之後，翁曾三入軍機，為國效力；中法越南戰爭中，在對待黑旗軍劉永福的問題上，翁同和與主和派的鬥爭更加激烈。劉永福領導的黑旗軍是應越南政府邀請與法軍作戰的，曾多次挫敗法國侵略軍，在著名的紙橋戰役中殲敵二百餘，並擊斃了法軍頭子李威利。翁同和稱讚是對法戰爭“第一捷音”。在軍機會議上，他提出要犒賞黑旗軍，授予劉永福武職遊擊的官銜，提供軍餉和器械。而法國侵略者視黑旗軍為眼中釘，把驅逐黑旗軍作為停戰條件。對此，李鴻章曲意逢迎，認為不消滅黑旗軍，將來由法軍自行驅逐，則邊患更大。翁同和極力反對，氣憤地指責李鴻章“直視劉團為眼中釘，不知安於何心！”但是，由於軍權掌握在李鴻章手中，加上慈禧、奕訢猶豫不決，黑旗軍終因孤軍無援，節節敗退。翁同和十分憂沮，斷言：“日後大局可危”。他在日記中一再表露他身居高位而不能有所作為的羞愧。中法戰爭失敗後，國內愛國人士紛紛上書參劾恭親王奕訢和軍機大臣，主張“殺李鴻章”。慈禧下令罷免軍機全班人馬，翁同和加恩革職留任，退出軍機處，仍在毓慶宮行走，教授光緒讀書。任戶部尚書籌集軍餉，查處製錢舞弊，反對慈禧太後鋪張浪費，內外交困之際，費百萬白銀搭彩柵為自己祝壽。為日薄西山、千瘡百孔的清王朝掙命補天。
中國維新第一導師
維新變法失敗後，翁同和翹望企盼卻沉冤不洗，懷著富國強兵的未了心願溘然逝世。康有為從報紙上得知這一消息後萬分悲痛，他寫了《哀詞》十四章以敘述二人之間的非凡友誼，高度評價了翁在戊戌變法中的功績。
在《哀詞·自序》中，康有為這樣寫道：“戊戌為中國維新之第一大變，翁公為中國維新第一導師。”這是後話了。
1889年光緒帝親政以後，雖托名皇帝，實際上不過是一個傀儡而已，慈禧太後大權在握，滿朝重要部門幾乎全是太後的人。作為皇帝師傅的翁同和看在眼裏急在心頭。久在朝中活動的翁同和，對朝局可謂洞若觀火，於是他一方麵勸光緒帝盡量順從慈禧太後的意思辦事以韜光養晦，一方麵利用科考的機會為光緒帝延攬人才。
幾年之後，經過翁同和的努力，吳魯、吳蔭培、文廷式、張謇、康有為等人先後積聚在了光緒帝周圍，翁同和則自然成為了這些帝黨人物的領袖和核心人物。
張謇，著名的江蘇南通實業家，“開學典禮”結束後，翁同和便像以前那樣兢兢業業地教光緒帝讀書了，風裏來雨裏去，從不耽誤。光緒二十年狀元，從事輕工業，他與“一代船王”盧作孚和從事重工業的張之洞、從事化學工業的範旭東齊名，後來被毛澤東讚譽為“中國近代工業不能忘記的四個人”。但是他的實力能夠彰顯和翁同和不能說沒有關係。張謇與翁同和雖屬師生關係卻似“忘年交”，幾乎無話不談。一次張謇落第後去拜別翁同和，一進門就行大禮，翁同和是雙手攙扶他顯得非常激動：“老朽雖數次任考差，竭盡全力，披沙揀金，但仍野有遺賢，遺憾至深！”