雍正朝某年科考，皇帝欽定朱軾為主考官，侍郎劉碧為副主考官。就在開考前一天，雍正帝密召主考官定下考題。就在考題定下的當天下午，圍舅就讓他的親信給正副主考官各送來黃金、錦緞等貴重禮品，想要請主考關照他的兒子。與此同時，刑部、工部、戶部等一些官員也派人送來不少禮品，都是想請求主考官關照各自的親朋好友。副主考官劉碧貪心一起，將考題泄露給送禮的人，而朱軾卻不為金銀禮品所動，不僅如此，為了維護考試的公平，他連夜帶著全部禮單、禮品進宮稟告雍正皇帝。雍正聽說此事以後大怒，想要立即治劉碧和國舅等徇私官員的罪。朱軾則請雍正帝暫不處理人事，而是先將考題重新出過。結果考後國舅等送禮官員親屬一個個名落孫山，而考中者盡為文章錦繡、見解獨特的優秀人才。雍正帝為此讚賞朱軾“盡拔佳文、摒除弊端”，並賜題詩禦扇於朱軾，以示獎賞。這把禦扇現僅存扇麵，被朱軾後裔珍藏下來，現收藏在高安市檔案館。
興修水利造福一方
此時的朱軾已經成為雍正的左膀右臂，雍正皇帝曾賜與朱軾“朝堂良佐”禦匾一塊，以表示當朝皇帝對他的器重和信賴之情。朱軾一生中最大的政績主要在督辦興修水利方麵。雍正二年，朝廷開始修築郭家務大堤，築清涼寺月堤，修金門閘，築霸州堂二鋪南堤決口。但是工程進展不很順利，郭家務以下兩岸頓狹，永清受害特重，這時候雍正皇帝想到了曾經修築海堤有功，積累了豐富的工程經驗的朱軾。朱軾開挖新渠，疏通水道，因導河水流人海中，又加固堤壩，修築圍堤，力圖防患於未然。他不僅僅主持郭家務一帶堤防，這一年朱軾又兼吏部尚書，勘江、浙海塘。浙江海寧的海堤本來就是他早年修建的，這對他來說已經是輕車熟路了。這次巡查對朱軾來說有一些故地重遊的味道。大堤依舊，濤聲還似舊年，此時的他已然成為朝中元老了。當他回京報告的時候，已經把堤壩的情況，修築的計劃，以及需要的費用計算得一清二楚了：
“浙江餘姚滸山鎮西至臨山衛，舊土塘三道，本為民灶修築。今民灶無力，應動帑興修。自臨衛經上虞烏盆村至會稽瀝海所，土塘七千丈，應以石為基，就石累土。又海寧陳文港至尖山，土塘七百六十六丈，應就塘加寬，覆條石於巔，塘外以亂石為子塘，護塘址當修砌完固。至子塘處，依式興築。海鹽秦駐山至演武場石塘，圮八十丈，潰七十丈，均補築。都計工需十五萬有奇。江南金山衛城北至上海華家角，土塘六千二百餘丈，內三千八百丈當改為石塘。上海汛頭墩至嘉定二千四百丈，水勢稍緩，土塘加築高厚，足資捍禦。都計工需十九萬有奇。”
似乎朱軾與治水修堤有緣，雍正三年，因海河流域暴雨成災，使70餘個州縣受災，一年收成化為烏有。
雍正皇帝再次任命大學士朱軾和怡親王允祥相度修治。
他們沿永定河到天津、河間、保定等州縣，進行深入的調查研究後，提出了治河與營田相結合的治理方案。首先治理衛河、澱池、子牙、永定諸河，把主要水道疏通，疏導洪水，除此以外，還在京城東麵的灤、薊，京城南麵之文、霸等縣設營田專官，並且招募因洪災而離鄉的農民，沒水利營田府，指導他們耕種水田。第二年就種植水稻七百多頃，並獲得大豐收。到雍正七年，河道治理大見成效，共營水田六千多頃，因河堤堅固且年年豐收，百姓安居樂業。
由於治海修堤有功，他又拜文華殿大學士，兼吏部尚書，雍正四年二月，朱軾母喪，雍正皇帝倒是沒有像康熙那樣不近人情，他很痛快地讓朱軾回家治喪盡孝。
雍正下諭說：“軾事母至孝，但母年八十餘，祿養顯揚，俱無餘憾。當節哀抑慟，護惜此身，為國家出力”。賜白銀四千兩用於辦葬事。並且特別批準朱軾稱驛馬趕回老家治喪，並且讓江西巡撫帶著禦賜的內帑到朱軾家賜祭。等到治喪完畢後，朱軾將要回京的時候，又派遣學士何國宗、副都統永福迎接，還允許他繼續穿素服終喪。