消息傳到北京，朝野震動，輿論大嘩。禦使方震孺上疏，請求罷免兵部尚書崔景榮，由孫承宗接替他。朝臣們都知道孫承宗曉暢軍事，對邊關的防守、用兵很有一套，又謀事周密，老成持重，紛紛讚成。還有人提議，在兵部設侍郎一職，由孫承宗擔任，主要負責東北邊疆的戰事。熹宗說：“東北邊疆固然重要，但是，每一次先生給我講課，都使我受益匪淺，朕實在舍不得讓先生離開。再說了，朕知道的治國用兵之道多了，才能做出正確的抉擇，這樣也有利於大明的江山社稷。現在，我大明人才濟濟，眾位愛卿可以推舉他人。”朝臣們一再推舉孫承宗，禦史方震孺說：“在此國難當頭之際，非孫承宗不可挽救大局，請陛下三思。”熹宗沉默多時，同意任命孫承宗為兵部尚書兼任東閣大學士。但是，不許他離開京城，以便於隨時顧問國家大事。
孫承宗上任以後，上疏陳述當時軍事體製和作戰指揮上的弊端，請求改革，主要內容有三：一是“兵多不練，餉多不核”。是說軍隊訓練差，軍人素質上不去；後勤供應管理混亂，有的冒領，有的不夠，也影響戰鬥力。二是“以將用兵，而以文官招練；以將臨陣，而以文官指發；以武略邊，而且增置文官於幕府”。指出當時“以文製武”機製的弊端。這樣相互牽掣，影響訓練效果，影響將兵的溝通，最後影響的是戰鬥力的發揮。
三是“以邊任經、撫，而日問戰守於朝”，指出朝中不明白前線的具體情況，容易瞎指揮，出現決策性的失誤。
因此，他主張重將權，選擇一位有韜略、有主見的大將，授予他臨機專斷之權，不要讓他受不懂軍事的文官的壓製。此外，還要安撫遼西、撫恤遼民、裁減京都的軍隊等，這些都得到了明熹宗的批準。
天啟二年（1622年）三月十八日，由於前線形勢危急，熹宗又舍不得孫承宗前去，隻好派王在晉去山海關督導軍務。臨行前，熹宗賜予他尚方寶劍，親自送到午門以外，囑咐他說：“東北的安全大計，就全靠你了。你一定要認真謀劃、謹慎行事，千萬不能有疏漏之處。等到邊疆穩定以後，朕親自為你擺宴慶功。”王在晉感激涕零，對皇上說：“承蒙皇上如此信任，臣一定盡心竭力，不辜負皇上的重托。”
王在晉到達山海關半個月以後，提出了“拒奴撫虜、堵隘守關”的方針。所謂的“撫虜”，就是由朝廷拿出大筆金錢收買蒙古貴族；所謂的“拒奴”，就是防衛後金的入侵。他幻想著由蒙古貴族軍隊抵擋後金軍隊，這樣就可以一舉兩得，不費吹灰之力就能坐致太平。所謂的“堵隘”，是在山海關外再修一座關，稱為重關。本來，王在晉還想利用蒙古貴族的力量攻打廣寧，但是，他的好朋友薊遼總督王象乾說：“得到廣寧也守不住，罪過更大，不如不圖廣寧，而在山海關外再設置一道關，作為屏障，既護衛了山海關，也護衛了京師。”王在晉以為這是一條妙計，於是就把“撫虜堵隘”定為守關方針。
五月，他正式提出修築重關的計劃。從芝麻灣或八裏鋪再築一道城牆，長約三十多裏，向北繞過山峰，向南修到大海，把關外的一片石、角山和歡喜嶺等戰略要地都包羅在內。這樣就可以使關外有關，牆外有牆，再派四萬人守衛，就可以使邊疆穩固，抵擋後金的入侵。但這是一項浩大的工程，需要花很多錢，用很多人力，還要經曆很長的時間才能完成。最後，他決定在八裏鋪地方修築重關，估算了一下費用，需要用去九十三萬兩白銀。他把自己的設想上奏朝廷，熹宗批準了他的建議，同意先發帑金二十萬兩，其餘費用以後陸續撥發。
自從上次孫承宗提議重將權以後，邊關主要將領可以堅持自己的意見。王在晉提出築重關的建議遭到他的部下寧前兵備僉事袁崇煥、孫元化等人的堅決反對，認為王在晉修築重關實在不是高明的辦法，是一種怯懦的、保守的辦法，不是根本大計、長久之計，於是就極力勸阻。王在晉固執己見，根本聽不進不同意見。袁崇煥看到自己勸說不了王在晉，就向當時的首輔葉向高寫信，陳述了自己的意見。葉向高做事還算穩妥，他一時拿不定主意，就拿到朝堂上議論，他說：“東北前線有兩種意見，王在晉主張修重關，袁崇煥等將領們反對修重關。一方說，重關萬萬不可少，作用很大；一方說，重關沒有作用，白白地勞民傷財。這件事我們要慎重對待，不能主觀臆斷，輕易下結論。大家說怎麼辦呢？”話音剛落，就聽一人聲如洪鍾，高聲說道：“要想決定邊防大事，就要親自到前線看一看，然後才能確定誰是誰非，我願親自去邊疆察看。”正在熹宗愁眉緊鎖的時候，他一看是自己的老師出麵了，心中既高興又有點悵然若失。不過，熹宗深信老師能把這件事處理好，最終還是批準了老師的要求。