孫承宗說：“事關東宮，不可不問；事關皇宮，不可深問。”吳道南看著孫承宗，一臉的茫然。問道：“什麼意思？請細細地講來。”孫承宗喝了一口茶，接著解釋說：
“事關太子殿下的安危，又有首輔的安排，你都不能推托，這事你能不問嗎？但是，事關皇宮，追查深了，恐怕不好收場。弄不好，你就要丟官罷職。所以，龐保、劉成之下，不可不問；龐保、劉成之上，不可深問。”吳道南若有所悟，輕輕地連連點頭。就聽孫承宗繼續說道：
“還有一句話，就是：唯獨皇上能了結此案，不過需要您的密奏啟發。”此刻，吳道南心中豁然開朗，高興地對孫承宗說：“我聽孫大人這番話，似乎包含著三層意思，不知是不是。一是說謀殺皇太子的事件，性質嚴重，若不追究，嚴肅處理，就會助長危害皇太子的勢力，太子的安全就沒有保障。所以，龐保、劉成以下，都應該依法處斬，這就叫做不可不問。二是龐保、劉成兩位太監，牽涉到鄭貴妃，鄭貴妃又有皇上的寵愛，甚至是縱容，倘若深究下去，會使朝廷上下引發危機，這樣的結果皇上也不願意看到。我們勞而無功，弄不好還有罪。因此，此案不可深問。三是事關皇上的家事，外臣不便插手，還是由皇上親自處理為好。”孫承宗微笑著說：“對、對，您有密奏之權，請您把處理意見密報皇上，最後還是由皇上親自處理。”吳道南既然知道了怎麼辦，心裏輕鬆了許多，向孫承宗一抱拳，如釋重負地說：“聽君一席話，老朽茅塞頓開，還是您足智多謀，我在這裏多謝了，告辭！”說完，起身回府。
第二天，吳道南升堂問案。事情的原委早已真相大白，立判太監龐保、劉成斬立決；判張差淩遲處死。然後，密奏神宗，說明為什麼這麼處理，神宗心領神會。既然已經結案，朝野上下也就停止了議論。神宗把鄭貴妃、皇太子叫到一起，又召集了幾個內閣大臣，勸解了一番。
說太監龐保、劉成想挑撥貴妃和太子的關係，現在已經處死。這樣一來，就把責任全部推到太監身上。鄭貴妃心裏有鬼，見沒有追究自己，自然不再說話。太子生性老實厚道，也沒有提出什麼意見，這件事就這樣平息了下來。
帝前侍講參與軍機
泰昌元年（1620年），那個不受神宗喜歡的皇太子朱常洛隻做了一個月的皇帝，就一命歸西了。他的長子朱由校即位，這就是曆史上的明熹宗。
此時的孫承宗，以廣博的見聞、出眾的才華，被選為左庶子，每天負責給皇帝講課。由於他在邊塞遊曆多年，耳聞目睹了許多奇聞軼事。他又天生的才思敏捷，慮事周到，對於治國安邦有一套自己的見解。所以，每當給熹宗講課的時候，都能讓他有所心得。他每次聽講完以後，總是說：“先生所講的話，讓朕明白了許多道理，您講得真是太好了！”因此，熹宗對孫承宗一直非常尊敬，動輒給予優厚的賞賜，不久以後，升為少詹士，仍然擔任皇帝的侍講。
然而，熹宗執政不久，東北邊疆就發生了嚴重的危機。
天啟二年（1622年）正月，後金努爾哈赤調動五萬大軍，分三路向遼河以西撲來。二十日，大軍渡過遼河，進攻西平堡。守將羅一貴誓死抵抗，但終因寡不敵眾，以身殉國，西平堡淪陷。當敵人攻打西平堡的時候，熊廷弼派王化貞增援，由於先鋒孫德功的叛變，援軍在努爾哈赤的阻擊下，頃刻瓦解，三萬多人被全部殲滅。熊廷弼見大勢已去，帶領大軍退守山海關。王化貞隨後也撤出關外，至此，山海關以外整個被後金占領。