紀昀總纂的《四庫全書》和一手刪定的《總目》問世以來，得到曆代學者的高度讚譽。阮元說：“高宗純皇帝命輯《四庫全書》，公（紀昀）總其成，凡六經傳注之得失，諸史記載之異同，子集之支分派別，罔不抉奧提綱，溯源徹委。所撰定《總目提要》多至萬餘種，考古必求諸是，持論務得其平允。”江藩指出：“《四庫全書提要》、《簡明目錄》皆出公手，大而經史子集，以及醫卜詞曲之類，其評論抉奧闡幽，詞明理正，識力在王仲寶、阮孝緒之上，可謂通儒也。”有目共睹的學術價值還使得這部大著的文化影響曆久不絕。晚清張之洞對讀書士人談到：“今為諸生指一良師，將《四庫全書提要》讀一過，即略知學問門徑矣。”對該書有精深研究的餘嘉錫說：“《提要》之作前所未有，可為讀書之門徑，學者舍此，莫由問津。”他還談到清朝嘉道以後通儒輩出，“莫不資其津逮”，將其奉作指南，“功既巨矣，用亦弘矣”。他對《總目》的缺點多有指摘，但也承認自己“略知學術門徑，實受《總目》之賜”。
紀昀在四庫館修書十年，“自始至終，無一息之間”，其辛勞不言而喻，卻也是人生收獲頗豐的十年。他既為恰逢“王事適我”的曆史機遇而欣慰，又為“期於世事有補”願望的實現而自豪。正如他在《自題校勘四庫書硯》詩中所雲：“檢校牙簽十餘萬，濡毫滴渴玉蟾蜍。汗青頭白休相笑，曾讀人間未見書。”“曾讀人間未見書”隻是一個表象，紀昀和他的同仁們為中國學術文化樹立的一座豐碑才是看不見的永恒！在主編《四庫全書》期間，紀曉嵐由侍讀學士升為內閣學士，並一度受任兵部侍郎，改任不改缺，仍兼閣事，甚得皇上寵遇。接著升為左都禦史。《四庫全書》修成當年，遷禮部尚書，充經筵講官。乾隆帝格外開恩，特賜其紫禁城內騎馬。嘉慶八年（1803），紀曉嵐八十大壽，皇帝派員祝賀，並賜上方珍物。不久，拜協辦大學士，加太子少保銜，兼國子監事。他六十歲以後，五次出掌都察院，三次出任禮部尚書。紀曉嵐卒後，築墓崔爾莊南五裏之北村。朝廷特派官員，到北村臨穴致祭，嘉慶皇帝還親自為他作了碑文，極盡一時之榮衰。
紀曉嵐還有口吃的毛病。當然，紀曉嵐既然能通過各層科舉考試，其間有審音官通過對話、目測等檢查其形體長相以及說話能力，以免上朝時影響朝儀“形象”，應該不至於醜得沒法見人，但無論如何，紀曉嵐長相不好看，卻是無疑的。長得醜，近視眼，口吃，這些生理特點都成為紀曉嵐一輩子與乾隆貌合神離、不得乾隆真正信任的重要原因。紀曉嵐一生著述甚豐，既有以官方身份主持編纂的《四庫全書》、《四庫全書總目提要》、《熱河誌》等，也有以私人身份著述的《閱微草堂筆記》。但在紀曉嵐生前，就有關於他平生不著書的說法流傳。
有人說，紀曉嵐認為自己的作品超不過古人，所以不重著述，不存作品。紀曉嵐的門生劉權之就說他老師文名滿天下，經常給人寫文章，但都“隨手散失，並不存稿”，原來紀曉嵐總是認為這些文字不過是古人的糟粕而已，沒有刊刻的價值。紀曉嵐的另一門生陳鶴也說，老師自從主持纂修《四庫全書》，縱觀古今著述，知道該有的都已經有了，後來的人再怎麼挖空心思，所著也不出古人的範圍，而那些自謂超過古人的人，都是自不量力罷了。所以紀曉嵐“生平未嚐著書”，偶爾為人作序記碑表之類的文字，也都隨即丟棄，未嚐保存。陳鶴感慨地說，如今某些人偶爾寫了一點小東西就四處炫耀，急欲表露，真是厚顏啊！
清代大學者江藩在其《漢學師承記》中卻說，紀曉嵐一生精力全都耗在《四庫全書總目提要》一書，又喜歡寫些稗官小說，故而“懶於著書”，他青少年時期的著作都藏在家中，未曾流傳於世。
莊氏史案本末而按照紀曉嵐自己的說法，與上麵都稍有出入。紀曉嵐晚年就曾講起，“我早年就學習詩歌，其間意氣風發，與天下同好互相唱和，總是不甘人後。如今我年紀差不多80歲了，卻轉而瑟縮不敢著一語，平生所寫的稿子也不敢自存”。他說這是因為隨著閱曆的增長，回過頭來看自己的得意作品，大多都是古人已經說過的東西，自己辛辛苦苦地著述，不過是徒自苦耳。從紀曉嵐的話來看，他並不是“未嚐著書”，早年還是勇於吟詩弄賦的，隻不過後來他對自身所處的世道逐漸有了深刻的體會，越來越不敢從事寫作了，而且也不敢保存自己的稿件。要說是因為怕超不過古人而罷筆，這個理由似乎很是勉強。這個理由背後還有著極大的社會政治背景，那就是乾隆年間思想控製的加強，文字獄屢見不鮮。