鄭芝龍的財富究竟有多少，無法計算。他見家道興旺，便大興土木，建起了“龍宮”，當時人稱之為“海城”。從這個稱謂看來，足見鄭府的規模大得驚人。曾有詩這樣寫道：
巍峨宏麗勝皇宮。
鑲銀砌玉瓊樓中。
萬方捧來海中術，
百世英雄鄭芝龍！
這裏的“海城”是一座水上建築，水道直通馬江，水陸暢通無阻。這裏是指揮海上運營、貿易的中心，也是指揮海軍的重地，更是鄭氏家族崛起南疆的標誌性建築。
有了這麼多的錢財，鄭芝龍也沒有讓它閑著，他以政府名義擴大隊伍，消滅了在東南沿海與他勢均力敵的大海盜李魁奇，打敗了楊六、楊七、劉香等幾股海盜。這樣，就吞並了海上貿易的競爭對手。鄭芝龍對荷蘭侵略者也進行了英勇而巧妙的鬥爭，得到了明政府的嘉獎，更擴大了自己的威望。很快便擁有一支龐大的水師這支軍隊遠遠超過了明朝的水師實力。據雲他的水師舳艫千裏，人數逾萬。及至明崇禎三年，國難更重，天不佑人，不是幹旱便是水澇。天災加上人禍，使百姓走投無路，苦不堪言。福建總兵熊文燦，對亂糟糟的時局無力施治，出麵請鄭芝龍幫助。鄭芝龍樂於做善事，把數以萬計的災民用船運往台灣，每人發給半年生活費，三戶發給一頭牛，自帶農具，勉勵災民開墾自救。這一舉措深得百姓擁護，災民很快行動起來，在台灣各地墾田造房，開路修渠，勤耕細作，初得溫飽。年歲好的時候，倉中有貯糧還不忘納稅給鄭芝龍。鄭芝龍經營台灣便從此時開始。在台灣曆史上，鄭芝龍是組織大規模移民的第一人。對災民們來說，鄭芝龍的行為功德無量；對明朝政府來說，鄭芝龍替朝廷排憂解難，表現出了忠心；對鄭芝龍個人來說，當然是財源滾滾，名利雙收。
明崇禎六年（1633）七月十三日，荷蘭人為迫使明朝開放貿易，對大陸沿海地區發動突襲，擊毀了大量明軍船隻，其中也包括鄭氏的船隻，這讓鄭芝龍十分震怒。隨後，他以火船衝擊荷蘭巨艦，燒柞木船對付高大夾板船。通過兩次大規模海戰，使荷蘭侵略者再也不敢像以前那樣猖狂侵犯東南沿海了。
崇禎六年（1633）十月二十二日，鄭芝龍會同閩、粵兩省水師進行反擊，在金門料羅灣大敗荷蘭人，焚毀了四艘大型的荷蘭大夾船，繳獲了一艘，燒死、生擒大批荷蘭人，這是數十年間明王朝在海上從未有過的大勝利。不久，鄭芝龍再次於福建湄州灣打敗前來騷擾的荷蘭人，焚毀多艘荷蘭船艦。荷蘭入侵者從此在福建境內絕跡。因戰功顯著，鄭芝龍升任福建總兵，同時也取得了東南沿海的製海權，合法地掌控了東西洋貿易運作，連荷蘭殖民者也被迫與鄭芝龍修好，表示今後不再強行前往福建進行貿易，改由鄭芝龍派船到台灣進行貿易。至此，鄭芝龍一統東南海麵，成為名副其實“閩海王”，在這片海域上，再也沒有什麼力量與他抗衡的了。鄭芝龍由最初的一個無名小卒到最後成為閩中之王，僅僅用了26年的時間。這些巨大的成就也為後來鄭成功的發展打下了堅實的基礎。