別急，事情還沒完。三路大軍雖然瓦解，皖係在長江上遊還有一部分軍事力量，這就是吳光新的部隊。
吳光新是段祺瑞派去監視王占元部的，後來吳佩孚要撤防北上，段祺瑞命令吳光新的長江上遊所屬部隊急行軍集中到嶽州，準備將吳佩孚部隊消滅於洞庭湖中，但吳光新直到吳佩孚渡過洞庭湖之後才姍姍抵達漢口。當時直皖兩係劍拔弩張，形勢已很緊張，但吳光新毫不知覺，住在長江上遊總部運輸處裏，整天趾高氣揚。王占元聽說他來了，請他於次日到武昌赴宴，表示為吳洗塵。他的部下極力勸阻，吳光新不僅不聽，還罵他們膽小。第二天，王占元用電話催請，吳帶隨從副官和幾個衛士坐馬車輕輕鬆鬆進入兩湖巡閱使官署。
王占元質問： “長江上遊各地你的部隊何以分途東開武漢？”不知死活的吳光新居然還在抖威風： “這是奉陸軍部令，你管不著。”王占元仰天冷笑，吳光新也看出似乎不對了，扭頭往外走，立馬就被王占元扣留。失去了主帥的部隊很快就被王占元繳了械。
應該說，戰爭進行到18日，勝負就已決出，皖係大敗。段祺瑞派傅良佐到天津向直隸省長曹錕的弟弟曹銳求和，結果被扣押，最後一絲希望都已經破滅，尤其是花巨大代價培植起來的參戰軍，沒幾天便告覆滅，讓段祺瑞心痛至極。
大勢已去無可挽回，段祺瑞萬般無奈，通電全國“引咎辭職”。酷愛權力的段祺瑞被人逼到今天這個份上，是他怎麼也料想不到的，急怒之下，萬念俱灰。有一天，段祺瑞突然開槍自殺，沒想到因為過於激動，手一抖，子彈並沒有擊中自己，卻從腦袋旁邊飛過去打死了身後的一名衛兵。左右人開始對他嚴加看管並極力勸說，段祺瑞才慢慢恢複了平靜，不再提尋死的事。
直係軍隊獲勝後全麵進入北京，裁撤了邊防軍和西北軍的建製，徹底解除了皖係武裝，同時對發起這場戰爭的安福係重要頭目予以通緝。經過慎重考慮，通緝名單列了出來，分別是：徐樹錚、曾毓雋、段芝貴、丁士源、朱深、王郅隆、梁鴻誌、姚震、李思浩、姚國楨。這就是有名的“安福十禍首”。
那麼，這些人的命運究竟如何？可以明確地告訴諸位：一個也沒有抓著。
這裏有必要談一下西方各國對十大安福禍首的態度。當時在通緝令發布之前，北京政府曾將禍首名單通知了外交團，要求他們不要容留這些人。
美、英、法三國表示照辦，日本、意大利、荷蘭卻不同意，日本更是將十名禍首中的九人收容在日本兵營，可見根本不將當時的北京政府放在眼裏。
按說，皖係最大的後台是段祺瑞，安福係最大的後台也是段祺瑞。但奇怪的是，皖係雖然失敗徹底出局，但直係似乎並不打算追究段祺瑞本人的任何責任，因此通緝令上皖係主要頭目都有，卻獨獨沒有最應該負責任的段祺瑞。這不能不說是段祺瑞本人的個人魅力在起作用。段祺瑞雖然獨斷專行，咄咄逼人，但從根本上來說，他個人的操守是很值得當時的人敬佩的，就連那些與他刺刀見紅的軍閥們都是如此。政治是一回事，人品又是一回事，段祺瑞追求權力，但不搞陰謀，行事光明。在他當政期間，從來沒有幹過貪汙腐敗的事，也沒有為自己撈取過金錢、土地、豪宅。所謂英雄惺惺相惜，你在台上，我在台下，少不得要明裏暗裏鬥一鬥，現在既然你已經失敗下台，對我構不成威脅，雙方的敵意就不存在了。
不光如此，看到失意的段祺瑞，吳佩孚竟然也動了側隱之心，表示罪魁禍首安福係既然已經垮台，他的目的已經達到，他仍然支持段祺瑞回來當國務總理，就連張作霖也不反對吳佩孚的意見。
但是奉係戰敗，段祺瑞已經失去了待在北京的政治資本，留下來恐怕惹人笑話，眼看回天無力，身在北京的段祺瑞不願意看著昔日自己的對手趾高氣揚的樣子，於是幾天後攜家眷黯然離京，搬到天津的日租界壽街，表麵上過起了遠離政治鬥爭的平靜生活。