威望，許世英不敢頂嘴，隻好諾諾而去！
此時的孫中山其實已經身患重病，如果按照現代醫學的觀點，應該是肝癌晚期。每天病痛折磨，讓孫中山隻好暫時停止進京，在天津休養調整。同時他委托汪精衛向外界宣讀了一個書麵聲明：
首先，孫中山經過日本時曾經在日本朝野上下呼籲，中日兩國本是同文同種，應該互相幫助，日本應該盡快取消二十一條以及其他一些極不合理的優先權。
其次，孫中山本人現在身體患病，在天津休息，過兩天去北京。去北京的目的，不是為了我孫中山本人的官位和權力，而是為了促成召開合法的國民會議，還權於民。一旦時局穩定下來，老孫本人將辭去各種官職，立即離開政府去歐美遊曆，並且順便還上幾個西方強國遊說一下，爭取讓他們取消清政府及民國初期簽訂的不平等條約。