孫承宗並不買他的賬，反而非常厭煩。當時孫承宗剛剛準備出關，打算遠巡寧遠，聽到這個消息，馬上給皇帝上疏，表示反對：“讓太監視察前敵、犒賞三軍，是宦官竊國的前兆，望皇上收回成命。”不過，劉朝等人已經出發，熹宗也信任魏忠賢，認為魏忠賢也是出於一片愛國之心，孫承宗有點不近人情，也就沒有阻攔。當劉朝等人到來以後，他們原來以為肯定會受到熱烈的歡迎，誰知道他們把東西放好，走進孫承宗的大帳，孫承宗才從裏麵出來，麵無表情地說：“不知幾位公公駕到，一路辛苦了。這裏條件簡陋，僅有清茶一杯，公公不要嫌棄。孫某還有軍務在身，恕不奉陪。”說完，轉身就走。
這時太監劉應坤說：“將軍慢走，魏大人有幾句話讓我說給您。”孫承宗冷冷地說：“那你就說吧。”劉應坤說：
“魏大人仰慕孫大人的文韜武略、治軍有方，有意跟孫大人做個朋友，不知孫大人意下如何？”孫承宗鄙視地哼了一聲，一句話也不說，大踏步地離開了。這一下可把幾個太監氣壞了，他們到哪兒都是頤指氣使、前呼後擁，哪裏受過這樣的冷落。他們一氣之下，當天就返回了京城。他們見了魏忠賢，把事情的經過講了一遍，魏忠賢雖然很生氣，但也沒有辦法。
天啟四年（1624年）十一月，孫承宗西巡，想到他給朝廷的奏折皇帝不一定能親自看到，就決定趁慶賀熹宗生日的機會回京麵奏。在回京之前，他先給熹宗發了一份請示的文書，其中寫道：“老臣已經三年沒見到陛下了，非常想念。在這普天同慶的日子裏，我遠望京師，無比的想念、眷戀。現在我巡查東北，離京城幾千裏。我計劃十二日進京，十三日隨班早朝，十四日與同官恭賀萬歲的生日，再選其他日子上奏機要大事。可以嗎？辦完事我就返回邊疆。”
孫承宗打算回京的事，被魏忠賢的同黨魏廣微知道了，他急忙告訴魏忠賢，他根據自己的想像，懷疑孫承宗這次進京是衝著魏忠賢來的，就添油加醋的說：“孫承宗帶領數萬軍隊，將要回京‘清君側’，兵部侍郎李邦華作他的內應，到那時，你的下場可就慘了！”魏忠賢陷害忠良，做了不少虧心事，就信以為真，他急忙跑到熹宗麵前，跪倒在床前痛哭流涕，哀求熹宗給予保護。
熹宗向來寵愛他，他這麼一哭，覺得他很可憐，於是就讓內閣擬旨，阻止孫承宗進京。聖旨說：“將軍督師關外，勞苦功高，他日應當另行嘉獎。然而，邊關軍事重地，主帥不可擅離職守。將軍對朕雖有教誨之恩，但是，無旨擅自離開守地，不是祖宗的律法所能允許的，違反以後，決不寬容。”魏忠賢得到聖旨，興衝衝地回到府裏，立刻命人帶上聖旨，前去阻止孫承宗進京。這時候，孫承宗沒有帶一兵一卒，隻身一人來到了通州，他連續接到快馬傳來的三道命令，被迫返回山海關。但是，魏忠賢仍然不放心，派東廠特務前去偵查，發現孫承宗真的回去了，這才放心。魏忠賢把孫承宗看作最大的危害，指使黨羽李蕃、崔呈秀、徐大化等人連連上疏詆毀他，甚至把他比作王敦、李懷光。孫承宗聽說以後，有些情緒，也上疏請求罷免自己。熹宗也沒有糊塗到極點，仍然信任孫承宗，對他們的誣陷置之不理。熹宗知道，自己的老師雖然性情耿直，得罪了不少人，跟一部分朝臣沒有處理好關係，但還不至於反叛朝廷。魏忠賢見皇帝不認可，隻好耐心等待時機，這一天終於到來了。
天啟五年（1625年）八月，山海關總兵馬世龍是孫承宗的部下，聽信從後金逃回來的劉伯漒的話，派副將魯之甲為前鋒、參將李承先殿後，領兵偷渡柳河，想一舉拿下耀州。當時渡河時間緊急，隻借了少數的漁船。
因此，渡河時間很慢，過了四天四夜還沒有渡完。這件事情被後金的探子發現了，後金在對岸布下伏兵。一天夜裏，就聽一聲炮響，喊殺聲四起，後金突然發動襲擊。
馬世龍知道中了埋伏，慌忙命人抵抗，無奈事出突然，明軍正在渡河，有的正在休息，盔甲也沒有穿戴，被打了個措手不及，殺得大敗。明軍被射死、殺死、落水而死的共計四百多人，馬匹六百多匹，還有大量的軍用物資全都成了後金的戰利品。這次戰役在曆史上叫做“柳河之役”，損失雖然並不大，也是馬世龍背著孫承宗自作主張發動的襲擊，但是，卻成了閹黨攻擊孫承宗的口實。
在魏忠賢的授意下，閹黨顧秉謙、魏廣微等人連連向皇帝上疏，要求追究戰爭失敗的責任。要求把馬世龍抓捕歸案，孫承宗有領導責任，也應該予以懲罰。奏折由閹黨們輪流遞上，前後達幾十封之多。孫承宗極度地氣憤，連上兩道奏折，要求把自己罷官。
不管怎麼樣，熹宗對自己的老師還是尊敬的、信任的。前幾次，孫承宗要求把自己罷官，熹宗總是苦苦的勸慰、挽留，這次依然是沒有批準。這可能是在閹黨的打擊下，唯一可以受到禮遇的人。其他的東林黨人如楊漣、魏大中、左光鬥、顧大章等人都相繼死在獄中。他們知道熹宗對孫承宗的尊敬和感情，所以也不敢太過分了，以免自身難保。他們隻好從長計議，逐漸的排擠孫承宗。魏忠賢曾經派他的黨羽梁夢環到邊關巡查，想抓住孫承宗的把柄，再治他的罪，結果什麼也沒有得到。