但太祖的時代，永遠地過去了。
以後的條例便逐漸地寬大，太祖時代，允許使用驛站的條例隻有六條，嘉靖三十七年，便擴充到五十一條。
凡符合這五十一條的人都發給通行證。北京的通行證由兵部發出，各省的通行證由巡撫發出。雖然填發的機關有限，但是填發的範圍卻擴大了許多。兵部可以填發送給別人，各省亦可如此。領到通行證的人，沒有交還的期限，隻需領一張便可終身受用，自己不用還可轉贈旁人，姓名不合，可以洗去重填。官員們到了驛站以後，百般索要：糧食、柴炭、酒肉、蔬菜、馬甚至銀兩。交通幹線附近的人民真是民不聊生，而官員們已經把這種索要視為特權了。
張居正提出：非奉公差，不許辦理驛站通行證；不是軍務，不許擅用金鼓旗號。雖係公差，人數太多，不論出於哪個衙門，俱不許應付；內外各官丁憂，起複，給由，升轉，改調，到任等，俱不許開驛馳等等。
又規定自京往外省都由兵部給開通行證，回京後交還；無須回京者，交所到省份撫按衙門，年終一並交回兵部。
這些規定比起太祖時代的條例已經寬鬆多了，但是從太祖到神宗二百多年過去了，時代變了。其間有過類似的規定也成了一張廢紙。但是張居正用考成法，用六科控製撫按，用內閣控製六科，章程條例都要切實執行，不容易成為一紙空文了。
張居正認定這是一件利民利國的大事，所以始終沒有放鬆。執行的時候，從自己做起。一次，張居正的兒子要回江陵考試，他吩咐兒子自己雇車；父親過生日，他吩咐仆人背著壽禮，騎驢回家祝壽。後來，他的弟弟病重，需回鄉調理，保定巡撫遂開出一張通行證，張居正知道後隨即交還。
整頓驛遞，真不是一件容易的事，一切都從大官做起，地方的通行證由撫按衙門發出，所以便先整頓撫按。
甘肅巡撫侯東萊的兒子一次擅用驛馳，被言官提出彈劾。
甘肅雖然不是邊疆最緊張的地方，但終究在北防位置重要，而且，東萊是一個應付韃靼得力的邊臣。張居正確實感到一些棘手，但是又不能因為一個巡撫的緣故破壞國家的法律，隻得把東萊的兒子應得的官蔭革去，以後再慢慢補救。
最棘手的還是內監和應為明朝表率的衍聖公。每年衍聖公自曲阜入京朝貢，沿途便騷擾不堪。張居正便協商規定衍聖公入朝三年一次，給交通幹線附近的居民減少了不少驚恐和負擔。
一條鞭法的推行
萬曆四年，張居正開始推行一條鞭法，所謂一條鞭法，並非張居正的發明，早在嘉靖年間就由部分有識之士在福建、江西等地開始實行了。最初由福建巡撫龐尚鵬提出，他主張把國賦、徭役及其他名目繁多的雜稅，雜征、雜差統統合為一體，按照各家各部的具體情況重新核實編定，將有丁無糧的編為下戶，有丁有糧的編為中戶，糧多丁少和丁糧俱多的編為上戶，這樣，在總數確定後，按照丁糧比例，將所有賦役派到丁、糧裏麵，隨同完納。此即為一條鞭（編）法。但是，自那時起的五十年中，朝中對此爭論不休，各陳利弊，以致政令屢行屢止，從來未成統一之策。
但張居正非常清楚，此舉有利於人民，且能穩妥地確保國庫收入。在他入閣之後，也曾幾次支持過福建、江西一帶的推行。假如居正是為自己謀利益，或為自己的階層謀利益，便應當反對一條鞭法。中國傳統的有正義感有見識的官僚是為民眾謀利益，為國家謀利益的，所以萬曆四年，他決定推行一條鞭法，先在湖廣推行，進行進一步的試驗。辦法一推行，便有人提到了種種的不便，甚至說條編便於士大夫而不便於小民。但經過一年的改革，他越發對此法感興趣了。他一向認為再好的措施辦法，沒人去執行，也是空話，就在前不久，他看到戶部奏請萬曆下詔，要追征田賦積欠，每年帶征三成。
盡管這個辦法欠妥，但他一想到一些富戶確有拖欠頑習，拖欠久了也就不了了之了，倒是那些窮家小戶勢單力薄不敢違命。長此以往，不但國庫收入不穩，而且也是一筆大大的糊塗賬，所以他不得不票擬“準奏”。此詔一下，各地巡撫便紛紛上疏，說百姓愁歎田賦太重，朝廷催科太急，不得安生……由此，張居正看出了解決問題的根本辦法應從改變賦役製度人手，而且戶部缺乏一個明智的有辦法的領導人。