隆武帝即位後，與其他政權有所不同。他看到過去的那些勢力之間的爭鬥以及政權的腐敗，心中十分憤怒。所以，隆武帝即位後，一心勤於中興政務，凡有章奏批答，都親自動手，不借助於閣臣，而且他生活儉樸，布衣蔬食，約束甚嚴。然而，與此同時，在清軍大兵壓境的危急關頭，魯王朱以海和唐王朱聿鍵兩個並存的政權，仍然沒有吸取以往的教訓，還在忙於爭奪誰是正統，勢同水火；在隆武政權內部，盡管隆武帝一心革新政治，但同樣也是矛盾重重。鄭芝龍自以為擁立唐王有功，軍政開支又都由鄭家支付，因此居功自傲，非常跋扈。
鄭鴻逵考中武舉與武進士，做了崇禎皇帝的錦衣衛“掌印千戶”，積功升至總兵，其後到南京幫助福王，在史可法指揮下，守瓜洲、儀真。此人忠心事主，福王封他為靖西伯。唐王即位後，升他為定西侯，也把鄭芝龍由南安伯升為平西侯。此時，流亡四海的朝廷官員，聞訊唐王登基做了皇帝，紛紛趕來福州。一時福州紫氣氤氳，市井車水馬龍，萬象更新。尤其救亡圖存的旗幟無處不在高高飄揚。抗清複明的形勢漸漸有了新起色。然而，隆武政權首先麵臨的難題是：兵少將寡，糧乏餉缺，困難重重。隆武帝召集群臣商議，勉勵大家獻計獻策，渡過難關。大臣黃道周率先上奏：“皇上英明。微臣思量過，舉坐者唯平國公經營閩南長久，尤占台灣海峽二十餘年，人戲稱‘海盜領袖’，官居‘遊擊將軍’，富可敵國。這是眾人皆知的。”黃道周一麵說，一麵關注周圍的氣氛，感到氣氛有點熱烈，便又以羨慕的口氣說：“平國公德高望重，能呼風喚雨，人緣極好，控製沿海得心應手。港口裏的船隻多如水鶩。依我之見，抗清能立大功者，非平國公莫屬！”
鄭芝龍眨眨眼睛，似乎對黃道周的話感到不順耳。“這是不行的，”他嚴肅地說，“恕我不恭，黃道周大人的計策是荒唐的，若照大學士所言，莫非要我放棄兵權，重蹈商界去經商不成？”
隆武帝見鄭芝龍出言不遜，怒氣衝衝地駁回黃道周的奏議，心裏頗為不悅，卻毫不動聲色，心平氣和地說：“依愛卿之見，目下，我大明的危局該如何方可扭轉？”
鄭芝龍說：“啟稟皇上。眼下，民不聊生，國庫空虛，微臣不是置困難於不顧，隻因自己不才，又加上福建這偏僻之處，土地貧瘠，不毛之地，沒有什麼東西可長，故而家財亦菲薄，實非眾人所認為的巨頭商賈，更非富可敵國，充其量一介小商人而已。微臣這等說，絕無吝財之意，即使家境如此，臣也願窮盡家當，養三萬人馬，並願率部戍守仙霞關。若無異議，前方吃緊，恕臣不候了，臣告退。”
早朝便這樣草草了之，君臣不歡而散。隆武帝心裏有氣不能出，悶悶不樂。雖然隆武帝想有所作為，但他也是心有餘而力不足。在這樣進退兩難的境地中，隆武帝急需一個能夠了解他並且願意為他忠心效力的賢才。於是，在接下來的時間裏他一直在等待著，尋找著。
明隆武元年（1645）九月，鄭芝龍的弟弟鄭鴻逵帶著兒子鄭肇基去拜見隆武帝，隆武帝見了這個孩子，十分高興，就賜肇基朱姓。鄭鴻逵帶著兒子回來之後，洋洋得意地敘述了這件事。很快，這些話傳到鄭芝龍的耳朵裏。鄭芝龍一向是飛揚跋扈，聽到這樣的話，他感覺到隆武帝對他有所偏見，這些是他所不能忍受的。他心想：我的兒子哪一點會比肇基差呢？隻是可惜我沒有早想到這一點。不過，要補救這個過錯也不難，隻要帶著兒子去見皇帝就可以了。然而，此時的鄭成功並沒有在他身邊，而是在福建老家。
於是，鄭芝龍寫信給鄭成功，要他火速返回福州，覲見新皇帝。由於當時的局勢所逼，唐王的行宮是在福州。接到父親的信後，鄭成功告別母親，連夜起程急急趕回福州。見到父親後，鄭芝龍又淡淡地對他說：“此番擁立唐王，實屬無奈，絕非為父的心願，全是你叔父和黃道周的主意，我無功受封，得了個太師平國公的頭銜。當下大部分國土被清兵占領，時局艱危，江南雖大，兵微將寡，糧乏餉缺，軍心不安，民心背向，境況窘迫。鑒於此，複興談何易耳。往後局勢如何發展，實難預測。在此情勢下，得好自為之，稍有疏忽，後果不堪設想。為父之言，望吾兒謹記於心。”