四十八年，調江蘇巡撫，賑淮、揚、徐三府饑。會布政使宜思恭以司庫虧空為總督噶禮劾罷，上遣尚書張鵬翮按治。陳鵬年以蘇州知府署布政使，議司庫虧三十四萬，分扣官俸役食抵補，伯行谘噶禮會題，不應。伯行疏上聞，上命鵬翮並按。別疏陳噶禮異議狀，上諭廷臣曰：“覽伯行此疏，知與噶禮不和。為人臣者，當以國事為重。朕綜理機務垂五十年，未嚐令一人得逞其私。此疏宜置不問。”伯行尋乞病，上不許。鵬翮請責前任巡撫於準及思恭償十六萬，餘以官俸役食抵補。上曰：“江南虧空錢糧，非官吏侵蝕。朕南巡時，督撫肆意挪用而不敢言。若責新任官補償，朕心實有不忍。”
命察明南巡時用款具奏。伯行又疏奏各府州縣無著錢糧十萬八千，上命並予豁免。
噶禮貪橫，伯行與之迕。五十年，江南鄉試副考官趙晉交通關節，榜發，士論譁然，輿財神入學宮。伯行疏上其事，正考官左必蕃亦以實聞，命尚書張鵬翮、侍郎赫壽按治，伯行與噶禮會鞫，得舉人吳泌、程光奎通賄狀，詞連噶禮。伯行請解噶禮任付嚴審，噶禮不自安，亦摭伯行七罪訐奏。上命俱解任，鵬翮等尋奏晉與泌、光奎通賄俱實，擬罪如律；噶禮交通事誣，伯行應奪官。上切責鵬翮等掩飾，更命尚書穆和倫、張廷樞覆按，仍如前議。上曰：“伯行居官清正，天下所知。噶禮才雖有餘而喜生事，無清正名。此議是非顛倒，命九卿、詹事、科道再議。”明日，召九卿等諭曰：“伯行居官清廉，噶禮操守朕不能信。若無伯行，則江南必受其朘削幾半矣。此互參一案，初遣官往審，為噶禮所製，致不能得其情；再遣官往審，與前無異。爾等能體朕保全清官之意，使正人無所疑懼，則海宇升平矣。”遂奪噶禮官，命伯行複任。
五十二年，江蘇布政使缺員，伯行疏薦福建布政使李發甲、台灣道陳瑸、前祭酒餘正健，上已以湖北按察使牟欽元擢任。未幾，伯行劾欽元匿通海罪人張令濤署中，請逮治。令濤兄元隆居上海，造海船，出入海洋，擁厚貲，結納豪貴。會部檄搜緝海賊鄭盡心餘黨，崇明水師捕漁船，其舟人福建產，冒華亭籍，驗船照為元隆所代領，伯行欲窮治。是時令濤在噶禮幕，元隆稱病不就逮，獄未竟而死於家。噶禮前劾伯行，因摭其事為七罪之一。會上海縣民顧協一訴令濤據其房屋，別有水寨數處窩藏海賊，稱令濤今居欽元署中。上命總督赫壽察審，赫壽庇令濤，以通賊無證聞；複命鵬翮及副都禦史阿錫鼐按其事，鵬翮等奏元隆、令濤皆良民，請奪伯行官。上命複審，且命伯行自陳，伯行疏言：“元隆通賊，雖報身故，而金多黨眾，人人可以冒名，處處可以領照。令濤乃顧協一首告，若其不實，例應坐誣；欽元庇匿，致案久懸。臣為地方大吏，杜漸防微，豈得不究？”既命解任，鵬翮等仍以伯行誣陷良民、挾詐欺公，論斬，法司議如所擬，上免其罪，命伯行來京。
旋入直南書房，署倉場侍郎，充順天鄉試正考官。授戶部侍郎，兼管錢法、倉場，再充會試副考官。雍正元年，擢禮部尚書，賜“禮樂名臣”榜。二年，命赴闕裏祭崇聖祠。三年，卒，年七十五。遺疏請崇正學，勵直臣。上軫悼，贈太子太保，諡清恪。光緒初，從祀文廟。
伯行方成進士，歸構精舍於南郊，陳書數千卷縱觀之，及小學、近思錄，程、硃語類，曰：“入聖門庭在是矣。”盡發濂、洛、關、閩諸大儒之書，口誦手抄者七年。始赴官，嚐曰：“千聖之學，括於一敬，故學莫先於主敬。”因自號曰敬庵。又曰：“君子喻於義，小人喻於利。老氏貪生，佛者畏死，烈士徇名，皆利也。”在官所引，皆學問醇正，誌操潔清，初不令知。平日齮齕之者，複與共事，推誠協恭，無絲毫芥蒂。曰：“已荷保全，敢以私廢公乎？”所著有困學錄、續錄、正誼堂文集、居濟一得諸書。