雍正元年，他被任命直南書房，加吏部尚書銜。也就在那一年雍正任命朱軾為太子太保，在懋勤殿設講壇，當時的皇子愛新覺羅·弘曆（也就是後來的乾隆皇帝），對朱軾行拜師禮。按清朝成例，皇子見師傅，彼此都行長揖禮，這是胤稹為使皇子們尊重師傅，特定的禮節。這時，朱軾成為帝師，而且是在位60年、創“康乾盛世”的乾隆皇帝的帝師。雍正為弘曆選擇的老師都是碩學耆宿，前後有十餘人之多，其中最重要的也是對弘曆影響最大的就是朱軾。一如朱軾為人為官一貫的嚴謹作風，他對弘曆的要求很嚴，以致於雍正有時都覺得有些過頭了，就對朱軾說：“教也為王，不教也為王。”
意思是弘曆是皇子，不管教育得嚴格不嚴格，他以後都是要稱王的，所以沒有必要這麼嚴格。然而朱軾沒有順勢而下，而是很嚴肅地說“教則為堯舜，不教則為桀紂。”
教育得好，以後他會成為堯舜那樣的賢君，反之教育不好，就會變成夏桀、商紂那樣的暴君，正因為他是皇子，才更要嚴格要求。弘曆熟讀《詩》、《書》、《四子》（《四子》也叫《四子書》，是指曾參、子思、孔子、孟子，是早期儒家四個代表人物），對《易》、《春秋》、《戴氏禮》、宋儒性理諸書都有心得，並旁及《通鑒綱目》、《史》、《漢》、八家之文，朱軾這位帝師功不可沒。乾隆登基以後，對這位嚴格教育他的老師特別感激，他曾經在詩序中說“從朱軾學十餘年，所獲最多”。在他即位的當年，下詔命大學士朱軾、鄂爾泰、張廷玉，左都禦史福敏，侍郎徐元夢、邵基，為皇子師傅，或許想起當年朱軾對自己的嚴格要求，於是召皇子及朱軾等六人進見，當麵說：“皇子年齒雖幼，然陶淑涵養之功，必自幼齡始，卿等可殫心教導之。倘不率教，卿等不妨過於嚴厲。從來設教之道，嚴有益而寬多損，將來皇子長成，自知之也。”上又諄諄諭皇子：“師傅之教，當聽受無遺。”看來是體會到了朱軾當年的一片苦心。
朱軾不但培養出了乾隆皇帝這一文武兼備、治國稱雄的傑出人才，而且在振一代文風、嚴格科舉製度、興辦各類書院、選拔優秀人才等方麵作出了巨大貢獻。經他一手提拔推薦的有沈近思，藍鼎元，陳儀，李徽，王葉滋，王安國，劉吳龍，朱珪，童華等等，這些人都是難得的堪當大任的人才。朱軾無論在何處為官，都必強調教育的重要，辦書院崇尚儒學。在浙江任上刊印頒發了《大戴禮記》、《儀禮節略》以及《張子全書》、《顏氏家訓》、《溫公家訓》等書，使浙江風俗為之一變。他三主會試，以“讀對賢書而能發明其意蘊”為選才標準，為清朝選拔了不少人才。明清時代科舉考試猶如跳龍門，一旦考中就有了功名，躋身於統治階層了，在科舉考試中，考官的才與德就尤其重要。考官的才不高，出題判卷就沒有水平，無法選拔優秀的人才。如果考官品德不高，給某些親戚朋友的子嗣大開方便之門，甚至收受賄賂，出賣考題的話，那麼就不僅僅是關係是否選拔人才的問題了，如果那樣，後果就是考紀廢弛，天下讀書人嘩然，甚至導致社會不穩定。考官肩負重任，因此曆代選任考官都異常的謹慎，同時，當選為考官也是一個大臣的榮譽。雍正元年，朱軾、張廷玉擔任會試總裁，持擇公允，雍正皇帝很高興。為了表彰他能公正地選拔人才，雍正皇帝曾將一麵優質蘇州折扇貢品賜給朱軾，並在扇麵上題詩一首以示表彰。詩雲：
高嶽生良佐，
興朝瑞老臣。
南昌持藻鑒，
北鬥重權衡。
忠豈唯供職，
清能不近名。
眷言思共理，
為國福蒼生。
關於這麵禦賜題詩的折扇還有一段鮮為人知的曆史故事：