天啟三年（1623年）九月，孫承宗命祖大壽修複燒毀的寧遠城，並命令駐軍盡快重建從山海關到寧遠之間被燒毀的各個城池。號召遼人回歸故居，開荒種地，重建家園。同時又發展采煤、煮鹽、海運等各項事業。
經過一段時間的發展，當地人民逐漸的富足，為對敵軍事鬥爭提供了強有力的物質保障。寧遠城修好後，孫承宗派袁崇煥鎮守。他自己則坐鎮山海關。隨著寧遠城經濟的發展，防衛的日漸鞏固，明軍的防線也不斷向前推進。天啟五年（1625年）夏天，孫承宗派遣軍隊分別據守錦州、鬆山、杏山、石屯以及大淩河、小淩河等各個城池。明軍的防線從寧遠又向前推進了二百裏，形成了以寧遠為中心的寧錦防線。這樣，從天啟二年關外淪陷以後，在孫承宗的努力下，向東向北拓展國土四百多裏。
當年的失地全部收複。這道防線不僅保衛著山海關免受攻擊，而且在此後的二十多年裏，基本上穩定了河西走廊的戰局，使後金難以從這裏突破。
孫承宗之所以取得這樣大的成就，主要得益於三個方麵：
首先是自己的雄才大略，正確的方針。主要是建立了以寧遠為中心的防衛體係。然後是調動安撫各方麵的力量。“以遼人守遼土”，命楊應乾所招募的遼人士兵戍守寧遠，節省了很多朝廷的經費，提高了士兵的守土熱情；派使者去朝鮮，使它聲援大明；在東江犒賞毛文龍部。
毛文龍部雖然名義上歸朝廷管，但有貪功，冒餉、不肯受節製，難以調遣等問題。危難時刻，隻有好好安撫。
現在形成了遼人、朝鮮、毛文龍部以及朝廷軍隊四方勢力共同抗擊後金的局麵。
其次是用人得當。大將袁崇煥，忠君報國，有勇有謀，在駐守山海關的時候為大明王朝立下了不世功勳。孫承宗慧眼識英才，知人善任，大膽起用了袁崇煥。關鍵時刻商議大事，總是不謀而合，英雄所見略同。在實現自己的守關方針過程中，孫承宗如虎添翼。
第三是時局發展的有利。朝廷方麵，魏忠賢獨攬大權，他想拉攏孫承宗，同時也為了討好皇上，派他的黨羽劉朝、胡良輔、紀用等四十五人向前線運輸大炮、盔甲、弓箭等軍用物資數以萬計，又贈送白金十萬兩，蟒、麒麟、獅子、虎、豹等各種樣式的金幣，賞給有功的將士，賞賜給孫承宗蟒服、白金，以表示慰勞之意。敵軍方麵，後金內部也是矛盾重重，財物不足。勞師遠征，士兵也是怨聲載道，所以暫緩對明朝的進攻。
紛亂的朝臣之爭
當初，蒙古虎墩兔素是總督王象乾的招撫對象。他的部下抽扣兒，經常出去搶劫。這一天又到邊境上搶劫，被趙率教抓住，當場斬殺四個人。招撫僉事萬有孚與趙率教有過節，於是就以故意破壞招撫大事為理由，告訴總督王象乾。王象乾把這件事告訴兵部尚書董漢儒，依法當斬。孫承宗聽說以後，給董漢儒寫了一封信，說趙率教屢立戰功，這次殺搶劫之人，也情有可原，希望讓他戴罪立功。孫承宗在朝中有很高的威望，又是皇帝的老師，所以，趙率教免得一死。還有一次，孫承宗派遣王楹戍守中右所，保護著他的部下出去采伐木材，被西部朗素所殺。孫承宗大怒，派馬世龍前去征剿。王象乾害怕破壞安撫大局，勸說孫承宗不要征剿。孫承宗剛要上疏爭辯，王象乾知道爭不過他，這裏麵的矛盾實在難以處理，幹脆自請辭職。
孫承宗看到總督和督師之間往往有矛盾，就建議督師、總督隻設一個就行。如果設總督，就罷了自己的督師的職務，不罷自己的職務，就不要設總督。還有巡撫，層層掣肘，工作很難開展。巡撫張鳳翼拒不同意孫承宗的觀點，膽小怯戰，堅決阻止守寧遠城，孫承宗讓其搬到寧遠去住，這一下可激惱了張鳳翼，說孫承宗想讓他去死，孫鳳翼就跟孫承宗結下了深仇大恨。孫鳳翼就和他的同鄉淩雲翼、萬有孚等人極力詆毀馬世龍，來打擊孫承宗。居無何、萬有孚被薊州巡撫嶽和聲所彈劾，更加懷疑是馬世龍和袁崇煥設計陷害，這兩個人也與孫承宗誌同道合。於是，複雜的鬥爭就開始了。他們就糾集起來，共同找到萬有浮，阻撓出關大計，給事中解學龍也大力抨擊馬世龍。孫承宗非常氣憤，向皇帝上疏，慷慨陳詞：“把敵人阻擋在家門裏麵，與阻擋在家門外麵，形勢是不一樣的。把敵人阻擋在二百裏地以內，與把敵人阻擋在二百裏地以外，形勢又不一樣。廣寧這個地方，離我們遠而離敵人近；寧遠這個地方，離我們近而離敵人遠。我們不進逼敵人，敵人將會進逼我們。今天既然不能恢複遼東，但是寧遠、覺華堅決不能放棄。請陛下不要考慮廷臣所議論的主、客之兵是否可以長久的戍守，內地的糧餉是否能長遠的輸送，關外的土地人民是否可以放棄，修城屯糧備戰防守是否可以繼續。再看看敵人情形，是否可以坐著就可以消滅。臣不敢做百年的長遠大計，隻考慮五年之內究竟怎麼樣。如果臣所說得不恰當，立即罷斥微臣以定國家大計，不要猶豫不決，使那些明哲保身、怯懦怕戰的庸俗之臣眾口附和，以殺臣一個人而誤天下大計。”然後又為馬世龍辯解，而告發萬有孚等人的暗中結交的陰謀。奏折遞上去之後，孫承宗因為言語過激而被訓斥，張鳳翼也請求罷官回京，而讓喻安性代替他。關於總督的裁撤問題，經過朝臣議論，總督不可以裁撤，命吳用先代替王象乾為總督。孫承宗看到自己的意見沒有被采納，他感到報國之心不被理解，做個好人真難啊！既要努力工作，還有人在一旁妨礙。