在第一次的大規模較量中，朝廷的水師被鄭芝龍擊潰，傷亡慘重，很多官兵落荒而逃，而且有的士兵投向鄭芝龍。在接下來的時間裏，朝廷又多次派兵征剿，然而，每次都是無功而返。鄭芝龍的部隊在多次的抗剿過程中，表現出了傑出的水上作戰能力，聲望越來越高。特別是兩大戰役之後，鄭芝龍更是威震寰宇。這兩次戰役一次是對駐紮在金門的盧毓英作戰。盧毓英原是名將戚繼光手下的一員虎將，在清剿倭寇的時候，驍勇善戰，殺敵無數，幾經沙場，不曾敗過，是地道的常勝將軍。正是因為這些，他根本就沒有把鄭芝龍放在眼裏。於是，他們輕敵冒進，欲一舉殲敵。然而，好夢難圓，他們中了鄭芝龍的埋伏，被一擊而潰，連盧毓英本人也被鄭芝龍活捉，最後隻得低下高昂的頭顱，做了俘虜。但鄭芝龍不把他當俘虜看待，念其昔日剿倭有奇功，視為座上賓，還口口聲聲稱其為剿寇英雄，禮貌有加，盛情款待還惶恐招待不周，歉然撫慰一番，然後釋放還營。另一次與俞大猷的兒子俞谘皋交戰，這又是一場龍虎鬥。朝廷出動了金閩水師，當時這支水師也是心高氣傲，仗著人多就咄咄逼人，並且由於這些將領都急於立功，所以急躁冒進，犯了很多的兵家大忌。鄭芝龍看到朝廷水師來勢洶洶，並沒有感到畏懼，而是非常鎮定。鄭芝龍之所以能夠做到臨危不亂，一方麵是他對自己的實力和朝廷的水師實力都非常清楚，可謂是知彼知己，並且早有防範，再者鄭芝龍善於打心理戰。雖鄭芝龍兵悍將勇，但總是先禮後兵，贏得眾人同情，將士士氣自然高昂。當戰鬥打響後，鄭芝龍親臨前線指揮。他是個不畏強暴的人，越是麵臨強敵，越能沉著勇敢、機智頑強。結果，俞谘皋大敗，金閩水師受到重創，在短時間裏很難再出戰了。這幾場大戰下來，鄭芝龍給明王朝以沉重的打擊，震驚朝野。一時間，朝廷上下無人再敢提征剿之事。
這兩次戰役下來，明朝廷開始不敢小覷鄭芝龍，明朝大小官員莫不認為鄭芝龍是個不可多得的將才。與這樣的將才硬拚，朝廷還真的拿他沒辦法，於是假惺惺派熊文燦前去勸降。其實鄭芝龍也早有歸順朝廷的想法，他盡管擁有雄厚的財力，也有相當的軍事實力，但在政治上始終沒有地位，在世俗和官府的眼中，他隻不過是一個海盜頭子。他認為隻有去朝廷做官才是歸宿，才能光宗耀祖，才能贏得天下人敬仰。鄭芝龍曾私下派心腹部將對明軍的將領們說：“苟得一爵相加，當為朝廷效死力。東南半壁可高枕矣。”崇禎元年（1628）八月，在泉州知府王猷的建議下，福建巡撫熊文燦派盧毓英對鄭芝龍進行招撫，鄭芝龍在平服內部的反對勢力後，隨即向明廷投降。朝廷封了他一個“遊擊將軍”的空頭銜。於是，鄭芝龍離開了多年經營的海上貿易根據地台灣，轉而坐鎮東南沿海一帶，這時他已有部眾數萬、船隻千餘。後來，鄭芝龍方才明白了朝廷的用心，但事已至此，身不由己了，也就來了個將計就計。於是，他打著“遊擊將軍”的旗號，據守台灣海峽，霸占一方水域，對來往的商船勒令其納稅。當時，清軍日益強大起來，不斷向南推進。明朝自身難保，岌岌可危。鄭芝龍趁此國勢大亂的時機，大禁海運，並加強了對海運的管理，凡沒有鄭芝龍旗號的船隻一律不允通航，鄭芝龍一手控製了海上貿易和營運。這樣一來，所有過往船隻不論是什麼性質的，一律必須辦證，並規定每隻船年抽稅二百兩紋銀。僅憑此一項收入，就富可敵國。