清朝建立後，對廣大的漢人實行了殘酷的統治和奴役。尤其是在清初，帶有濃厚的狹隘種族統治的色彩，對廣大漢族人民和其他少數民族實行殘酷的民族壓迫。他們以征服者自居，入京後就命令將北京居民半數驅逐出城，以便駐屯八旗兵；同時命令在京城近郊開辟牧馬場，飼養戰馬，強占了百姓的大片良田沃野。
隨後，清軍又強迫推行“圈地”命令，任意圈占大片漢人土地分給來京的八旗軍眷屬和其他滿族人，連漢族人民的田產廬舍也無代價地變成滿人產業，很多漢人也淪為八旗奴仆。清朝統治者還不顧漢民族的風俗習慣，強迫推行“剃發”令。清軍所到之處無不燒殺搶掠，全國頓時陷入到一片混亂之中。
雖然清軍占領了北京，但是明朝皇室的後裔依然占據了南方大部分地區。江南和由北京南下的大地主、官僚便策劃建立明室新政權，以維護他們的階級利益。以馬士英、劉孔昭為首的大地主、宦黨官僚和地方實力派主張擁立明神宗朱翊鈞之孫福王朱由崧；以史可法、薑目廣為首的代表中小地主階級利益的官僚和東林黨人主張擁立潞王朱常淓。盡管到了生死存亡的時刻，這兩個政權還是為了各自的利益鬥來鬥去，最後以福王掌握兵權實力而取勝。明崇禎十七年（1644）五月，福王朱由崧在南京即位，年號弘光，成為南明的第一個政權。福王昏庸無能，終日沉湎在笙歌酒色之中，即位後大修宮殿，征歌梨園，後宮女子數以千計，過著荒淫無恥的生活。
此時的皇室後裔中，已經幾乎沒有什麼希望了。福王雖然即位，但是毫無政績。麵臨危亡之際，在朝堂之上，依然是黨爭激烈。馬士英入閣為相後，把持朝政，起用閹黨阮大铖，任用私人奸小，排斥忠良，大肆賣官鬻爵，貪贓枉法，利之所在，趨之若鶩，即使是毫無才識的白丁，隻要肯出錢買官就可位至將帥，所以當時有“掃進江南錢，填塞馬家口”，“官職賤如狗，都督滿街走”的民謠。同時，享譽江南，深孚眾望，堅決主張抗清的史可法卻被馬士英等人排擠出京，督師揚州。
朱由崧即位之後，見鄭芝龍兵財兩盛，派陳謙到福建封他為南安伯，擢升福建總兵，並調他的兵將6000人到南京來拱衛京師。鄭芝龍命鄭成功隨兵入都，到文物昌盛龍盤虎踞的石頭城來讀書，以廣見聞。鄭成功到達南京後，就讀於國子監，成為太學生。不久，鄭成功參加了一年一度的貢生考試，榜上有名，並以貢生資格進夫子廟讀書深造。夫子廟是南京最高學府。國子監便設在此。鄭成功一走進夫子廟便叩拜大成至聖先師孔子靈位。這是當時所有讀書人尊孔的一種儀式。拜了孔子就是儒家的信徒。鄭成功專心致誌讀書，學業精進，很快成為莘莘學子中的佼佼者。鄭氏家族中讀書人不多，中了舉人的唯獨鄭成功一人。
南京此時已是政治經濟的中心，時局變幻莫測。讀書人莫不敏感，尤其鄭成功表現突出。他目睹了各種各樣的人和事，經曆過明清兩朝的生死搏鬥，親身體驗了清軍的殘暴，清軍兵馬所到之處，莫不雞飛狗跳。
當時，鄭成功最佩服的是史可法。史可法效忠明朝寧死不屈，英才忠義都是有口皆碑的。他對鄭成功的成長和政治傾向都有一定影響。在民族危亡之際，東林複社所倡導的忠君愛國，堅守氣節，殺身成仁的精神，“冷風熱血，洗滌乾坤”的號召，對熱血青年鄭成功有很強的感染力。在東林師友的影響下，鄭成功對明末閹黨專權，迫害忠良，君臣誤國的作為極為不滿，並且做詩對明末的弊政和重大失誤，做了尖銳的批評：“元首何昏昏兮，股肱不良；庶事之叢脞，安得黎庶之安康。”