山海關西南有三座城：撫寧、昌黎、樂亭，西北有三座城：石門、台頭、燕河。這六座城向東護著關門，向西圍繞永平，都是靠近山海關的戰略要地。孫承宗命令這六座城嚴防死守，然後以此為據點，開始收複失地。
當京師正在戒嚴的時候，天下勤王兵先後來到的有二十萬人，都駐紮在薊門以及京師近郊，他們相互觀望，沒有拚死衝殺。皇帝屢次下詔督促，諸將也不時的出擊，然而卻殺不退敵人。
在戰爭處於膠著狀態的時候，馬世龍請求先收複遵化，孫承宗說：“不行，遵化在北麵，想攻下來很容易，卻難以守住，不如暫且留下它，以分散敵人的兵力。如今應當大造聲勢，佯裝攻打遵化，使放人派不出軍隊，我們調集豐潤、開平的軍隊，聯合山海關的軍隊攻打灤州，同時派騎兵攻占永平。打下灤州、永平，那麼山海關、永平就連在了一起，這時候再攻打遵化就容易了。”
商議好以後，孫承宗親自督戰。五月十日，祖大壽和張春、邱禾嘉的軍隊先到達灤城外，馬世龍和尤世祿、吳自勉、楊麒、王承恩相繼來到，第三天攻下灤州。副將王維城等也收複遷安。清軍看到永平難守，也撤兵回去了，孫承宗大軍進駐永平。十六日，謝尚政率軍收複遵化。清軍見大勢已去，慌忙撤走了全部軍隊。
戰爭勝利以後，思宗論功行賞。加封孫承宗太傅銜，賜蟒服、白金，世襲錦衣衛指揮僉事。孫承宗接受了其他的賞賜，卻堅決辭去太傅的封號，並且屢次上疏要退隱田園。思宗好言勸勉，不許他退隱。後來有小股的反叛勢力作亂，孫承宗令大將王威打敗了他們，皇上又賞賜銀幣。冊立東宮的時候，加封太保。以後還有加封，每次他都要求辭去封號，堅持辭官回家。思宗命內閣大臣商議孫承宗的去留問題，誰也決定不了。思宗親自派特使降旨慰問，孫承宗沒有辦法，隻好擔負起職責，視察軍事。
崇禎四年（1631年）正月，孫承宗出關東巡，到達鬆山、錦州。剛剛入關，又向兩巡視，協十二路全部巡查完畢才回去。根據巡查的情況條陳上疏邊防政務共八件事，都被思宗采納。到五月，這一任期的政績考核完畢，皂帝下詔加太傅銜兼食尚書的俸祿，世襲尚寶司丞，賜予蟒服、銀幣、羊酒，他還是堅決辭去太傅銜不接受。
崇禎四年（1631）七月，孫承宗打算恢複以前那種牢固的防守，就令祖大壽等人率兵四千駐守大淩河，又征發一萬四千人築城。八月六日，築城才二十天左右，大淩河的城牆剛剛修完，城上的矮牆剛修完一半，後金突然發兵攻到城下，並於當天開始圍城，明軍倉促之間緊閉城門，拒不出戰。孫承宗聽說以後，親自來到錦州，派吳襄、宗偉前往大淩河救援。但是，寧遠巡撫邱禾嘉向後推遲了好幾天，吳襄、宗偉被阻擊，大敗於長山。
到了十月，大淩河已經被圍困三個月，守軍物資耗盡，祖大壽假裝投降，借機跑回錦州，大淩河城又被拆毀。
大淩河的失守，引起了朝廷內部的攻擊，說他們修築大淩河是錯誤的決策。孫承宗很生氣，連連上疏稱病求退。
崇禎帝為平息朝中的不滿情緒，批準他回家養病。
大明將亡城破身死
孫承宗在家閑居，享受了一生中最平靜的一段日子。
平靜的日子倍覺短暫，一轉眼就是七年。崇禎十一年（1638年），孫承宗已是76歲的老人了。這一年，清兵大舉進兵，統帥是大將多爾袞，他是皇太極的弟弟。他想馬上帶兵攻打北京城，皇太極攔住他說：“我們要先攻高陽，再攻北京。孫承宗在高陽閑居，我們把他捉住，明朝就沒能人了。”
多爾袞帶兵包圍了高陽縣城。他本來想攻下高陽輕而易舉，等到了城下一看，卻驚呆了，隻見城牆上戒備森嚴，城頭上威風凜凜地站立著須發皆白的孫承宗。他帶領自己的家人，組織好城裏的鄉親，準備迎接進攻。
多兒袞麵對孫承宗高聲喊話：“孫將軍，我敬佩你是大明朝的英雄，你如果停止抵抗，我就會饒你不死，你如果負隅頑抗，大軍一過，你們誰都活不成。”
孫承宗冷笑一聲說：“我一生征戰多年，寧可戰死沙場，決不投降，你也不必多說廢話，快放馬過來。”
多兒袞見勸降無效，就下令攻城。哪知城上早有準備，滾木、檑石、弓箭像雨點一樣砸了下來，使攻城的清兵死的死傷的傷。多爾袞非常生氣，下令強攻。清兵像潮水一樣湧了過來，孫承宗終於因為寡不敵眾，城破被俘。他的兒子、孫子全部戰死。
思宗聽說以後，非常悲傷，命有關部門優加撫恤。
首輔楊嗣昌、薛國觀等人暗中不執行，隻是官複原職，厚葬罷了。到了南明福王時，才贈予“太師”的稱號，諡號“文忠”。