福建協和大學是個綜合大學，規模雖不算大，但教學工作認真踏實，人才輩出。林必錦在該校選學物理為主課。第二學年時，教物理課的教授為一位英國人，他不管學生程度高低，總是講量子學說，不問學生能否接受。加上林必錦對物理學總感到未學得入門，也未激起他的興趣。為此，他決心改學醫學，要為改變祖國 “東亞病夫”的稱號而盡自己微薄的力量，以此為自己一生追求的目標。新學期注冊時，教務長（中國人）對林必錦說，學醫年限長，並問他經濟有無把握？他說，經濟一點把握也沒有，但是他還是要改主課。於是到第三學年就改修醫預科為主課。
在後兩年的大學生活中，盡管宗教教育係的教授對他幫助很大，總想能把他培養成為一個合格的傳教士，但他一直沒選修過他的課程，他完全靠自己的勞動掙錢維持自己和弟弟的生活。林必錦就是這樣的硬骨頭性格：他認準的道路，拚命也要走到底。
福建協和大學是北京協和醫學院在全國挑選設有醫學預科的十幾所大學之一。醫預科規定有必修課程，學生學完這些課方可報考北京協和醫學院。林必錦改學醫預科雖然在經濟上無把握，但決意要學，並作為自己一生的誌願。他刻苦讀書學習的行動感動了醫預科主任（兼化學係主任），這位教授親自向北京協和醫學院給林必錦申請助學金，協和醫學院破格批給林必錦每年350塊大洋（銀元）的助學金。從此，他更專心讀書，課餘不參加任何活動，更不去參加宗教活動。
進入從醫最高學府
北京協和醫學院，具有世界一流教育水平，是全國醫學界最有聲譽的學校。當時人們都說：一個有北京協和醫學院學位的醫生，肯定會在他這一行中出人頭地。隻要看看這個學校畢業的知名大夫遍布全國，就會知道這樣說是有根據的。
1933年，林必錦從福建協和大學畢業以後，獲理學士學位，又以優異的成績於同年考入北京協和醫學院。那年秋天，林必錦身穿藍布大褂，腳蹬黑布鞋，背著竹簍來到北京協和醫學院報到時，門房對這位年輕人上下打量和反複細致地盤問，才放他走進學校大門。他在校一切費用都依靠學校貸款與助學金。有了助學金，林必錦的學習條件好多了，住房也是單間，他可以安心攻讀醫學了。他每天上午上課，下午做實驗，做人體解剖……
沒過兩年，林必錦的弟弟林必宜又考上了北京清華大學。弟弟經常來他這裏，有時還帶幾個同學到他宿舍高談闊論。他愛弟弟，所以每當弟弟和同學談話時，為了不影響他們，他就主動讓開，自己找個地方讀書去了。他們兄弟倆雖然一樣聰明好學，但走的卻是兩條道路， 一位是專心攻讀醫學，一位是全身心地投入革命事業。他倆爭論過多次，但思想一直沒有統一。
“七七”事變後，國民黨對北京各大學控製更嚴了，弟弟的會議經常在哥哥的宿舍裏開，因為這所學校是外國人辦的，專心讀書的多，不問政治的多，所以國民黨政府對這所大學控製較鬆。
在一個大雪天的傍晚，林必宜踏著積雪急匆匆地來找哥哥，兄弟倆在房間裏談了許久許久，從來不認輸的林必錦終於被弟弟說服了。
第二天，一輛美國人開的小汽車順利地開進火車站，汽車裏坐著的正是身穿協和醫學院校服的林必錦和他的弟弟。在國民黨封鎖極嚴的情況下，隻有這樣才能出北京城。林必錦把弟弟順利地送往革命的根據地一一延安。後來在弟弟的回信中，他才知道原來弟弟早已是中共地下黨員。
經過4年寒窗苦讀，勤奮致學的林必錦終於在北京協和醫學院畢業並獲得醫學博士學位。同年7月，被留在本醫院工作，任外科醫師、協和醫學院助教。不久，他與一位賢惠、聰明、漂亮的女大學生黃端彬結婚，開始了他們的新生活。
林必錦作為一個生長在農村的赤貧孩子，獲得教育機遇，而能進入高等學府，並獲得博士學位。原來他早在青年時代，就以魯迅的一段話寫在日記裏，“魯迅先生講得好。希望本無所謂有，無所謂無的。這正如地上的路，其實地上本沒有路，走的人多了，也便成了路。我要向環境、命運和一切宣戰，我要奮鬥，成功的時候要奮鬥，失敗的時候更要努力奮鬥。牢記失意是得意的征兆，失敗是成功的母親。”作為座右銘。