1928年，學校遭到了火災。這時林必錦已讀到高中二年級了，他隻好轉入英華高中越級插入三年級畢業班學習，當年夏天就畢業了。盡管這樣，他的學習成績還是名列前茅。
林必錦在高中讀書時，從高中一年級就分文科與理科，他選學了理科。高中畢業後，也想投考到外地高等院校，因經濟困難，連出門報考的路費也沒有，所以就近報考福建協和大學，並求人寫介紹信要求在校半工半讀。考試完了以後，暑期在家，白天他幫助母親幹活，晚上開始自學，爭分奪秒地攻讀。他知道自己的實力，他相信自己能考上大學。
因為村裏沒有郵遞員，他讓學校把通知書寄到永泰縣教堂他的一個叔叔那裏。他一直焦急地等待著通知書的到來。眼看快到開學的日期了，還是杳無音信。有人勸他留在家中種地，或到縣城教書，但沒有動搖他讀書的願望。他隻好籌劃先去南洋打幾年苦工，掙錢回來再讀書。母親理解兒子的決心，沒有阻攔，目送他離開家鄉並為他祈禱。林必錦當天走進永泰縣的教堂，去向叔叔告別 這位當牧師的叔叔見到他以後，才想起曾代他收到過一封信，以為是無關緊要的信就放在一邊了。林必錦接過來一看，不由得驚呆了。這正是他望眼欲穿的學校寄來的通知書呀！寄來已經有一個多月了，信中允許他半工半讀。林必錦真是喜出望外，取消了南洋之行，直奔福建協和大學。這是他邁出人生的大一步，他沒想到這坎坷的學習路程更加艱難。
帶著一身泥土氣的林必錦風塵仆仆地趕到福建協和大學報到。當他站在教務長 Scott麵前時，這位美國人上下打量他半天才說：“你就是林必錦？”其實他早已從中學校長那裏了解了林必錦的情況，就讓他報了到，並幫助他找到了半工半讀的工作。
那時福建協和大學離城裏有30裏路，該校沒有郵政代辦所。林必錦作為代辦所的郵遞員，不僅為本校師生郵信，還負責周圍村莊信件的投遞。林必錦半日讀書，半日負責郵政代辦所工作。由於工作時間與上理化課時間衝突，所以除數學課外，所有自然學科課程都無法選修，下午也沒時間做實驗課。他的意向已決定從事科學工作，而今偏偏不能選讀此類課程，內心非常痛苦，精神煩亂不安。林必錦雖然又一次得到了學習深造的機會，可是真難呀！他在一篇作文中曾寫道：“在這貴族式的社會裏，哪有我受教育的機會呢？我的求學生活是嚐不到甜蜜的滋味的…”一年結束後，教務長發現林必錦確實是位人才，學校決定在第二年不再叫他去郵政代亦所工作，可以全部時間上課，並選定物理課為主課。
1929年，林必錦在學校裏收到他弟弟的來信。信中告知他，初中已畢業並考入了福州英華中學，但因經濟困難無法入學。他知道英華中學是福州最好的中學，全福州隻收了兩名考生，其中就有他弟弟，實在難得。弟弟求助於他，他也沒有錢，心裏非常矛盾。他請求教會給以幫助，可是教會的人回答：“你不要管弟弟。你弟弟受革命影響，對學校措施不滿，參與學潮，把縣中學鬧得都停辦了。洋人對他不滿，讓他半工半讀自己找個‘飯碗’算了。”
協和大學的洋人教務長還給林必錦寫信說，你自己有權利受教育，不要為你弟弟做那樣犧牲，並警告他：若不聽勸告，以後你上學需要經濟援助時，就不再為你想辦法了。林必錦和教會鬧翻了，他拒絕了教務長的勸告，寧願自己犧牲學業，要成全弟弟升學英華。倔強的林必錦決定休學，到英華中學任教，這樣弟弟也就能到英華上學了。
一年來，林必錦奮力地工作，他在英華中學教書一年，業餘時間又擔任校內補習班工作，掙錢供弟弟讀書。當估計收入可供弟弟兩年之費用，遂於1930年又回到協和大學續學。教務長麵對這樣一個倔強的年輕人，終於同意恢複了他的學籍。他仍選物理為主課。
林必錦重返協和大學以後，其經濟方麵由一位洋教授為之籌劃，條件是課餘之際為他做秘書工作。這位教授是擔任宗教課的，當林必錦讀一年級時，有一次校內工人做禮拜，請林必錦講演，這位教授聽了以後對他非常欣賞，會後曾約他在校園附近風景區長談，意思想培養他往宗教學方麵發展。可是林必錦對宗教始終不感興趣，這位教授所開的宗教課，他從來也沒有選讀過。為這位教授做秘書工作，隻是為了解決自己經濟困難增加收入而已。