鄭芝龍逃回國後，在台灣與高山族人民共同奮鬥，開荒漁獵，把千百年沉睡的荒地變成良田。並且以此地為商埠，經常出沒在金、廈、澳、港等一帶沿海水域，繼續經商，開拓海上營運。鄭芝龍以台灣為基地，一麵進行墾荒生產，一麵組織船上的兵丁進行操練，在海上攔劫商船，官兵奈何他不得。由於鄭芝龍集團紀律嚴明，鄭芝龍為人重義氣，講信用，不吝惜錢財，頗得民心。沿海百姓大多為他通風報信，充當耳目，使其海上貿易進行得非常順利。
時間過得非常快，一轉眼三年過去了。在此期間，鄭芝龍非常想念和擔心留在日本的妻兒，多次派人去日本接田川惠子母子回國，然而，由於他過去在平戶的所為，再加上他當時的實力還並不強大，所以這個要求屢遭日方無理阻撓。就這樣，直到四年後，鄭芝龍才將兒子大木（鄭成功）接回國。
1625年，老大顏思齊因患瘧疾去世。由於鄭芝龍的出色表現，以及顏思齊生前對他的器重，所以，鄭芝龍眾望所歸，最終如願以償，當上了華商總會的會長。由他主持料理顏思齊喪葬事宜，喪事辦得很排場，由於顏思齊當時的巨大影響力，所以當時四方英雄，八方豪傑都前來參加喪禮。不僅如此，就連政界名流、商場翹楚也莫不前來吊唁。在喪禮現場，顏府內外那是水泄不通。據當時的一些記載說，顏思齊的喪事辦得十分奢侈，備筵數百桌，甚是風光。時人讚道：寶鼎檀香燃，玉瓶鮮花豔。長江後浪推前浪。今人定比古人賢。水晶壺裏，盛的是瓊漿玉乳。琥珀杯內，溢出的是甘香清液。玳瑁盤上，疊著仙桃聖李。細瓷具中，盛滿了熊掌猴頭。鮭魚膾銀絲縷縷，紫金壺沏的是香茗如泉。長袖馬褂是賢達，高冠衣楚是名流。莫不虔誠叩首厝柩前。名流薈萃，賢達雲集；高朋貴賓，盈千累萬。燈火輝煌，爆竹喧天。饌肴滿席，佳釀飄香。酒過數巡，劃拳行令，觥籌交錯，臻至高潮。眾人麵色莫不酡紅，搖搖晃晃的，抱拳於胸的，紛紛向主人道別。各歸其所，不在話下。
鄭芝龍辦完顏思齊的喪事後，就正式走馬上任，在他當值期間，竟比顏思齊更有能耐，更善於經營和擴張自己的生意。商會勢力不斷壯大，很快就成為東南沿海的商業巨頭，並且逐步將觸角伸向高麗、琉球半島、菲律賓、馬來西亞、扶桑等地。自此鄭芝龍以台灣為根據地，收購江南一帶的珍奇異物，並販賣到琉球、朝鮮、真臘、占城等地，由此推動了海峽兩岸大規模的貿易活動。並且他還將運回來的珍稀尤物，珠寶奇貨，販至上海、北京、留都（南京）、蘇杭、港澳等地銷售，然後，又帶上土特產運往外洋。國人看不上眼的土貨，而洋人卻十分喜愛，因此這些土特產在國外的銷售非常好，並且利潤也非常高。在鄭芝龍的這種經營方法下，商會的實力進一步擴大。而鄭芝龍也知道，隻有自己的實力足夠大了，才能夠盡快地將妻兒接回到身邊來。
自立門戶的鄭芝龍，不斷招兵買馬，繼續擴大勢力。先後合並了當時台灣的其他漢人的武裝力量，又從大陸招募人員到台灣，並從福建招攬來鄭興、鄭明、楊耿、陳暉、鄭彩等部將。他把部下分設為參謀、總監軍、督運監守、左右謀士等官銜，進行有效管理，建立了初具規模的鄭氏地方統治政權，成為當時閩海上最大的武裝集團。然而，正當鄭芝龍全力擴張勢力、威名遠揚的時候，明王朝對此卻也高度重視起來。後來，由沿海官員上奏了朝廷，說鄭芝龍的商會是海盜組織，嚴重損害了皇威，並且給國家的財政收入帶來了很大的影響。然而，由於當時朝廷已經非常腐敗，皇帝不分青紅皂白，就視他為海盜，並且還降旨要加以剿滅，揚言靖清海道。然而，這麼多年來的磨煉，已使得鄭芝龍非常的勇敢，根本就沒有害怕朝廷這樣的威脅，朝廷的做法反而更加激起總會商人的不滿和反抗。此時鄭芝龍實力已經相當強大了，俗話說，有兵就是膽，此時的鄭芝龍竟似當上了東海龍王，率領蝦兵蟹將與朝廷水師要比個高低。