1918年3月，段祺瑞再度為國務總理，仍讓用慣了的張誌潭為院秘書長。
小徐當時在天津，擔任奉軍副司令一職。聽說段祺瑞又讓張誌潭做秘書長的事，馬上警告段祺瑞不能用這個人。段祺瑞沒有當回事，隻是簡單地說了句： “我用秘書長，又錚為什麼要過問？”（注：徐樹錚，字又錚）徐樹錚見此招不行，便派人把張誌潭叫到天津。徐樹錚的為人有目共睹，很多人勸張誌潭不要去。張誌潭考慮了一下，覺得當麵解釋一下也許更好，就去了天津。誰知，徐樹錚擺出他奉軍副司令的威風，見麵就曆數張的大小罪惡，並逼問張承不承認。人在屋簷下不能不低頭，張誌潭一一承認了。
徐樹錚問他：“以後改不改？”張誌潭說：“改。”徐說：“以後段老總方麵的事，你不許參與。”張說：“以後不參與。”
這樣俯首聽命，徐樹錚的威風撒不下去了，隻得又讓他回來了。張誌潭算是機靈，如果他稍硬一點，反駁上幾句，徐樹錚準叫他的腦袋搬家。這可不是猜測，看徐樹錚誘殺陸建章的事你就知道，這個世界上好像沒有他徐樹錚不敢幹的事。受了這番逼迫威脅的張誌潭回京就辭職了，段祺瑞隻好讓方樞兼代國務院秘書長。
張誌潭受此屈辱，並不甘心咽下這口氣，他看到徐世昌也在努力擺脫老段、小徐的控製，遂極力向徐世昌這邊靠攏，在老徐麵前極力攻擊小徐。徐世昌亦頭疼小徐的蠻橫跋扈，而且，他想的不僅是打倒徐樹錚，還要打倒段祺瑞。老於謀劃的徐世昌認為，若由他來打倒小徐就不如讓段派自己的人來打更不留痕跡。徐世昌、張誌潭兩人都想到了靳雲鵬頭上，用靳既可抑製小徐，又可分化皖係內部。恰好靳雲鵬也想整倒小徐，雙方一拍即合。
1919年11月5日，徐世昌正式用靳雲鵬代替錢能訓出任內閣總理。靳雲鵬和張作霖是姻親，吳佩孚是他從前的學生，他組閣，張作霖、吳佩孚都沒有意見，而段祺瑞因他是皖係的人也表示支持，所以靳雲鵬出任總理還算是比較順利的。
但是，政治是複雜的，尤其是民國時期的政治，基本沒有什麼道理可講，誰的聲音大，誰的實力強，誰就可以趾高氣揚。
靳雲鵬內閣剛進入蜜月期，矛盾很快就來了。
小徐和他操縱的安福係向靳提議吳炳湘、李思浩、姚震、朱深、曾毓雋等分別出任內務、財政、司法、交通等部總長，可靳不想讓安福係的人完全操縱內閣，便提出由田文烈、周自齊、張誌潭、夏壽康分別出任內務、財政、農商、教育各總長職，他的提議得到了曹錕、張作霖的極力支持，但安福係堅決不答應，特別堅持要由李思浩來做財政總長。靳因為有總統徐世昌、直係曹錕、奉係張作霖的撐腰也堅決不肯妥協。事情鬧到了段祺瑞那兒。他當然是支持安福係的，便親自勸靳雲鵬同意讓李思浩試著辦一辦財政。靳雲鵬沒辦法，隻好同意，但堅持其他人選應該依他，然而，他所提的教育總長夏壽康和農商總長張誌潭還是被參眾兩院否掉了，靳雲鵬再次感到了自己的力不從心，對安福係也充滿了怨恨。
為了反抗安福係，靳雲鵬一組閣就取消了國務院裏一個叫“統一委員會”的部門，因為徐樹錚幾個人常常以此委員會的名義到國務院翻閱不應他們知道的機要文件。“統一委員會”被撤銷，徐樹錚失去了一個幹涉其他部門的借口，睚眥必報的徐樹錚對靳雲鵬此舉恨之入骨，開始醞釀倒閣。
後來，通過徐樹錚的活動，李思浩又先後獲得了鹽務督辦和幣製局督辦兩項重大的任命，手裏直接掌握了北京政府的財權，說得過分點，他要是想拖欠靳雲鵬的工資，老靳都沒辦法。所以，靳雲鵬的一切又都控製在安福係的手中。
李思浩、朱深、曾毓雋三人每次都在國務會議上與靳雲鵬爭得是麵紅耳赤，徐樹錚就在旁邊監視，讓靳雲鵬如坐針氈。但靳雲鵬並不想坐以待斃，盡力反抗。他曾經使過小計，派自己的心腹潘複作為財政次長，意圖監督李思浩各種行為，但李思浩哪肯上這個當，立即提出辭職。辭職就辭職吧，有什麼了不起的，你就趕緊走好了。但靳雲鵬發現，作為國務總理，想讓一個人下崗原來這麼難。因為安福係議員們群起攻之，聲稱李思浩如果辭職，國會全體將彈劾內閣總理，靳雲鵬隻好讓步。事後，他也是一肚子怨氣無處發泄，隻好仰天長歎： “堂堂一個國務院總理，想用一個人都不行，想辭退一個人更不行，這樣的總理還不如回家賣紅薯去！”不過，他最終沒有選擇回家賣紅薯，而是繼續忍耐，等待機會。