就這樣，朱軾在地方為官十餘年，多年的政績使他的才華逐漸顯露出來，他開始受到朝廷的重用。康熙四十四年，朱軾調回京師，授刑部主事，累遷郎中。這樣，他終於走到了封建政治的決策層。從地方官員升遷至刑部主事、郎中，既是機遇，也是更大的挑戰。參與高層的決策，可以表現出一個人的政治判斷力，向帝王顯露出自己的政治才華。但是，另一方麵，最高決策層就是政治漩渦的中心，而且常言道伴君如伴虎，躋身最高決策層需要更高的政治技巧。多年地方為官的經曆使朱軾積累了豐富的政治經驗，再加上他過人的才華，使得他得到康熙的器重。康熙四十八年，康熙派他出任督陝西學政。作為陝西學政，他的任務是倡導儒學，引導士人風氣，與現在所說的思想文化教育相似，關係著國家人才的培養和選拔。朱軾並不僅僅是政治家，他還是經學家、文學家。康熙推崇朱熹學說，朱軾為當時朝廷禦用程朱學派的重要代表。他著有《易春秋詳解》，《周禮注解》、《周易注解》，與人合編《曆代名臣傳》、《曆代名儒傳》、《曆代循吏傳》、《文端公集》等，至今在我國文史學術界影響甚大。因此，康熙派他到陝西引導文化還是人盡其用的。
康熙五十二年，朱軾被調回京師，擢光祿寺少卿，又做過曆奉天府尹、通政使。這一時期他官職雖然屢次升遷，但畢竟還沒有擔當關係國計民生的重大任務，任何有一定政治經驗的人都清楚，這種機會隻能耐心等待，並且在等待中一定要穩穩地沉住氣，否則功虧一簣。或許康熙覺得對他的考察已經差不多了，況且朱軾確實是個有用之材，而且朝廷又確實是在用人之際，所以朱軾沒等多久，擔當重任，一展宏圖的機會就出現了。
康熙五十六年，朱軾授浙江巡撫。浙江是沿海重省，而且又是地道的魚米之鄉，經濟貿易發達，做浙江巡撫，是不少人夢寐以求的美差。朱軾則把這看成是他施展治國才能，報效國家的一個絕好的舞台。上任伊始，他就把“清吏治，正風俗”作為第一要務。他曾經說“查吏莫先於獎廉懲貪，厚俗莫要於去奢崇儉。”就是說，要考察官吏，獎勵廉潔奉公懲治貪汙腐敗最為重要；要使風俗淳厚，一定要崇尚節儉反對奢侈浪費。這正好就是浙江官吏的缺陷：因為富足，所以更容易養成奢侈浪費的習慣，而鋪張浪費一旦成了通病，那麼就很容易走向貪汙腐敗。所以整頓吏治是當務之急。朱軾並不是隻提提口號，他自己帶頭過簡樸的生活，為下屬樹立榜樣。
他下令取消巡府衙門的額外攤派，精簡巡府出入的儀仗隊，不講排場，減少財政的費用。他處理政事十分勤勉，重要的事情一定要親自辦、親自過問，而且詳細了解民情。因為他自奉廉潔，又以身作則，把境內治理得井井有條，號稱通國第一。除此以外，他在任期間還治海水，修海堤，做了一件利國利民造福子孫的好事。浙江是魚米之鄉，是重要的糧食產地。但是浙江也是受海潮危害的地區，海寧一帶人們飽受海患。因此，修建牢固的海堤，防止潮災保護沿海城鄉安全和海水內滲就特別重要。
朱軾反複考察地理民情，製定修堤方案。康熙
五十六年三月，他上疏請修海寧石塘，康熙帝允許了。他組織測量了需要修築的海塘：北岸海寧老鹽倉一千三百四十丈，南岸上虞夏蓋山一千七百九十丈。
更可貴的是他提出了修建海堤的具體可行的辦法。朱軾看到雖然曆代朝廷也都修建海堤，但是因為修建得不得法，海堤多次崩塌。曆代都修海堤，往往簡單地在海岸浮沙上修建，花費很大的人一如朱軾為人為官一貫的嚴謹作風，他對弘曆的要求很嚴，以致於雍正有時都覺得有些過頭了，就對朱軾說：“教也為王，不教也為王。力、物力、財力但是效果卻是潮來堤毀，百姓受災，功夫白費。麵對這種狀況，朱軾決心設計建造一個真正牢固的海堤。他發現，以往修堤，最好也不過是用椿木和巨石來加固堤岸，椿木容易腐爛，腐爛之後巨石之間縫隙很大，巨石也就承受不住海潮的衝擊，加之海寧地區海塘沿岸都是浮沙，用椿木和巨石來加固堤岸，根本難以保證堤岸永遠牢固，要解決這個問題，他提出用水櫃法。所謂水櫃法就是用鬆木、杉木這些不易腐爛的木材製成大箱，裝滿碎石沉到海塘的底部，上麵堆上巨石作為海塘大堤的堤身。並且依附著大堤，修建坡度不大的護堤坡，也是內用水櫃，外用巨石砌成，約有海堤的一半高，用來保護海堤，這樣海堤就特別牢固了。所以當時人言“朱軾所修不塌”。朱軾修建海堤，在當時是利國利民的工程，他提出修建海堤的方法對後世也有借鑒意義，他修的這段海堤一直使用到1949年以後，可見其牢固程度。