當時杭州南、北兩地的關稅，按照慣例是由浙江巡撫監收的，這就是一個難得的“肥缺”，如果要從中漁利十分方便，朱軾卻以為關口眾多，查收不易，上書皇帝要求委員兼理。康熙最終還是覺得由朱軾來主持最為可靠，因此雖然最終由杭州捕盜同知監收，還是由巡撫朱軾統轄。朱軾也確實不負眾望，他秉公辦事，不徇私情，巡鹽禦史哈爾金向商人索賄，朱軾知道後立即上疏檢舉，並且依法懲治貪官，沒有半點“官官相護”的味道。
康熙五十九年，朱軾因政績卓著，得到康熙皇帝的首肯，升任都察院長官，左都禦史。
在康熙六十年，當時陝西、山西發生嚴重的旱災，最嚴重的臨汾從康熙五十九年三月到康熙六十年六月，連續十五個月天上沒有下一滴雨，兩年顆粒無收，赤地千裏，饑莩載道，草根樹皮都吃光了。康熙打算讓朱軾去賑災，這時正趕上朱軾的父親去世，朱軾是一個有名的孝子，他請求回家守孝，然而康熙竟然沒有允許，命他“在任守製”。朱軾慈父去世，萬分悲痛，而且不能盡孝治喪，內心的痛苦不可言說，但是君命難違，隻得前往山西賑災。或許康熙認為朱軾是最讓他放心的，也是最能辦好這件事的人選，他沒有顧及朱軾的請求，直接把他派到山西去解決這一棘手的問題，這在當時還引起了忠孝如何兩全的爭論。其年五月，康熙發帑金五十萬賑山西、陝西，命朱軾、與光祿寺卿盧詢分頭到山西、陝西賑災。朱軾到達山西以後，立即著手組織賑災，他號召獎勵富人、商人出資糴米救濟災民。他停收米船課稅，以利糧食流通；責任地方官設廠醫治患病災民，還在賑災放糧的同時組織災民勞力整治漕河水道。有一些喪盡天良的貪官，給災民的粥有的竟然像水一樣稀，並且虛報賑災用糧，在民不聊生的災年還借機貪汙。
朱軾知道之後查處虧空，嚴厲懲辦貪官。作為傑出的政治家，朱軾的眼光並不僅僅局限於救災，他還想到了以後防災。他上疏康熙，建議山西建立社倉以備荒歉；並大興水利，引泉灌田。修建社倉，開始於康熙十八年。
戶部準許鄉村立社倉，市鎮立義倉，由村民選舉出本鄉之人管理，每年把新糧收進倉裏，換出舊糧。春天時借貸給貧苦無食的鄉民，秋收的時候再償還，每石取息一鬥，每年年底的時候由州縣將數目呈詳上司報部。康熙看了朱軾的上奏，說：“從前李光地以社倉具奏，朕諭言易行難。行之數年，果無成效。張伯行亦奏稱社倉之益，朕令伊暫行永平地方，其有效與否，至今未奏。凡建設社倉，務須選擇地方敦實之人董率其事。此人並非官吏，借出之米，還補時遣何人催納？即豐收之年，尚難還補，何況歉歲？其初將眾人米轂扣出收貯，無人看守，及米石缺空，勢必令司其事者賠償，是空將眾人之米棄於無用，而司事者無故為人破產賠償也。社倉之法，僅可小邑鄉村，若由官吏施行，於民無益。今朱軾複以此為請，即令伊久住山西，鼓勵試行。”康熙認為社倉想法雖然不錯，但是實行起來卻適得其反，朱軾是有些不識時務。但是應當指出，在發生嚴重旱災的山西地區，建立社倉對安撫災民，恢複生產有很大的積極意義。
事實證明朱軾的種種措施有效地控製了災情，使得山西人民受益。在救災過程中，朱軾還有意地發掘、鍛煉人才。朱軾發現李衛才能超群，操守清廉，便推薦他任直隸巡道。後來李衛在雍正朝得到了重用，成了國家的棟梁之材。