為了培植自己的勢力，迫使孫承宗下台，魏忠賢把他的黨羽高第推舉為兵部尚書。高第非常害怕擔任這個職務，不敢接受。他找到魏忠賢，一邊叩頭一邊大哭，求魏忠賢放過他，自己實在不能勝任。魏忠賢生氣地說：
“你這個沒用的東西，別人想當還當不上呢。前麵就是火坑你也得跳，不要再說了。”高第見沒有希望辭官，灰溜溜的走了。天啟五年（1625年）十月五日，皇帝下旨，正式任命高第經略遼東、薊鎮、天津、登、萊等處軍務。
高第把心一橫，硬著頭皮走馬上任了。
高第來到前線以後，大力推行排擠孫承宗、退守山海關的“政策”，孫承宗根本不把他放在眼裏，經常反駁得他啞口無言。高第自歎不是孫承宗的對手，深深的遺憾不能完成魏忠賢交給自己的任務。
經曆了這一次次的鬥爭，孫承宗已無心戀戰，兩軍陣前，他從不退縮，朝中的鬥爭卻讓他心灰意冷。於是，他更加迫切地要求辭去自己的職務。硬說自己病得厲害，實在難以勝任。熹宗見孫承宗去意已決，也沒有辦法，隻好批準他的請求。熹宗特地把孫承宗加封為光祿大夫，賞賜了很多金銀綢緞等東西，又派專人送他榮歸故裏，同意孫承宗回老家養病。
天啟六年（1626年），寧遠被圍。實際上當時的士兵有十多萬人，高第上疏說守寧遠的士兵隻有五萬，根本守不住，請求撤兵。孫承宗知道以後，通知戶部：“高第初次來到邊關的時候，撥給他的是十一萬七千人的糧餉，如今隻給他五萬人的糧餉就足夠了。”高第知道這件事以後，嚇壞了，真的按五萬人的糧餉發下來，哪裏夠用啊。於是又上疏說自己搞錯了，高第因此以“妄言”
獲罪。
敗軍之際再次掌兵
崇禎二年（1629年），清兵突破山海關，十月，進入大安口，攻占遵化，將要迫近北京。新皇帝名叫朱由檢，史稱思宗，執政時間不長，沒有經驗，所以非常驚慌，忙問群臣是否有退敵的計策，朝廷大臣眾口一詞：
“在這危急存亡的關頭，非孫承宗掛帥出征，不能挽救時局。”思宗趕忙下詔，召孫承宗進京，擔任東閣大學士兼兵部尚書鎮守通州。國難當頭，義不容辭，孫承宗火速進京，入朝進見思宗。思宗慰勞了孫承宗以後，急忙問守城退敵的計策。孫承宗上奏道：“臣聽說袁崇煥駐守薊州，滿桂駐守順義，侯世祿駐守三河，這樣很好。我還聽說尤世威回到昌平，尤世祿駐守通州，好像不太合適。”思宗問：“你想固守三河，是什麼意思？”孫承宗說：“固守三河可以此為據點，防止敵軍西進和南下。”
思宗說：“太好了，還是先生胸有城府，深謀遠慮。不過，你怎麼樣為朕保護京師？”孫承宗說：“當危急時刻到來的時候，守城的士兵苦於挨餓受當時，北京城外就能看到遍地烽火在燃燒，孫宗帶領二十七騎人馬出東便門，以最快的速度赴通州，以至於路上跑丟了三個人。凍，這不是好辦法。應該修築有利的工事，加大犒賞的力度，以此來穩定人心。”他們談了很多，孫承宗所說的每一條建議，思宗都非常認可。最後，思宗說：“先生不必到通州去了，你為聯總督京城內外防禦事務，留在朕身邊隨時參謀，不更好嗎。”等孫承宗從皇宮出來的時候，已經是午夜了。他也沒有睡覺，連夜巡視都城的防衛情況。黎明的時候，又起身巡視外城。把所有的問題都解決了，他才放心。
到了第二天半夜裏，忽然傳來聖旨，說是敵人馬上要攻打通州，形勢危急，要孫承宗立刻趕往通州，主持軍務。當時，北京城外就能看到遍地烽火在燃燒，孫承宗帶領二十七騎人馬出東便門，以最快的速度奔赴通州，以至於路上跑丟了三個人。到了通州城下，守門官兵拒絕任何人進城，後來總兵大人來到以後，才放他們進來。
進城以後，也沒有時間休息，立刻與保定巡撫解經傳、禦史方大任、總兵楊國棟登上城上的矮牆固守。這時候，大清兵已經迫近都城，於是又急忙派遣遊擊尤岱率領騎兵三千人支援，派遣副將劉國柱督軍二千與尤岱會合，同時征調密雲兵三千人在東直門紮營，保定兵五千人在廣寧門紮營。
北京方麵，思宗忙調集各路大軍勤王。袁崇煥得知清軍入關的消息，心急如焚，也馬上親率精銳部隊，馬不停蹄，去京師救援。他們趕到北京城外，同圍攻廣渠門的清軍激烈交鋒，其他各路勤王軍也陸續趕到，一場惡戰，把清軍殺退。